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*Os resultados de demonstração mostrados aqui são todos de genomas publicados com Biomarker Technologies

1. Estimativa do tempo de inserção de LTR: A figura mostra uma distribuição bimodal única nos tempos de inserção de LTR-RTs no genoma do centeio Weining, em comparação com outras espécies.O pico mais recente apareceu há cerca de 0,5 milhão de anos.

Li Guang e outros,Genética da Natureza, 2021

2. Análise da filogenia e da família genética do chuchu (Sechium edule): Ao analisar o chuchu e as outras 13 espécies relacionadas na família genética, descobriu-se que o chuchu está mais intimamente relacionado com a cabaça de cobra (Trichosanthes anguina).Chuchu derivado de cabaça de cobra em torno de 27-45 Mya e duplicação do genoma completo (WGD) foi observada em chuchu em 25±4 Mya, que é o terceiro evento WGD em cucuibitaceae.

FuA et al.,Pesquisa em Horticultura, 2021

3.Análise de sintenia: Alguns genes relacionados aos fitohormônios no desenvolvimento dos frutos foram encontrados em chuchu, cabaça e abóbora.A correlação entre chuchu e abóbora é ligeiramente maior do que entre chuchu e cabaça de cobra.

FuA et al.,Pesquisa em Horticultura, 2021

4.Análise da família genética: o enriquecimento de KEGG na expansão e contração da família genética nos genomas de G.thurberi e G.davidsonii mostrou que os genes relacionados à biossíntese de esteróides e à biossíntese de brassinosteróides foram expandidos.

YangZ et al.,Biologia BMC, 2021

5.Análise de duplicação do genoma completo: análise de distribuição 4DTV e Ks mostrou evento de duplicação do genoma completo.Picos de intraespécies mostraram eventos de duplicação.Picos de interespécies mostraram eventos de especiação.A análise indicou que, comparando com as outras três espécies estreitamente relacionadas, O. europaea passou por uma duplicação genética em grande escala mais recentemente.

Rao G et al.,Pesquisa em Horticultura, 2021

Caso BMK

Rosa sem espinhos: insights genômicos ligados à adaptação à umidade

Publicados: Revisão Nacional de Ciência, 2021

Estratégia de sequenciamento:

'Basye'sSem espinhos' (R.Wichurainan) genoma:
Aproximadamente.93 X PacBio + aprox.90 X Nanopore + 267 X Illumina

Principais resultados

1. O genoma de R.wichuraiana de alta qualidade foi construído usando técnicas de sequenciamento de leitura longa, que produzem uma montagem de 530,07 Mb (o tamanho estimado do genoma foi de aproximadamente 525,9 Mb por citometria de fluxo e 525,5 por pesquisa genômica ； A heterozigosidade foi de cerca de 1,03%).A pontuação estimada do BUSCO foi de 93,9%.Comparando com “Old blush” (haploOB), a qualidade e integridade deste genoma foram confirmadas pela precisão de base única e índice de montagem LTR (LAI = 20,03).O genoma de R.wichuraiana contém 32.674 genes codificadores de proteínas.

2.A análise conjunta multi-ômica, consistindo em genômica comparativa, transcriptômica, análise de QTL da população genética, revelou a especiação crucial entre R. wichuraiana e Rosa chinensis.Além disso, a variação da expressão de genes relacionados no QTL provavelmente estava associada ao padrão de espinhos do caule.

A análise genômica comparativa entre Basye;s Thornless e Rosa chinensis, incluindo análise de sintenia, agrupamento de famílias de genes, análise de expansão e contração, revelou um grande número de variações, relacionadas a características cruciais em rosas.A expansão única na família dos genes NAC e FAR1/FRS estava muito provavelmente associada à resistência à mancha preta.

Zhong, M., et al.“Rosa sem espinhos: insights genômicos ligados à adaptação à umidade”Revisão Nacional de Ciência, 2021;, nwab092.