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Nautilus é o único cefalópode sobrevivente do Paleozóico com casca externa.É único na genealogia dos cefalópodes e fundamental para a compreensão das novidades evolutivas dos cefalópodes.Aqui apresentamos um completoNáutilus pompiliusgenoma como uma referência genômica fundamental em inovações de cefalópodes, como o olho pinhole e a biomineralização.O Nautilus mostra um genoma compacto e minimalista com poucos genes codificadores e taxas evolutivas lentas em regiões não codificantes e codificantes entre os cefalópodes conhecidos.É importante ressaltar que múltiplas inovações genômicas, incluindo perdas genéticas, contração independente e expansão de famílias genéticas específicas e suas redes regulatórias associadas, provavelmente moldaram a evolução do olho pinhole do nautilus.O kit de ferramentas de biomineralização de moluscos conservados e os domínios repetitivos de baixa complexidade específicos da linhagem são essenciais para a construção da concha do nautilus.O genoma do nautilus constitui um recurso valioso para reconstruir os cenários evolutivos e as inovações genômicas que moldam os cefalópodes existentes.