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Sequenciamento de DNA/RNA – Sequenciador Nanopore

O sequenciamento ONT é uma tecnologia de sequenciamento de sinal elétrico em tempo real de molécula única baseada em nanoporos, o princípio de sequenciamento de cada plataforma é o mesmo.DNA/RNA de fita dupla se ligará à proteína nanoporosa incorporada no biofilme e se desenrolará sob a liderança da proteína motora, sob a ação da diferença de voltagem de ambos os lados do biofilme, os fios de DNA/RNA passam através da proteína do canal nanoporo em um certo avaliar.Devido às diferenças nas propriedades químicas das diferentes bases na cadeia de DNA/RNA, quando uma única base ou molécula de DNA passa pelo canal nanoporo, causará a mudança de diferentes sinais elétricos.Ao detectar e corresponder a estes sinais, os tipos de base correspondentes podem ser calculados e a detecção da sequência em tempo real pode ser concluída.


Detalhes do serviço

Resultado da demonstração

Recursos de detalhes do serviço

Plataforma

Tamanho da biblioteca

Rendimento teórico de dados (por célula)

Precisão de base única

Formulários

Nanoporo

8Kb, 10kb, 20kb, Ultralongo, cDNA-PCR

70-90 Gb/célula

85-92%

Chamada SV, De novo, Sequenciamento completo, Iso-Seq, Anotação genética, Detecção de metilação do DNA

Vantagens do serviço

● Mais de 5 anos de experiência na plataforma de sequenciamento PacBio com milhares de projetos fechados com diversas espécies.
● A BMKGENE é parceira oficial da Oxford Nanopore, com certificação de dupla plataforma RNA/DNA.
● Existem modelos convencionais de sequenciadores com equipamento completo e capacidade de sequenciamento suficiente.
● Com base na plataforma Nanopore, mais de 10 pesquisas Denovo em animais e plantas foram publicadas em revistas de renome internacional.

Requisitos de amostra


Tipo de amostra

Quantia

Concentração(Qubit ®)

Volume

Pureza

Outros

DNA genômico

Depende da exigência de dados

 ≥20ng/μl

≥15μl

DO260/280=1,7-2,2;

OD260/230≥1,5;

Pico claro em 260 nm, sem contaminações

A concentração precisa ser medida por Qubit e Qubit/Nanopore ≤ 2

ARN total

≥1,2 μg

≥100μg/μl

≥15μl

DO260/280=1,7-2,5;

OD260/230=0,5-2,5;sem contaminações

Valor RIN ≥7,5

 

Fluxo de trabalho de serviço

Preparação de amostra

Preparação de amostra

Preparação da Biblioteca

Construção de biblioteca

Sequenciamento

Sequenciamento

Análise de dados

Análise de dados

CQ de amostra

Entrega de projeto


  • Anterior:
  • Próximo:

  • Avaliação da qualidade dos dados da amostra de DNA

    Tabela 1. Estatísticas sobre dados limpos.

    BMKID

    rawSeqNum

    rawSumBase

    limparSeqNum

    limparSumBase

    limpoN50Len

    limpoN90Len

    cleanMeanLen

    cleanMaxLen

    cleanMeanQual

    DNA_BMK01

    1.218.239

    26.37

    1.121.736

    25,90

    28.014

    15.764

    23.090

    143.181

    9

    Avaliação da qualidade dos dados da amostra de RNA

    Tabela 1. Estatísticas sobre dados limpos.

    Nome do arquivo

    ID do Cliente

    LerNum

    BaseNum

    N50

    Comprimento Médio

    Comprimento máximo

    MédiaQscore

    RNA_BMK001

    C2

    8.947.708

    4.047.230.083

    398

    452

    129.227

    Q12

    Figura 1. Distribuição do comprimento de leitura

    A3

    Figura 2. Distribuição do índice de qualidade de dados limpos

    A4

    Figura 3. Distribuição de comprimento e pontuação de qualidade de dados limpos

    A5

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