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Sequenciamento de transcriptoma completo baseado em nanoporos

O sequenciamento Nanopore se distingue de outras plataformas de sequenciamento, pois os nucleotídeos são lidos diretamente sem síntese de DNA e geram leituras longas em dezenas de quilobases.Isso permite a leitura direta de transcrições completas e enfrenta os desafios dos estudos transcriptômicos.

√ Baixo viés específico de sequência

√ Leitura completa de cDNA para estudos de estrutura genética

√ Menos dados necessários para cobrir o mesmo número de transcrições

√ Identificação de múltiplas isoformas por gene

√ Quantificação de expressão em nível de isoforma

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Pipeline típico de bioinformática

Trans-bix-1024x254 de comprimento total

Últimos casos de sucesso com tecnologias de biomarcadores

1. Análises comparativas de transcriptomas completos revelam a dinâmica de desenvolvimento do caule Gnetum luofuense

Jornal: Fronteiras na Genética

Publicado: março de 2021

Palavras-chave: MinION |Emenda alternativa |APA |lncRNA |Transcrições diferencialmente expressas

Leia o texto completo

2. Movimento unidirecional de pequenos RNAs dos brotos às raízes em heteroenxertos interespecíficos

Diário: Plantas da Natureza

Publicado: janeiro de 2021

Palavras-chave: Nanoporo |Iluminar |detecção de mRNA móvel completo

3. A análise completa do transcriptoma de raízes de aspargos revela o mecanismo molecular de tolerância ao sal induzida por fungos micorrízicos arbusculares

Revista: Botânica Ambiental e Experimental

Publicado: janeiro de 2021

Palavras-chave: MinION |Transcrições expressas diferencialmente |Fatores de transcrição |Emenda alternativa

4. Mudanças características fisiológicas e transcriptoma completo de raízes e folhas de rosa (Rosa chinensis) em resposta ao estresse hídrico

Revista: Fisiologia Vegetal e Celular

Publicado: outubro de 2020

Palavras-chave: PromethION |Transcrições expressas diferencialmente |Previsão funcional |Isoformas emendadas |TF e lncRNA

5. Análise e comparação abrangente do sequenciamento de RNA baseado em PacBio e nanoporos do transcriptoma de Arabidopsis

Diário: Método Planta

Publicado: abril de 2020

Palavras-chave: GridION |PromethION |Sequela PacBio |Illumina NovaSeq |Alinhamento do genoma |Identificação da transcrição |Emenda alternativa |RSS |LncRNA |Quantificação de isoformas

Notícias e Destaques visa compartilhar os últimos casos de sucesso com Biomarker Technologies, capturando novas conquistas científicas, bem como técnicas proeminentes aplicadas durante o estudo.


Horário da postagem: 08 de janeiro de 2022

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