د جینوم ارتقاء
PNAS
د زرد کبانو د تکامل اصل او کورنی تاریخ (کاراسیوس اوراتس)
PacBio |Illumina |د بیونانو جینوم نقشه |Hi-C جینوم مجلس |جنتيکي نقشه |GWAS |RNA-Seq
لوړوالی
1. د ګولډ فش جینوم د لوړ کیفیت اسمبلۍ نسخه سره تازه شوی، د 95.75٪ کانټیګس په 50 سیوډوکروموزومونو (Scaffold N50=31.84 Mb) کې ځای پرځای شوی.دوه فرعي جینومونه جلا شوي.
2. د کورني کولو په جریان کې د انتخابي سویپونو جینومیک سیمې د 201 اشخاصو د معلوماتو د راټولولو څخه پیژندل شوي، د 390 څخه ډیر نوماند جینونه افشا شوي چې احتمال یې د کورني کولو ځانګړتیاو سره تړاو لري.
3.GWAS په کورني سرو زرو کې د پوستکي فین په اړه 378 امیدوار جینونه ښکاره کړل چې احتمالي تړاو لري.د tyrosine-protein kinase راپور ورکوونکی د شفافیت سره تړلی د نوماند لامل جین په توګه پیژندل شوی
پس منظر
زرد مچھلی (Carassius auratus) یو له خورا مهم کره شوي کبانو څخه دی چې په لرغوني چین کې د کروسین کارپ څخه کورنی شوی و.دوی د چارلس ډاروین لخوا داسې تبصره شوي چې "د رنګونو نږدې لامحدود تنوع څخه تیریدل، موږ د جوړښت خورا غیر معمولي بدلونونو سره مخ یو".خورا متنوع ځانګړتیاوې او د کورني کولو او نسل کولو اوږد تاریخ د سرو زرو کب د کب فیزیولوژي او تکامل لپاره یو غوره جینیکي ماډل سیسټم جوړوي.
لاسته راوړنې
د سرو زرو جینوم
Jد PacBio او Illumina جوړه پای ترتیب کولو ډیټا تحلیل د لومړني 1.657 G مسوده مجلس (Contig N50=474 Kb) لاسته راوړي.د Bionano آپټیکل نقشه جوړه شوې او مجلس یې په 1.73 Gb اندازې کې سم کړی (د اټکل شوي جینوم اندازه: 1.8 Gb).د Hi-C پر بنسټ اسمبلۍ نور هم د سکافولډ N50 له 606 Kb څخه 31.84 Mb ته وده کړې او د 95.75٪ (1.65 Gb) متمرکز او ترتیب شوي اینکرینګ نرخ ترلاسه کړی.په جینوم کې 56,251 کوډینګ جینونه او 10,098 اوږد غیر کوډینګ لیږد شامل دي.سربیره پردې، د 50 کروموزومونو څخه 38 احتمالي سینټرومیریک سیمې وړاندوینه شوې.
انځور 1 د سرو زرو ماهي جینوم
Two د فرعي جینومونو روښانه سیټونه په 50 د سرو زرو کروموزومونو کې پیژندل شوي چې د لرغوني هایبرډیزیشن پیښې په پایله کې رامینځته شوي.د کروموزومونو ټولګه چې د زرد کب او باربیني تر منځ د لوستلو لوړ تناسب سره سمون لري د سبجینوم A (ChrA01~A25) په توګه تعریف شوي، د بیلګې په توګه د باربینا لپاره عام فرعي جینوم، او پاتې نور د فرعي جینوم B (ChrB01~B25) په توګه تعریف شوي.
کورنی او انتخابی سویپونه
Aټولټال 16 وحشي ډوله کروسیان کارپس او 185 نمایشي زرد مچھلی ډولونه د 12.5X اوسط ترتیب ژوروالي سره ترتیب شوي چې د معلوماتو 4.3 terabases تولیدوي.Phylogenetic بیا رغونه او د PCA تحلیل د نورو طلایی کبانو په پرتله د عام زرد کب او کروسیان کارپ ترمنځ نږدې اړیکه تایید کړه، چې وروسته بیا په دوه نسلونو ویشل شوې.
Lد پورتنیو څلورو فرعي نفوس په اړه د تخریب تحلیل د کورني کولو پرمهال د نفوس جینیتیک خنډ شتون او په زرد کب کې قوي مصنوعي انتخاب ملاتړ کړی.د جینیاتي تنوع (π) زیاتوالی د کروسیان کارپ څخه تر عام زرد مچھلی پورې نور د وین زرد مچھلی او د هګۍ زرد مچھلی د کورنی کیدو په جریان کې د جینیاتي تغیراتو د پام وړ جمع په ګوته کوي.50 غوره سویپ جینومیک سیمې چې 25.2 Mb او 946 جینونه پوښلي د نمایندګیو معلوماتو څخه پیژندل شوي (33 زرد کب او 16 کروسیان کریپ).201 کسانو ته د تحلیل پراخول، 393 جینونه د بشپړ شوي انتخابي سویپ سیمې په ګوته کوي.دا جینونه د ټیټ تنوع موندل شوي، کوم چې احتمال لري د فینوټایپونو سره مرسته وکړي چې په سرو زرو کې د لوی کورني ځانګړتیاوو سره تړاو لري.
انځور. 3 د جینوم په کچه د کورني کولو پورې اړوند تحلیل
GWAS د کورني سرو زرو کبانو په اړه
Dorsal fin یوه کلیدي ځانګړتیا ده چې د وین زرد مچھلی د هګۍ زرد کب څخه توپیر کوي.په 96 وین زرد مچھلی او 87 Egg goldfish کې د ډورسل فین GWAS 378 امیدوار جینونه په 13 کروموزومونو کې خپاره شوي او د فرعي جینومونو ترمینځ د دې جینونو غیر مساوي ویش لیدل شوی.د دې کاندید جینونو فعالیت تحلیل بیولوژیکي پروسې په ګوته کړې پشمول د "حجرې سطحې ریسیپټر سیګنل" ، "د ټرانس میمبرین ټرانسپورټ" ، "د کنکال سیسټم پراختیا" او داسې نور.
شکل 4 GWAS د کورنی طلایی ماهیانو پر مخ فین
In د شفاف پیمانه پورې اړوند ځانګړتیاو GWAS، د یو واحد قوي اتحادیې چوکۍ کشف شوې.یو جین چې د ټایروسین پروټین کایناس ریسیپټر کوډ کوي د نوماندانو په یوه سیمه کې پیژندل شوی.
شکل 5 GWAS د شفاف پیمانه پورې اړوند ځانګړتیاوې
حواله
Chen D et al.د زرد کبانو د تکامل اصل او کورنی تاریخ (کاراسیوس اوراتس).PNAS (2020)
خبرونه موخه یې د بایومارکر ټیکنالوژیو سره وروستي بریالي قضیې شریکول دي، د نوي ساینسي لاسته راوړنو نیول او همدارنګه د مطالعې په جریان کې پلي شوي مشهور تخنیکونه.
د پوسټ وخت: جنوري-04-2022