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Sequenciamento de RNA de núcleo único
O avanço na captura de células únicas e na técnica de construção de bibliotecas individuais combinada com sequenciamento de alto rendimento permite estudos de expressão gênica célula por célula.Ele permite uma análise de sistema mais profunda e completa em populações de células complexas, na qual evita em grande parte o mascaramento de sua heterogeneidade, calculando a média de todas as células.
No entanto, algumas células não são adequadas para serem transformadas em suspensão unicelular, portanto, são necessários outros métodos de preparação de amostras - extração de núcleo de tecidos, ou seja, o núcleo é extraído diretamente de tecidos ou células e preparado em suspensão de núcleo único para sequenciamento celular.
A BMK fornece serviço de sequenciamento de RNA unicelular baseado em 10× Genomics ChromiumTM.Este serviço tem sido amplamente utilizado em estudos relacionados a doenças, como diferenciação de células imunológicas, heterogeneidade tumoral, desenvolvimento de tecidos, etc.
Chip de transcriptoma espacial: 10× Genômica
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq
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Sequenciamento do genoma completo de plantas/animais
O re-sequenciamento do genoma completo, também conhecido como WGS, permite a revelação de mutações comuns e raras em todo o genoma, incluindo Polimorfismo de Nucleotídeo Único (SNP), Deleção de Inserção (InDel), Variação de Estrutura (SV) e Variação de Número de Cópia (CNV). ).Os SVs constituem uma porção maior da base de variação do que os SNPs e têm um impacto maior no genoma, o que tem um efeito significativo nos organismos vivos.O ressequenciamento de leitura longa permite uma identificação mais precisa de fragmentos grandes e variações complicadas porque leituras longas facilitam muito o cruzamento cromossômico em regiões complicadas, como repetições em tandem, regiões ricas em GC/AT e regiões hipervariáveis.
Plataforma: Illumina, PacBio, Nanopore
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Transcriptoma Espacial BMKMANU S1000
A transcriptômica espacial está na vanguarda da inovação científica, capacitando os pesquisadores a mergulhar em intrincados padrões de expressão gênica dentro dos tecidos, preservando seu contexto espacial.Em meio a diversas plataformas, a BMKGene desenvolveu o Chip Transcriptoma Espacial BMKManu S1000, ostentando umresolução aprimoradade 5µM, atingindo a faixa subcelular, e possibilitandoconfigurações de resolução multinível.O chip S1000, com aproximadamente 2 milhões de pontos, emprega micropoços revestidos com esferas carregadas com sondas de captura com código de barras espacial.Uma biblioteca de cDNA, enriquecida com códigos de barras espaciais, é preparada a partir do chip S1000 e posteriormente sequenciada na plataforma Illumina NovaSeq.A combinação de amostras com códigos de barras espaciais e UMIs garante a precisão e especificidade dos dados gerados.O atributo exclusivo do chip BMKManu S1000 reside em sua versatilidade, oferecendo configurações de resolução de vários níveis que podem ser ajustadas com precisão para diferentes tecidos e níveis de detalhe.Essa adaptabilidade posiciona o chip como uma excelente escolha para diversos estudos de transcriptômica espacial, garantindo agrupamento espacial preciso com ruído mínimo.
Usando o chip BMKManu S1000 e outras tecnologias de transcriptômica espacial, os pesquisadores podem obter uma melhor compreensão da organização espacial das células e das complexas interações moleculares que ocorrem dentro dos tecidos, fornecendo informações valiosas sobre os mecanismos subjacentes aos processos biológicos em uma ampla gama de campos, incluindo oncologia, neurociência, biologia do desenvolvimento, imunologia e estudos botânicos.
Plataforma: chip BMKManu S1000 e Illumina NovaSeq
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10x Transcriptoma Espacial Visium Genomics
A transcriptômica espacial é uma tecnologia de ponta que permite aos pesquisadores investigar padrões de expressão gênica dentro dos tecidos, preservando seu contexto espacial.Uma plataforma poderosa neste domínio é o 10x Genomics Visium acoplado ao sequenciamento Illumina.O princípio do 10X Visium reside em um chip especializado com uma área de captura designada onde as seções de tecido são colocadas.Esta área de captura contém pontos com código de barras, cada um correspondendo a uma localização espacial única dentro do tecido.As moléculas de RNA capturadas do tecido são então rotuladas com identificadores moleculares únicos (UMIs) durante o processo de transcrição reversa.Esses pontos com código de barras e UMIs permitem mapeamento espacial preciso e quantificação da expressão gênica em resolução unicelular.A combinação de amostras com códigos de barras espaciais e UMIs garante a precisão e especificidade dos dados gerados.Ao usar esta tecnologia de Transcriptômica Espacial, os pesquisadores podem obter uma compreensão mais profunda da organização espacial das células e das complexas interações moleculares que ocorrem dentro dos tecidos, oferecendo informações valiosas sobre os mecanismos subjacentes aos processos biológicos em vários campos, incluindo oncologia, neurociência, biologia do desenvolvimento, imunologia. e estudos botânicos.
Plataforma: 10X Genomics Visium e Illumina NovaSeq
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Sequenciamento completo de mRNA-Nanopore
Embora o sequenciamento de mRNA baseado em NGS sirva como uma ferramenta versátil para quantificação da expressão gênica, sua dependência de leituras curtas restringe sua eficácia em análises transcriptômicas complexas.O sequenciamento Nanopore, por outro lado, emprega tecnologia de leitura longa, permitindo o sequenciamento de transcrições completas de mRNA.Esta abordagem facilita uma exploração abrangente de splicing alternativo, fusões genéticas, poliadenilação e quantificação de isoformas de mRNA.
O sequenciamento de nanoporos depende de sinais elétricos em tempo real de molécula única de nanoporos.Guiado por proteínas motoras, o DNA de fita dupla liga-se a proteínas nanoporosas incorporadas em um biofilme, desenrolando-se à medida que passa pelo canal nanoporo sob uma diferença de voltagem.Os sinais elétricos distintos gerados por diferentes bases na cadeia de DNA são detectados e classificados em tempo real, facilitando o sequenciamento preciso e contínuo de nucleotídeos.Esta abordagem inovadora supera as limitações de leitura curta e fornece uma plataforma dinâmica para análises genômicas complexas, incluindo estudos transcriptômicos complexos.
Plataforma: Nanopore Promethion P48
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Sequenciamento completo de mRNA -PacBio
Embora o sequenciamento de mRNA baseado em NGS seja uma ferramenta versátil para quantificar a expressão gênica, sua dependência de leituras curtas restringe seu uso em análises transcriptômicas complexas.O sequenciamento PacBio (Iso-Seq), por outro lado, emprega tecnologia de leitura longa, permitindo o sequenciamento de transcrições completas de mRNA.Esta abordagem facilita uma exploração abrangente de splicing alternativo, fusões genéticas e poliadenilação, embora não seja a principal escolha para quantificação da expressão genética, devido à elevada quantidade de dados necessários.
A tecnologia de sequenciamento PacBio depende do sequenciamento de molécula única em tempo real (SMRT), proporcionando uma vantagem distinta na captura de transcritos de mRNA completos.Esta abordagem inovadora envolve o uso de guias de ondas de modo zero (ZMWs), poços microfabricados que permitem a observação em tempo real da atividade da DNA polimerase durante o sequenciamento.Dentro desses ZMWs, a DNA polimerase da PacBio sintetiza uma fita complementar de DNA, gerando leituras longas que abrangem a totalidade das transcrições de mRNA.A operação do PacBio no modo de sequenciamento de consenso circular (CCS) aumenta a precisão ao sequenciar repetidamente a mesma molécula.As leituras HiFi geradas têm uma precisão comparável à NGS, contribuindo ainda mais para uma análise abrangente e confiável de características transcriptômicas complexas.Plataforma: PacBio Sequel II
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Sequenciamento de mRNA eucariótico-Illumina
O sequenciamento de mRNA permite o perfil abrangente de todas as transcrições de mRNA dentro das células sob condições específicas.Esta tecnologia de ponta serve como uma ferramenta potente, revelando intrincados perfis de expressão genética, estruturas genéticas e mecanismos moleculares associados a diversos processos biológicos.Amplamente adotado em pesquisas fundamentais, diagnósticos clínicos e desenvolvimento de medicamentos, o sequenciamento de mRNA oferece insights sobre as complexidades da dinâmica celular e da regulação genética.
Plataforma: Illumina NovaSeq X
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Sequenciamento de mRNA sem referência-Illumina
O sequenciamento de mRNA permite o perfil abrangente de todas as transcrições de mRNA dentro das células sob condições específicas.Esta tecnologia de ponta serve como uma ferramenta potente, revelando intrincados perfis de expressão genética, estruturas genéticas e mecanismos moleculares associados a diversos processos biológicos.Amplamente adotado em pesquisas fundamentais, diagnósticos clínicos e desenvolvimento de medicamentos, o sequenciamento de mRNA oferece insights sobre as complexidades da dinâmica celular e da regulação genética.
Plataforma: Illumina NovaSeq X
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Sequenciamento longo não codificado-Illumina
RNAs não codificantes longos (lncRNAs) são RNAs com mais de 200 nucleotídeos que possuem potencial de codificação mínimo e são elementos essenciais dentro do RNA não codificante.Encontrados no núcleo e no citoplasma, esses RNAs desempenham papéis cruciais na regulação epigenética, transcricional e pós-transcricional, ressaltando sua importância na formação de processos celulares e moleculares.O sequenciamento de LncRNA é uma ferramenta poderosa na diferenciação celular, ontogênese e doenças humanas.
Plataforma: Illumina NovaSeq
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Sequenciamento de RNA pequeno-Illumina
Moléculas pequenas de RNA (sRNA), normalmente com menos de 200 nucleotídeos de comprimento, incluem microRNAs (miRNAs), pequenos RNAs interferentes (siRNAs) e RNAs que interagem com piwi (piRNAs).Entre estes, os miRNAs, com cerca de 20-24 nucleotídeos de comprimento, são particularmente notáveis por seus papéis regulatórios essenciais em vários processos celulares.Com padrões de expressão específicos de tecido e de estágio, os miRNAs exibem alta conservação em diferentes espécies.
Plataforma: Illumina NovaSeq
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Sequenciamento de circRNA-Illumina
O sequenciamento circular de RNA (circRNA-seq) visa traçar e analisar RNAs circulares, uma classe de moléculas de RNA que formam circuitos fechados devido a eventos de splicing não canônicos, proporcionando a esses RNA maior estabilidade.Embora tenha sido demonstrado que alguns circRNAs atuam como esponjas de microRNA, sequestrando microRNAs e impedindo-os de regular seus mRNAs alvo, outros circRNAs podem interagir com proteínas, modular a expressão gênica ou ter funções em processos celulares.A análise da expressão do circRNA fornece insights sobre os papéis reguladores dessas moléculas e seu significado em vários processos celulares, estágios de desenvolvimento e condições de doença, contribuindo para uma compreensão mais profunda da complexidade da regulação do RNA no contexto da expressão gênica.
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Sequenciamento do transcriptoma completo – Illumina
O sequenciamento completo do transcriptoma oferece uma abordagem abrangente para traçar o perfil de diversas moléculas de RNA, abrangendo RNAs codificantes (mRNA) e não codificadores (lncRNA, circRNA e miRNA).Esta técnica captura o transcriptoma completo de células específicas num determinado momento, permitindo uma compreensão holística dos processos celulares.Também conhecido como “sequenciamento total de RNA”, visa desvendar redes regulatórias intrincadas no nível do transcriptoma, permitindo análises aprofundadas, como RNA endógeno concorrente (ceRNA) e análise conjunta de RNA.Isto marca o passo inicial para a caracterização funcional, particularmente no desvendamento das redes reguladoras que envolvem interações de ceRNA baseadas em circRNA-miRNA-mRNA.
