secvențierea circARN-Illumina
Caracteristici
● Epuizarea ARNr urmată de pregătirea bibliotecii direcționale, permițând secvențierea datelor care sunt specifice catenei.
● Fluxul de lucru bioinformatic permite predicția circRNA și cuantificarea expresiei
Avantajele serviciului
●Biblioteci de ARN mai cuprinzătoare:folosim epuizarea ARNr-ului în loc de epuizarea ARN-ului liniar în pregătirea noastră pre-bibliotecă, asigurându-ne că datele de secvențiere includ nu numai ARNr-circ, ci și ARNm și ARNlnc, permițând analiza comună a acestor seturi de date.
●Analiza opțională a rețelelor competitive de ARN endogen (ceRNA).: oferind perspective mai profunde asupra mecanismelor de reglementare celulare
●Expertiza extinsa: cu un istoric de procesare a peste 20.000 de mostre la BMK, care acoperă diverse tipuri de mostre și proiecte lncRNA, echipa noastră aduce o bogată experiență fiecărui proiect.
●Control riguros al calității: implementăm puncte de control de bază în toate etapele, de la pregătirea probelor și a bibliotecii până la secvențiere și bioinformatică.Această monitorizare meticuloasă asigură furnizarea de rezultate constant de înaltă calitate.
● Suport post-vânzare: Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de service post-vânzare de 3 luni.În acest timp, oferim urmărire a proiectului, asistență pentru depanare și sesiuni de întrebări și răspunsuri pentru a răspunde oricăror întrebări legate de rezultate.
Cerințe pentru mostre și livrare
| Bibliotecă | Platformă | Date recomandate | QC date |
| Poli A îmbogățit | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Cerințe pentru eșantion:
Nucleotide:
| Conc. (ng/μl) | Cantitate (μg) | Puritate | Integritate |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminare limitată sau lipsită de proteine sau ADN este indicată pe gel. | Pentru plante: RIN≥6,5; Pentru animale: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; creștere limitată sau inexistentă |
● Plante:
Rădăcină, tulpină sau petală: 450 mg
Frunze sau semințe: 300 mg
Fructe: 1,2 g
● Animal:
Inima sau intestinul: 450 mg
Viscere sau creier: 240 mg
Muschi: 600 mg
Oasele, părul sau pielea: 1,5 g
● Artropode:
Insecte: 9 g
Crustacee: 450 mg
● Sânge integral:2 tuburi
● Celule: 106 celule
● Ser si Plasma: 6 ml
Livrare recomandată de mostre
Recipient: tub de centrifuga de 2 ml (nu este recomandata folie de cositor)
Etichetarea eșantionului: Grup+replicat de exemplu A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Expediere:
1. Gheață carbonică: Probele trebuie ambalate în saci și îngropate în gheață carbonică.
2. Tuburi ARNstable: Probele de ARN pot fi uscate în tub de stabilizare a ARN (de exemplu, RNAstable®) și expediate la temperatura camerei.
Fluxul de lucru al serviciului
Design experiment
Livrare mostre
extracția ARN
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
Bioinformatica
predicția circRNA: distribuția cromozomială
CirRNA exprimate diferențial – diagrama vulcanului
CirRNA exprimate diferențial – clustering ierarhic
Îmbogățirea funcțională a genelor gazdă ale circRNA
Explorați progresele în cercetare facilitate de serviciile de secvențiere a circRNA ale BMKGene printr-o colecție de publicații organizată.
Wang, X. şi colab.(2021) „CPSF4 reglează formarea circRNA și tăcere mediată de microARN în carcinomul hepatocelular”, Oncogene 2021 40:25, 40(25), pp. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. şi colab.(2023) „Transcriptomul X oo-responsive dezvăluie rolul ARN133 circular în rezistența la boli prin reglarea expresiei OsARAB în orez”, Phytopathology Research, 5(1), pp. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. şi colab.(2023) „CPSF3 modulează echilibrul transcriptelor circulare și liniare în carcinomul hepatocelular”.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. şi colab.(2023) „Evaluarea cuprinzătoare a circRNAs în cardiomiopatia cirotică înainte și după transplantul de ficat”, International Immunopharmacology, 114, p.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
