16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Avantajele serviciului
● Identificarea rapidă și fără izolare a compoziției microbiene în probele de mediu
● Rezoluție înaltă în componente cu abundență scăzută în probele de mediu
● Ultimul flux de analiză QIIME2 cu analize diverse în ceea ce privește baza de date, adnotare, OTU/ASV.
● Debit mare, precizie mai mare
● Aplicabil la diverse studii asupra comunității microbiene
● BMK deține o experiență vastă cu peste 100.000 de mostre/an, acoperind sol, apă, gaz, nămol, fecale, intestine, piele, bulion de fermentație, insecte, plante etc.
● BMKCloud a facilitat interpretarea datelor care conține 45 de instrumente de analiză personalizate
Specificații de service
| SecvențiereaPlatformă | Bibliotecă | Randamentul de date recomandat | Timp de întoarcere estimat |
| Platforma Illumina NovaSeq | PE250 | Etichete 50K/100K/300K | 30 de zile |
Analize bioinformatice
● Controlul calității datelor brute
● Clustering OTU/De-noise (ASV)
● Adnotare OTU
● Diversitatea alfa
● Diversitatea beta
● Analiza inter-grup
● Analiza de asociere cu factori experimentali
● Funcția de predicție a genelor
Cerințe pentru mostre și livrare
Cerințe pentru eșantion:
Pentruextracte de ADN:
| Tip eșantion | Cantitate | Concentraţie | Puritate |
| extracte de ADN | > 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Pentru mostre de mediu:
| Tipul eșantionului | Procedura de prelevare recomandată |
| Sol | Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Substanța uscată rămasă trebuie îndepărtată de pe suprafață;Se macină bucăți mari și se trece prin filtru de 2 mm;Probe alicote în tub EP steril sau cyrotube pentru rezervare. |
| Fecale | Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Colectați și alicoți probe în tub EP steril sau criotub pentru rezervare. |
| Conținutul intestinal | Probele trebuie prelucrate în condiții aseptice.Se spală țesutul colectat cu PBS;Se centrifugă PBS și se colectează precipitantul în tuburi EP. |
| Namol | Cantitatea de eșantionare: aprox.5 g;Colectați și alicotați proba de nămol în tub EP steril sau criotub pentru rezervare |
| Corp de apa | Pentru eșantionul cu cantitate limitată de microbi, cum ar fi apa de la robinet, apa de puț etc., Colectați cel puțin 1 L de apă și treceți prin filtrul de 0,22 μm pentru a îmbogăți microbii de pe membrană.Depozitați membrana într-un tub steril. |
| Piele | Răzuiți cu atenție suprafața pielii cu un tampon de bumbac steril sau o lamă chirurgicală și puneți-o într-un tub steril. |
Livrare recomandată de mostre
Congelați probele în azot lichid timp de 3-4 ore și depozitați în azot lichid sau -80 de grade până la rezervare pe termen lung.Este necesară expedierea probei cu gheață uscată.
Fluxul de lucru al serviciului
Livrare mostre
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
1.Distribuția speciilor
2. Harta de căldură: Agruparea bogăției speciilor
3.Curba facțiunii rare
4.Analiza NMDS
5.Analiza Lefse
Carcasa BMK
Persoanele obeze cu și fără diabet zaharat de tip 2 prezintă capacitate și compoziție funcțională microbiană intestinală diferite
Publicat:Gazdă celulară și microbi, 2019
Strategia de secvențiere:
Lean non-diabet (n=633);obez non-diabet (n=494);Obez-diabet zaharat de tip 2 (n=153);
Regiunea țintă: 16S rDNA V1-V2
Platformă: Illumina Miseq (secvențierea ampliconilor bazată pe NGS)
Subseturile de extracte de ADN au fost supuse secvențierii metagenomice pe Illumina Hiseq
Rezultate cheie
Profilurile microbiene ale acestor boli metabolice au fost diferențiate cu succes.
Prin compararea caracteristicilor microbiene generate de secvențierea 16S, s-a descoperit că obezitatea este asociată cu modificări ale compoziției microbiene, caracteristicilor individuale, în special scăderea semnificativă a Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes etc. În plus, T2D a fost găsit asociat cu creșterea Escherichia/shigella. .
Referinţă
Thingholm, LB, şi colab.„Persoanele obeze cu și fără diabet zaharat de tip 2 prezintă capacități și compoziții funcționale microbiene intestinale diferite.”Gazdă celulară și microbi26.2 (2019).
