-
Sequenciamento de Amplicon 16S/18S/ITS PacBio de comprimento total
A plataforma Amplicon (16S/18S/ITS) é desenvolvida com anos de experiência em análise de projetos de diversidade microbiana, que contém análise básica padronizada e análise personalizada: a análise básica cobre o conteúdo de análise principal da pesquisa microbiana atual, o conteúdo da análise é rico e abrangente, e os resultados das análises são apresentados na forma de relatórios de projeto;O conteúdo da análise personalizada é diversificado.As amostras podem ser selecionadas e os parâmetros podem ser definidos de forma flexível de acordo com o relatório de análise básica e a finalidade da pesquisa, para atender aos requisitos personalizados.Sistema operacional Windows, simples e rápido.
-
Transcriptoma completo do PacBio (não referência)
Tomando como entrada dados de sequenciamento de isoformas da Pacific Biosciences (PacBio), este aplicativo é capaz de identificar sequências transcritas completas (sem montagem).Ao mapear sequências completas em relação ao genoma de referência, os transcritos podem ser otimizados por genes conhecidos, transcritos, regiões codificantes, etc. Neste caso, pode ser alcançada uma identificação mais precisa de estruturas de mRNA, como splicing alternativo, etc.A análise conjunta com dados de sequenciamento do transcriptoma NGS permite uma anotação mais abrangente e uma quantificação mais precisa na expressão no nível do transcrito, o que beneficia amplamente a expressão diferencial a jusante e a análise funcional.
-
Kits de ferramentas
BMKCloud é uma plataforma de bioinformática líder que fornece solução completa para programas genômicos, na qual pesquisadores confiam amplamente em diversas áreas, incluindo médica, agrícola, ambiental, etc. BMKCloud está comprometida em fornecer serviços integrados, confiáveis e eficientes, incluindo plataformas e ferramentas de análise de bioinformática , recursos de computação, banco de dados público, cursos on-line de bioinformática, etc. BMKCloud tem várias ferramentas de bioinformática usadas com frequência, incluindo anotação de genes, ferramentas genéticas evolutivas, ncRNA, controle de qualidade de dados, montagem, alinhamento, extração de dados, mutações, estatísticas, gerador de figuras, sequência análise, etc.
-
RNA pequeno
RNAs pequenos são tipos de RNA não codificantes curtos com comprimento médio de 18-30 nt, incluindo miRNA, siRNA e piRNA.Foi relatado massivamente que esses pequenos RNAs estão envolvidos em vários processos biológicos, como degradação de mRNA, inibição da tradução, formação de heterocromatina, etc. A análise de sequenciamento de SmallRNA tem sido amplamente aplicada em estudos sobre desenvolvimento animal/planta, doenças, vírus, etc. A plataforma de análise de sequenciamento consiste em análise padrão e mineração de dados avançada.Com base nos dados de RNA-seq, a análise padrão pode alcançar a identificação e predição de miRNA, predição do gene alvo de miRNA, anotação e análise de expressão.A análise avançada permite pesquisa e extração personalizada de miRNA, geração de diagrama de Venn, miRNA e construção de rede de genes alvo.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS é uma plataforma de análise de re-sequenciamento de genoma completo, desenvolvida com base na rica experiência em tecnologias de biomarcadores.Esta plataforma fácil de usar permite o envio rápido de um fluxo de trabalho de análise integrado, bastando definir alguns parâmetros básicos, adequados aos dados de sequenciamento de DNA gerados pela plataforma Illumina e pela plataforma de sequenciamento BGI.Esta plataforma é implantada em servidores de computação de alto desempenho, o que permite análises de dados altamente eficientes em tempo muito limitado.A mineração de dados personalizada está disponível com base em análises padrão, incluindo consulta de genes mutados, design de primers de PCR, etc.
-
mRNA (Referência)
Transcriptoma é a ligação entre a informação genética genômica e o proteoma da função biológica.A regulação do nível transcricional é o modo de regulação dos organismos mais importante e mais amplamente estudado.O sequenciamento do transcriptoma pode sequenciar o transcriptoma a qualquer momento ou sob qualquer condição, com uma resolução precisa de um único nucleotídeo. Ele pode refletir dinamicamente o nível de transcrição do gene, identificar e quantificar simultaneamente transcrições raras e normais e fornecer as informações estruturais de amostras de transcrições específicas.
Atualmente, a tecnologia de sequenciamento do transcriptoma tem sido amplamente utilizada em agronomia, medicina e outros campos de pesquisa, incluindo regulação do desenvolvimento animal e vegetal, adaptação ambiental, interação imunológica, localização de genes, evolução genética de espécies e detecção de tumores e doenças genéticas.
-
Metagenômica (NGS)
Esta plataforma de análise foi projetada para análise de dados metagenômicos shotgun com base em anos de experiência.Consiste em um fluxo de trabalho integrado contendo várias análises metagenômicas comumente necessárias, incluindo processamento de dados, estudos em nível de espécie, estudos em nível de função genética, binning de metagenoma, etc. Além disso, ferramentas personalizadas de mineração de dados estão disponíveis no fluxo de trabalho de análise padrão, incluindo consulta de genes e espécies , configuração de parâmetros, geração de figuras personalizadas, etc.
-
LncRNA
RNAs não codificantes longos (lncRNA) são um tipo de transcrito com comprimento superior a 200 nt, incapazes de codificar proteínas.Evidências acumulativas sugerem que a maioria dos lncRNAs tem grande probabilidade de ser funcional.Tecnologias de sequenciamento de alto rendimento e ferramentas de análise bioinformática nos capacitam a revelar sequências de lncRNA e informações de posicionamento de forma mais eficiente e nos levam a descobrir lncRNAs com funções regulatórias cruciais.A BMKCloud tem orgulho de fornecer aos nossos clientes uma plataforma de análise de sequenciamento de lncRNA para obter análises de lncRNA rápidas, confiáveis e flexíveis.
-
GWAS
O estudo de associação genômica ampla (GWAS) visa identificar variantes genéticas (genótipo) associadas a características específicas (fenótipo).Os estudos da GWA investigam marcadores genéticos que cruzam todo o genoma de um grande número de indivíduos e prevêem associações genótipo-fenótipo por meio de análise estatística em nível populacional.O ressequenciamento do genoma completo pode potencialmente descobrir todas as variantes genéticas.Juntamente com dados fenotípicos, o GWAS pode ser processado para identificar SNPs, QTLs e genes candidatos relacionados ao fenótipo, o que apoia fortemente o melhoramento animal/planta moderno.SLAF é uma estratégia simplificada de sequenciamento de genoma autodesenvolvida, que descobre marcadores distribuídos em todo o genoma, SNP.Esses SNPs, como marcadores genéticos moleculares, podem ser processados para estudos de associação com características específicas.É uma estratégia econômica na identificação de variações genéticas associadas a características complexas.
-
Transcriptômica completa Nanopore
Isoformas alternativas complexas e variáveis em organismos são mecanismos genéticos importantes para regular a expressão gênica e a diversidade de proteínas.A identificação precisa de estruturas transcritas é a base para um estudo aprofundado dos padrões de regulação da expressão gênica.A plataforma de sequenciamento Nanopore trouxe com sucesso o estudo transcriptômico ao nível de isoforma.Esta plataforma de análise foi projetada para analisar dados de RNA-Seq gerados na plataforma Nanopore com base no genoma de referência, que alcança análises qualitativas e quantitativas tanto em nível de gene quanto em nível de transcrição.
-
circ-RNA
O RNA circular (circRNA) é um tipo de RNA não codificante, que recentemente se descobriu que desempenha um papel vital nas redes regulatórias envolvidas no desenvolvimento, na resistência ambiental, etc. Distinto das moléculas de RNA linear, por exemplo, mRNA, lncRNA, 3 'e 5' as extremidades do circRNA são unidas para formar uma estrutura circular, o que os salva da digestão da exonuclease e são mais estáveis do que a maioria do RNA linear.Descobriu-se que o CircRNA tem diversas funções na regulação da expressão gênica.O CircRNA pode atuar como ceRNA, que se liga competitivamente ao miRNA, conhecido como esponja de miRNA.A plataforma de análise de sequenciamento de CircRNA permite a análise da estrutura e expressão do circRNA, previsão de alvos e análise conjunta com outros tipos de moléculas de RNA
-
BSA
A plataforma Bulked Segregant Analysis consiste em análise padrão de uma etapa e análise avançada com configuração de parâmetros personalizada.BSA é uma técnica empregada para identificar rapidamente marcadores genéticos associados ao fenótipo.O fluxo de trabalho principal da BSA contém: 1. seleção de dois grupos de indivíduos com fenótipos extremamente opostos;2. reunir o DNA, RNA ou SLAF-seq (desenvolvido pela Biomarker) de todos os indivíduos para formar dois volumes de DNA;3. identificar sequências diferenciais em relação ao genoma de referência ou entre elas, 4. prever regiões candidatas ligadas por ED e algoritmo de índice SNP;5. Análise funcional e enriquecimento de genes em regiões candidatas, etc. Também está disponível uma mineração mais avançada de dados, incluindo triagem de marcadores genéticos e desenho de primers.
