MONTAGEM DO GENOMA T2T, GENOMA LIVRE DE GAP
1stDois genomas de arroz1
Título: Montagem e validação de dois genomas de referência sem lacunas para arroz Xian/indica revela insights sobre a arquitetura do centrômero vegetal
Faça:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Horário de postagem: 01 de janeiro de 2021.
Instituto: Universidade Agrícola de Huazhong, China
Materiais
O. sativa xian/indicavariedades de arroz 'Zhenshan 97 (ZS97)' e 'Minghui 63 (MH63)
Estratégia de sequenciamento
Leituras NGS + leituras HiFi + leituras CLR + BioNano + Hi-C
Dados:
ZS97: 8,34 Gb (~ 23x) leituras HiFi + 48,39 Gb (~ 131x) leituras CLR + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 células BioNano Irys
MH63: 37,88 Gb (~103x) leituras HiFi + 48,97 Gb (~132x) leituras CLR + 28 Gb(~76x) NGS + 2 células BioNano Irys
Figura 1 Dois genomas de arroz sem lacunas (MH63 e ZS97)
2ndGenoma da Banana2
Título: Cromossomos sem lacunas de telômero a telômero de banana usando sequenciamento de nanoporos
Faça:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Horário de postagem: 17 de abril de 2021.
Instituto: Université Paris-Saclay, França
Materiais
Duplo haplóideMusa acuminadasppmalaccensis(DH-Pahang)
Estratégia e dados de sequenciamento:
Modo HiSeq2500 PE250 + MinION/PromethION (93Gb,~200X )+ Mapa óptico (DLE-1+BspQ1)
Tabela 1 Comparação de conjuntos de genoma de Musa acuminata (DH-Pahang)
Figura 2 Comparação da arquitetura dos genomas Musa
3rdGenoma de Phaeodactylum tricornutum3
Título: Montagem do genoma telômero-telômero deP
haeodactylum tricornutum
Faça:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Horário de postagem: 04 de maio de 2021
Instituto: Western University, Canadá
Materiais
Phaeodactylum tricornutum(Coleção de Cultura de Algas e Protozoários CCAP 1055/1)
Estratégia e dados de sequenciamento:
1 célula de fluxo Oxford Nanopore minION + uma execução NextSeq 550 de saída média emparelhada 2×75
Figura 3 Fluxo de trabalho para montagem do genoma de telômero a telômero
4thGenoma humano CHM134
Título: A sequência completa de um genoma humano
Faça:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Horário de postagem: 27 de maio de 2021
Instituto: Institutos Nacionais de Saúde (NIH), EUA
Materiais: linha celular CHM13
Estratégia e dados de sequenciamento:
30× sequenciamento de consenso circular PacBio (HiFi), 120× sequenciamento de leitura ultralonga Oxford Nanopore, 100× sequenciamento sem PCR Illumina (ILMN), 70× Illumina/Arima Genomics Hi-C (Hi-C), mapas ópticos BioNano, e Strand-seq
Tabela 2 Comparação dos conjuntos do genoma humano GRCh38 e T2T-CHM13
Referência
1.Sergey Nurk et al.A sequência completa de um genoma humano.bioRxiv 2021.05.26.445798;faça:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Cromossomos sem intervalos de telômero a telômero de banana usando sequenciamento de nanoporos.bioRxiv 2021.04.16.440017;faça:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Montagem do genoma telômero a telômero de Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;faça:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Montagem e validação de dois genomas de referência sem lacunas para arroz Xian/indica revela insights sobre a arquitetura do centrômero vegetal.bioRxiv 2020.12.24.424073;faça:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Horário da postagem: 06/01/2022