Plataforma | Tamanho da biblioteca | Rendimento teórico de dados (por célula) | Precisão de base única | Formulários |
Nanoporo | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultralongo, cDNA-PCR | 70-90 Gb/célula | 85-92% | Chamada SV, De novo, Sequenciamento completo, Iso-Seq, Anotação genética, Detecção de metilação do DNA |
● Mais de 5 anos de experiência na plataforma de sequenciamento PacBio com milhares de projetos fechados com diversas espécies.
● A BMKGENE é parceira oficial da Oxford Nanopore, com certificação de dupla plataforma RNA/DNA.
● Existem modelos convencionais de sequenciadores com equipamento completo e capacidade de sequenciamento suficiente.
● Com base na plataforma Nanopore, mais de 10 pesquisas Denovo em animais e plantas foram publicadas em revistas de renome internacional.
Tipo de amostra | Quantia | Concentração(Qubit ®) | Volume | Pureza | Outros |
DNA genômico | Depende da exigência de dados | ≥20ng/μl | ≥15μl | DO260/280=1,7-2,2; OD260/230≥1,5; Pico claro em 260 nm, sem contaminações | A concentração precisa ser medida por Qubit e Qubit/Nanopore ≤ 2 |
ARN total | ≥1,2 μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | DO260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5;sem contaminações | Valor RIN ≥7,5 |
Avaliação da qualidade dos dados da amostra de DNA
Tabela 1. Estatísticas sobre dados limpos.
BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | limparSeqNum | limparSumBase | limpoN50Len | limpoN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
DNA_BMK01 | 1.218.239 | 26.37 | 1.121.736 | 25,90 | 28.014 | 15.764 | 23.090 | 143.181 | 9 |
Avaliação da qualidade dos dados da amostra de RNA
Tabela 1. Estatísticas sobre dados limpos.
Nome do arquivo | ID do Cliente | LerNum | BaseNum | N50 | Comprimento Médio | Comprimento máximo | MédiaQscore |
RNA_BMK001 | C2 | 8.947.708 | 4.047.230.083 | 398 | 452 | 129.227 | Q12 |
Figura 1. Distribuição do comprimento de leitura
Figura 2. Distribuição do índice de qualidade de dados limpos
Figura 3. Distribuição de comprimento e pontuação de qualidade de dados limpos