A genotipagem de alto rendimento, especialmente em populações em grande escala, é uma etapa fundamental nos estudos de associação genética, que fornece base genética para descoberta funcional de genes, análise evolutiva, etc. Em vez de re-sequenciamento profundo do genoma inteiro, sequenciamento do genoma de representação reduzida (RRGS ) é introduzido para minimizar o custo de sequenciamento por amostra, ao mesmo tempo que mantém uma eficiência razoável na descoberta de marcadores genéticos.Isso geralmente é conseguido extraindo fragmentos de restrição dentro de um determinado intervalo de tamanho, que é denominado biblioteca de representação reduzida (RRL).O sequenciamento de fragmentos amplificados de locus específico (SLAF-Seq) é uma estratégia autodesenvolvida para descoberta de SNP de novo e genotipagem de SNP de grandes populações.
Fluxo de trabalho técnico
Métodos SLAF vs RRL existentes
Vantagens do SLAF
Maior eficiência na descoberta de marcadores genéticos– Combinado com a tecnologia de sequenciamento de alto rendimento, o SLAF-Seq poderia alcançar centenas de milhares de tags descobertas em todo o genoma para atender às solicitações de diversos projetos de pesquisa, com ou sem um genoma de referência.
Projeto experimental personalizado e flexível– Para diferentes objetivos ou espécies de pesquisa, estão disponíveis diferentes estratégias de digestão enzimática, incluindo digestão com enzima única, enzima dupla e digestão multienzimática.A estratégia de digestão será pré-avaliada in silico para garantir um design enzimático ideal.
Alta eficiência na digestão enzimática– A digestão enzimática pré-projetada fornece SLAFs distribuídos de maneira mais uniforme no cromossomo.A eficiência da coleta de fragmentos pode atingir mais de 95%.
Evite sequências repetitivas– A porcentagem de sequência repetitiva nos dados SLAF-Seq é reduzida para menos de 5%, especialmente em espécies com alto nível de elementos repetitivos, como trigo, milho, etc.
Fluxo de trabalho de bioinformática autodesenvolvido– A BMK desenvolveu um fluxo de trabalho de bioinformática integrado aplicável à tecnologia SLAF-Seq para garantir confiabilidade e precisão do resultado final.
Aplicação do SLAF
Mapa de ligação genética
Construção de mapas genéticos de alta densidade e identificação de loci que controlam características do tipo de flor em Crisântemo (Crisântemo x morifolium Ramat.)
Revista: Pesquisa em Horticultura Publicada: 2020.7
GWAS
Identificação de um gene candidato associado ao conteúdo de isofavonas em sementes de soja utilizando associação genômica e mapeamento de ligação
Diário: the Plant Journal Publicado: 2020.08
Genética Evolutiva
A análise genômica populacional e a montagem de novo revelam a origem do arroz com ervas daninhas como um jogo evolutivo
Diário: Planta Molecular Publicado: 2019.5
Análise Segregante Bulk (BSA)
GmST1, que codifica uma sulfotransferase, confere resistência às cepas G2 e G3 do vírus do mosaico da soja
Diário: Planta, Célula e Meio Ambiente Publicado: 2021.04
Referência
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: um método eficiente de descoberta e genotipagem de SNP de novo em grande escala usando sequenciamento de alto rendimento [J].Plos um, 2013, 8(3):e58700
Canção X, Xu Y, Gao K, et al.Construção de mapas genéticos de alta densidade e identificação de loci que controlam características do tipo de flor em Crisântemo (Crisântemo × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Identificação de um gene candidato associado ao conteúdo de isoflavonas em sementes de soja utilizando associação genômica e mapeamento de ligação.Planta J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Análise genômica populacional e montagem De Novo revelam a origem do arroz Weedy como um jogo evolutivo.Planta Mol.2019;12(5):632-647.Planta Mol.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, que codifica uma sulfotransferase, confere resistência às cepas G2 e G3 do vírus do mosaico da soja.Ambiente de células vegetais.2021;10.1111/pce.14066
Horário da postagem: 04/01/2022