GENOMA
Montagem em escala cromossômica e análise do genoma da cultura de biomassa Miscanthus lutarioriparius
Sequenciamento de nanoporos |Iluminar |Olá-C |Sequenciação de RNA |Filogenia
Neste estudo, a Biomarker Technologies forneceu suporte técnico no sequenciamento Nanopore, montagem de novo genoma, montagem assistida por Hi-C, etc.
Abstrato
Miscanto, planta rizomatosa perene, apresenta grande potencial para produção de bioenergia por sua elevada biomassa e tolerância ao estresse.Relatamos uma montagem em escala cromossômica deMiscanthus lutarioripariusgenoma combinando sequenciamento Oxford Nanopore e tecnologias Hi-C.A montagem de 2,07 Gb cobre 96,64% do genoma, com contig N50 de 1,71 Mb.As sequências do centrômero e dos telômeros são montadas para todos os 19 cromossomos e o cromossomo 10, respectivamente.A origem alotetraplóide do M. lutarioriparius é confirmada usando repetições de satélites centroméricos.A estrutura do genoma tetraplóide e vários rearranjos cromossômicos relativos ao sorgo são claramente demonstrados.Genes duplicados em tandem deM. lutarioripariussão funcionalmente enriquecidos não apenas em termos relacionados à resposta ao estresse, mas também à biossíntese da parede celular.As famílias de genes relacionadas à resistência a doenças, à biossíntese da parede celular e ao transporte de íons metálicos são bastante expandidas e evoluídas.A expansão destas famílias pode ser uma base genômica importante para o aprimoramento de características notáveis deM. lutarioriparius.
Principais estatísticas da montagem do genoma
Figura.Visão geral da montagem do genoma de M. lutarioriparius
Notícias e Destaques visa compartilhar os últimos casos de sucesso com Biomarker Technologies, capturando novas conquistas científicas, bem como técnicas proeminentes aplicadas durante o estudo.
Horário da postagem: 05 de janeiro de 2022