نبات/حیوانات د نوو جینوم ترتیب کول
د خدماتو ګټې
د ترتیب کولو پلیټ فارمونو او بایو انفارمیټکس پراختیاد نوود جینوم مجلس
(اماراسینګ ایس ایل او نور،جینوم بیولوژي۲۰۲۰)
● د نوو جینومونو جوړول او د ګټو د ډولونو لپاره د موجوده حوالې جینومونو ښه کول.
● په مجلس کې لوړ دقت، دوام او بشپړتیا
● په ترتیب پولیمورفیزم، QTLs، جین ترمیم، نسل پالنه، او نور کې د څیړنې لپاره د بنسټیزو سرچینو جوړول.
● د دریم نسل ترتیب کولو پلیټ فارمونو بشپړ سپیکٹرم سره مجهز: د یو بند جینوم اسمبلۍ حل
● د انعطاف وړ ترتیب او راټولولو ستراتیژۍ چې مختلف جینومونه د مختلف ځانګړتیاو سره پوره کوي
● د لوړ مهارت لرونکي بایو انفارمیټیسټ ټیم چې د پیچلي جینوم اسمبلۍ کې عالي تجربه لري ، پشمول د پولیپلایډز ، لوی جینومونه او نور.
● له 100 څخه ډیر بریالي قضیې د 900 څخه ډیر د راټول شوي خپاره شوي اغیز فکتور سره
● د کروموزوم په کچه د جینوم راټولولو لپاره د 3 میاشتو په څیر ګړندۍ وخت.
● په تجربوي اړخ او بایو انفارمیټکس کې د پیټینټونو او سافټویر کاپي حقونو لړۍ سره قوي تخنیکي ملاتړ.
د خدماتو مشخصات
|
منځپانګه
|
پلیټ فارم
|
اوږدوالی ولولئ
|
پوښښ
|
| د جینوم سروې
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| د جینوم ترتیب کول
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi لوستل
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
د کار جریان
د نمونې اړتیاوې او تحویلي
د نمونې اړتیاوې:
| ډولونه | نسج | د PacBio لپاره | د نانوپور لپاره |
| حیوانات | عصبي ارګانونه (ځیګر، تیغ، او نور) | ≥ 1.0 ګرامه | ≥ 3.5 ګرامه |
| عضلات | ≥ 1.5 ګرامه | ≥ 5.0 ګرامه | |
| د تی لرونکو وینه | ≥ 1.5 ملی لیتر | ≥ 5.0 ملی لیتر | |
| د کبانو او مرغانو وینه | ≥ 0.2 ملی لیتر | ≥ 0.5 ملی لیتر | |
| بوټي | تازه پاڼي | ≥ 1.5 ګرامه | ≥ 5.0 ګرامه |
| پاڼی یا ډډ | ≥ 3.5 ګرامه | ≥ 10.0 ګرامه | |
| ریښې او تخمونه | ≥ 7.0 ګرامه | ≥ 20.0 ګرامه | |
| حجرې | د حجرو کلتور | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
وړاندیز شوي نمونې تحویلي
کانټینر: 2 ملی لیتر سینټرفیوج ټیوب (د ټین ورق سپارښتنه نه کیږي)
د ډیری نمونو لپاره، موږ سپارښتنه کوو چې په ایتانول کې ونه ساتل شي.
د نمونې لیبل کول: نمونې باید په واضح ډول لیبل شوي او د نمونې معلوماتو فورمې ته ورته وي.
بار وړل: وچ یخ: نمونې باید لومړی په کڅوړو کې بسته شي او په وچ یخ کې ښخ شي.
د خدمت کاري جریان
د تجربې ډیزاین
د نمونې سپارل
د DNA استخراج
د کتابتون جوړول
ترتیب کول
د معلوماتو تحلیل
د پلور وروسته خدمتونه
* دلته ښودل شوي د ډیمو پایلې ټول د بایومارکر ټیکنالوژیو سره خپاره شوي جینومونو څخه دي
1. د کروموزوم په سطحه د جینوم اسمبلۍ باندې سرکوسG. rotundifoliumد نانوپور ترتیب کولو پلیټ فارم لخوا
وانګ ایم او نور،مالیکولر بیولوژي او تکامل، 2021
2. د وینینګ رای جینوم اسمبلی احصایه او تشریح
لي جي او نور.د طبیعت جینیات، 2021
د 3.Gene وړاندوینهSechium eduleجینوم، د وړاندوینې له دریو میتودونو څخه اخیستل شوی:د نوووړاندوینه، د هومولوژي پر بنسټ وړاندوینه او د RNA-Seq ډیټا پراساس وړاندوینه
فو او نور.د باغدارۍ څیړنه، 2021
4. د پنبې په دریو جینومونو کې د اوږدمهاله تکرار تکرارونو پیژندنه
وانګ ایم او نور،مالیکولر بیولوژي او تکامل، 2021
5.Hi-C د حرارت نقشهج. اکومینتاجینوم د جینوم په کچه د ټولو په واسطه ټول تعاملات ښیې.د Hi-C تعاملاتو شدت د کانټیګونو تر مینځ د خطي واټن سره متناسب دی.د تودوخې په دې نقشه کې یوه پاکه مستقیمه کرښه په کروموزومونو کې د کانټیګونو خورا دقیق لنگر په ګوته کوي.(د لنگر کولو تناسب: 96.03٪)
کانګ ایم او نور.د طبیعت مخابرات،۲۰۲۱
د BMK قضیه
د لوړ کیفیت جینوم مجلس د جوی جینومیک ځانګړتیاوې او د زراعتي پلوه مهم جینونه په ګوته کوي
خپور شوی: د طبیعت جینیات، 2021
د ترتیب کولو تګلاره:
د جینوم مجلس: PacBio CLR حالت د 20 kb کتابتون سره (497 Gb، نږدې 63 ×)
د ترتیب سمون: NGS د 270 bp DNA کتابتون (430 Gb، نږدې 54×) په ایلومینا پلیټ فارم کې
کانټیګز اینکرینګ: د Illumina پلیټ فارم کې Hi-C کتابتون (560 Gb، نږدې 71×)
نظری نقشه: (779.55 Gb، نږدې 99×) په بیونانو ایریس کې
کلیدي پایلې
1. د وینینګ رای جینوم یوه ټولګه د 7.74 Gb ټول جینوم اندازې سره خپره شوه (د جریان سایټو میټری لخوا د اټکل شوي جینوم اندازې 98.74٪).د دې مجلس سکافولډ N50 1.04 Gb ترلاسه کړ.93.67٪ کانټیګونه په بریالیتوب سره په 7 سیوډو کروموزومونو کې ځای په ځای شوي.دا مجلس د ارتباط نقشه، LAI او BUSCO لخوا ارزول شوی، چې په پایله کې یې په ټولو ارزونو کې لوړې نمرې ترلاسه کړې.
2. د مقایسوي جینومیک په اړه نورې څیړنې، د جینیاتي اړیکو نقشه، د ټرانسکرټومیک مطالعات د دې جینوم په اساس ترسره شوي.د جینومیک ځانګړتیاوو یو لړ ځانګړتیاوې په ګوته شوي چې په شمول د جینوم پراخه جین نقلونه او د نشایسته بایوسینتیز جینونو باندې د دوی اغیز؛د پیچلي پرولامین لوسي فزیکي تنظیم، د جین څرګندولو ځانګړتیاوې د ابتدايي سرلیک ځانګړتیا او د کورني کورني کولو سره تړلې کروموزوم سیمې او په جوی کې لوکی.
 د وینینګ رای جینوم د جینومیک ځانګړتیاو په اړه د سرکوس ډیاګرام |  د رای جینوم ارتقاء او کروموزوم ترکیب تحلیل |
لي، جي، وانګ، ايل، يانګ، جي.et al.د لوړ کیفیت جینوم مجلس د جوی جینومیک ځانګړتیاوې او د زراعتي پلوه مهم جینونه په ګوته کوي.نیټ جینیټ ۵۳،574-584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
