Sequenciamento do genoma de planta/animal de novo
Vantagens do serviço
Desenvolvimento de plataformas de sequenciamento e bioinformática emde novomontagem do genoma
(Amarasinghe SL e outros,Biologia do Genoma, 2020)
● Construir novos genomas e melhorar genomas de referência existentes para espécies de interesse.
● Maior precisão, continuidade e integridade na montagem
● Construção de recurso fundamental para pesquisa em polimorfismo de sequência, QTLs, edição genética, melhoramento genético, etc.
● Equipado com espectro completo de plataformas de sequenciamento de terceira geração: solução completa de montagem de genoma
● Estratégias flexíveis de sequenciamento e montagem que atendem a diversos genomas com características diferentes
● Equipe de bioinformática altamente qualificada com grande experiência em montagens complexas de genomas, incluindo poliplóides, genomas gigantes, etc.
● Mais de 100 casos de sucesso com um fator de impacto publicado acumulado superior a 900
● Tempo de resposta de até 3 meses para montagem do genoma em nível de cromossomo.
● Sólido suporte técnico com uma série de patentes e direitos autorais de software tanto na área experimental quanto na bioinformática.
Especificações de serviço
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Contente
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Plataforma
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Comprimento da leitura
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Cobertura
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| Pesquisa do Genoma
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
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| Sequenciamento do Genoma
| PacBio Revisão
| Leituras HiFi de 15 kb
| ≥ 30X
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| Olá-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
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Fluxo de trabalho
Requisitos de amostra e entrega
Requisitos de amostra:
| Espécies | Tecido | Para PacBio | Para Nanoporo |
| Animais | Órgãos viscerais (fígado, baço, etc.) | ≥ 1,0g | ≥ 3,5g |
| Músculo | ≥ 1,5g | ≥ 5,0g | |
| Sangue de mamíferos | ≥ 1,5 mL | ≥ 5,0 mL | |
| Sangue de peixes ou pássaros | ≥ 0,2 mL | ≥ 0,5 mL | |
| Plantas | Folhas frescas | ≥ 1,5g | ≥ 5,0g |
| Pétala ou caule | ≥ 3,5g | ≥ 10,0g | |
| Raízes ou sementes | ≥ 7,0g | ≥ 20,0g | |
| Células | Cultura de células | ≥3×107 | ≥ 1×108 |
Entrega de amostra recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (folha de estanho não é recomendada)
Para a maioria das amostras, recomendamos não conservar em etanol.
Rotulagem das amostras: As amostras precisam ser claramente rotuladas e idênticas ao formulário de informações da amostra enviado.
Remessa: Gelo seco: As amostras precisam primeiro ser embaladas em sacos e enterradas em gelo seco.
Fluxo de trabalho de serviço
Projeto de experimento
Entrega de amostra
Extração de DNA
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
*Os resultados de demonstração mostrados aqui são todos de genomas publicados com Biomarker Technologies
1. Circos na montagem do genoma em nível cromossômico deG. rotundifóliopela plataforma de sequenciamento Nanopore
WangM et al.,Biologia Molecular e Evolução, 2021
2. Estatísticas de montagem e anotação do genoma do centeio Weining
LiG et al.,Genética da Natureza, 2021
3. Previsão genética deSechium edulegenoma, derivado de três métodos de predição:De novoprevisão, previsão baseada em homologia e previsão baseada em dados RNA-Seq
FuA et al.,Pesquisa em Horticultura, 2021
4.Identificação de repetições terminais longas intactas em três genomas de algodão
WangM et al.,Biologia Molecular e Evolução, 2021
5.Mapa de calor Hi-C doC. acuminadagenoma mostrando interações completas em todo o genoma.A intensidade das interações Hi-C é proporcional à distância linear entre contigs.Uma linha reta limpa neste mapa de calor indica uma ancoragem altamente precisa de contigs nos cromossomos.(Taxa de ancoragem Contig: 96,03%)
KangM et al.,Comunicações da Natureza,2021
Caso BMK
Uma montagem de genoma de alta qualidade destaca características genômicas do centeio e genes agronomicamente importantes
Publicados: Genética da Natureza, 2021
Estratégia de sequenciamento:
Montagem do genoma: modo PacBio CLR com biblioteca de 20 kb (497 Gb, aprox. 63×)
Correção de sequência: NGS com biblioteca de DNA de 270 pb (430 Gb, aprox. 54×) na plataforma Illumina
Ancoragem Contigs: biblioteca Hi-C (560 Gb, aprox. 71×) na plataforma Illumina
Mapa óptico: (779,55 Gb, aprox. 99×) em Bionano Irys
Principais resultados
1. Uma montagem do genoma do centeio Weining foi publicada com tamanho total do genoma de 7,74 Gb (98,74% do tamanho estimado do genoma por citometria de fluxo).O scaffold N50 desta montagem atingiu 1,04 Gb.93,67% dos contigs foram ancorados com sucesso em 7 pseudocromossomos.Essa montagem foi avaliada por mapa de ligação, LAI e BUSCO, o que resultou em pontuações altas em todas as avaliações.
2. Estudos adicionais sobre genômica comparativa, mapa de ligação genética e estudos de transcriptômica foram realizados com base neste genoma.Uma série de características genômicas relacionadas a características foram reveladas, incluindo duplicações genéticas em todo o genoma e seu impacto nos genes da biossíntese do amido;organização física de loci complexos de prolamina, características de expressão gênica subjacentes ao traço de cabeçalho inicial e supostas regiões cromossômicas associadas à domesticação e loci no centeio.
 Diagrama de Circos sobre características genômicas do genoma do centeio Weining |  Análises evolutivas e de sintenia cromossômica do genoma do centeio |
Li, G., Wang, L., Yang, J.e outros.Uma montagem de genoma de alta qualidade destaca características genômicas do centeio e genes agronomicamente importantes.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
