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Sequenciamento de RNA de núcleo único

O avanço na captura de células únicas e na técnica de construção de bibliotecas individuais combinada com sequenciamento de alto rendimento permite estudos de expressão gênica célula por célula.Ele permite uma análise de sistema mais profunda e completa em populações de células complexas, na qual evita em grande parte o mascaramento de sua heterogeneidade, calculando a média de todas as células.

No entanto, algumas células não são adequadas para serem transformadas em suspensão unicelular, portanto, são necessários outros métodos de preparação de amostras - extração de núcleo de tecidos, ou seja, o núcleo é extraído diretamente de tecidos ou células e preparado em suspensão de núcleo único para sequenciamento celular.

A BMK fornece serviço de sequenciamento de RNA unicelular baseado em 10× Genomics ChromiumTM.Este serviço tem sido amplamente utilizado em estudos relacionados a doenças, como diferenciação de células imunológicas, heterogeneidade tumoral, desenvolvimento de tecidos, etc.

Chip de transcriptoma espacial: 10× Genômica

Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq

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Detalhes do serviço

Bioinformática

Resultados de demonstração

Princípio técnico

O isolamento dos núcleos é conseguido pelo 10× Genomics ChromiumTM, que consiste em um sistema microfluídico de oito canais com cruzamentos duplos.Neste sistema, esferas de gel com códigos de barras e primer, enzimas e um único núcleo são encapsuladas em uma gota de óleo do tamanho de um nanolitro, gerando Gel Bead-in-Emulsion (GEM).Uma vez formado o GEM, a lise celular e a liberação dos códigos de barras são realizadas em cada GEM.O mRNA é transcrito reversamente em moléculas de cDNA com códigos de barras 10× e UMI, que estão ainda sujeitos à construção de biblioteca de sequenciamento padrão.

Tecido não adequado para preparação de suspensão unicelular

Célula / Tecido	Razão
Tecido congelado não fresco	Não é possível obter organizações novas ou salvas há muito tempo
Célula muscular, megacariócito, gordura…	O diâmetro da célula é muito grande para entrar no instrumento
Fígado…	Muito frágil para quebrar, incapaz de distinguir células individuais
Célula neuronal, cérebro…	Mais sensível, fácil de estressar, mudará os resultados do sequenciamento
Pâncreas, Tireóide…	Rico em enzimas endógenas, afetando a produção de suspensão unicelular

Núcleo único vs célula única

Núcleo único	Célula única
Diâmetro celular ilimitado	Diâmetro celular: 10-40 μm
O material pode ser tecido congelado	O material deve ser tecido fresco
Baixo estresse de células congeladas	O tratamento enzimático pode causar reação de estresse celular
Nenhum glóbulo vermelho precisa ser removido	Os glóbulos vermelhos precisam ser removidos
Nuclear expressa bioinformação	A célula inteira expressa bioinformação

Especificações de serviço

Biblioteca

Estratégia de sequenciamento

Volume de dados

Requisitos de amostra

Tecido

10× biblioteca de núcleo único genômica

10x Genômica -Illumina PE150

100.000 leituras/célula aprox.100-200 GB

Número de células: >2× 10⁵

Conc. celularem 700-1.200 células/μL

≥ 200 mg

Para obter mais detalhes sobre orientações de preparação de amostras e fluxo de trabalho de serviço, sinta-se à vontade para falar com umEspecialista BMKGENE