EVOLUÇÃO DO GENOMA
Genoma De novo
Montagem|Determinação do sexo Todo o trabalho de sequenciamento e serviços parciais de bioinformática foram fornecidos pela Biomarker Techonologies.
Abstrato
“O fenótipo icônico dos dragões marinhos inclui apêndices em forma de folha, uma boca tubular desdentada e gravidez masculina envolvendo incubação de ovos fertilizados em uma “mancha de criação” aberta.Nós sequenciamos de novo os genomas masculino e feminino do dragão marinho comum (Phyllopteryx taeniolatus) e suas espécies intimamente relacionadas, o peixe-jacaré (Syngnathoides biaculeatus).Perfis de transcrição de uma novidade evolutiva, os apêndices semelhantes a folhas, mostram que um conjunto de genes tipicamente envolvidos no desenvolvimento de barbatanas foi cooptado, bem como um enriquecimento de transcrições para potencial reparo de tecidos e genes de defesa imunológica.Descobriu-se que os mutantes do peixe-zebra para scpp5, que são perdidos em todos os singnatídeos, não possuem ou apresentam dentes faríngeos deformados, apoiando a hipótese de que a perda de scpp5 contribuiu para a perda de dentes nos singnatídeos.Um suposto locus determinante do sexo que codifica um gene amhr2y específico do macho, compartilhado pelo dragão-marinho comum e pelo peixe-jacaré, foi identificado. ”
Materiais e métodos:
Materiais
Fnosso dragão marinho comum (P. taeniolatus) e dois peixes-jacaré (S. biaculeatus) espécimes.Dois indivíduos de dragão marinho comum (um macho e uma fêmea) e dois peixes-jacaré (um macho e uma fêmea) foram usados para sequenciamento do genoma completo, e dois outros indivíduos machos de dragão marinho comum foram usados para ressequenciamento do genoma.
Estratégia de sequenciamento do genoma
2Biblioteca de 70/350 pb (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) ou Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000).sequenciamento, e dois outros indivíduos machos de dragão marinho comum foram usados para ressequenciamento do genoma.
Sequenciamento do transcriptoma
Fou dragão marinho comum, cérebro, olho, brânquia, fígado, coração, rim, mesentério, intestino, músculo, barbatana, pele, apêndices semelhantes a folhas, testículos e ovário foram coletados.
Estratégia de montagem do genoma de novo
Canu (Correção) + WTDBG2 (Montagem) + Pilon (Polonês) + Lachesis (Hi-C).
Resultados principais
1. Principais características do dragão-marinho comum (P. taeniolatus) e do peixe-jacaré (S. biaculeatus) e suas posições filogenéticas.
Figura 2. Morfologia e composição genética dos apêndices em forma de folha no dragão marinho comum (P. taeniolatus).
3. Suposto gene de determinação do sexo no dragão-marinho comum (P. taeniolatus) e no peixe-jacaré (S. biaculeatus).
4. Fenótipos de dentes faríngeos em mutantes homozigotos scpp5 de peixe-zebra.
Horário da postagem: 08 de janeiro de 2022