د بشپړ جینوم بیاکتنه
په چینایي نفوس کې د جوړښت ډولونه او د فینوټایپونو، ناروغیو او د نفوس تطابق باندې د دوی اغیز
نانوپور |PacBio |د بشپړ جینوم بیا ترتیب کول |د ساختماني تغیر غوښتنه کول
پدې څیړنه کې، د نانوپور پرومیتیون ترتیب د بایومارکر ټیکنالوژیو لخوا چمتو شوی و.
لوړوالی
په دې څیړنه کې، په انساني جینوم کې د ساختماني تغیراتو (SVs) عمومي منظره د Nanopore PromethION پلیټ څخه د اوږد لوستل شوي ترتیب په مرسته څرګنده شوه، کوم چې په فینوټایپونو، ناروغیو او تکامل کې د SVs پوهه ژوره کوي.
تجربوي ډیزاین
نمونې: د 405 غیر تړاو لرونکي چینایي اشخاصو (206 نارینه او 199 میرمنو) د وینې لیوکوسایټس د 68 فینوټایپیک او کلینیکي اندازه سره.د ټولو اشخاصو په منځ کې، د 124 اشخاصو پلرونه په شمال کې ولایتونه وو، د 198 کسانو سویل، 53 یې سویل لویدیځ او 30 یې معلوم ندي.
د ترتیب کولو ستراتیژي: د نانوپور 1D لوستلو او PacBio HiFi لوستلو سره د بشپړ جینوم اوږد لوستلو ترتیب (LRS).
د ترتیب کولو پلیټ فارم: نانوپور پرومیتیون؛د PacBio سیکویل II
د جوړښت بدلون کالینګ
شکل 1. د SV زنګ وهلو او فلټر کولو کاري جریان
اصلي لاسته راوړنې
د جوړښت توپیر کشف او تایید
د نانوپور ډیټاسیټ: په ټولیز ډول د 20.7 Tb کلین ریډونه د PromethION ترتیب کولو پلیټ فارم کې رامینځته شوي ، په هر نمونه کې په اوسط ډول د 51 Gb ډیټا ترلاسه کول ، نږدې.17-په ژوره توګه.
د حوالې جینوم ترتیب (GRCh38): د 94.1٪ اوسط نقشه کولو کچه ترلاسه شوې.د اوسط غلطۍ کچه (12.6٪) د پخوانۍ بنچمارک کولو مطالعې سره ورته وه (12.6٪) (شکل 2b او 2c)
د جوړښت توپیر (SV) زنګ وهل: په دې څیړنه کې پلي شوي SV زنګ وهونکو کې Sniffles، NanoVar او NanoSV شامل دي.د لوړ باور SVs د SVs په توګه تعریف شوي چې لږترلږه دوه زنګ وهونکو لخوا پیژندل شوي او په ژوره ، اوږدوالي او سیمه کې فلټریشنونه تیر شوي.
په اوسط ډول 18,489 (د 15,439 څخه تر 22,505 پورې) د لوړ باور SVs په هره نمونه کې پیژندل شوي.(شکل 2d، 2e او 2f)
شکل 2. د نانوپور ډیټاسیټ لخوا پیژندل شوي د SVs ټوله منظره
د PacBio لخوا تایید: په یوه نمونه (HG002، ماشوم) کې پیژندل شوي SVs د PacBio HiFi ډیټاسیټ لخوا تایید شوي.د ټولیز غلط کشف کچه (FDR) 3.2٪ وه، چې د نانوپور ریډز لخوا نسبتا د اعتبار وړ SV پیژندنه څرګندوي.
غیر بې ځایه SVs او جینومیک ځانګړتیاوې
غیر بې ځایه SVs: د 132,312 غیر بې ځایه SVs ټولګه په ټولو نمونو کې د SVs یوځای کولو سره ترلاسه شوي، چې پکې 67,405 DELs، 60,182 INSs، 3,956 DUPs او 769 INVs شامل دي.(انځور 3a)
د موجوده SV ډیټاسیټونو سره پرتله کول: دا ډیټاسیټ د خپاره شوي TGS یا NGS ډیټاسیټ سره پرتله شوی.د څلورو ډیټاسیټونو په پرتله ، LRS15 ، کوم چې د اوږد لوستلو ترتیب کولو پلیټ فارم (PacBio) څخه یوازینی ډیټاسیټ هم دی د دې ډیټاسیټ سره ترټولو لوی اوورلیپ شریک کړی.برسېره پردې، په دې ډیټا سیټ کې د SVs 53.3٪ (70,471) د لومړي ځل لپاره راپور شوي.د هر SV ډول ته په کتلو سره، د ترلاسه شوي INSs شمیر د اوږد لوستل شوي ترتیب ډیټا سیټ سره د پاتې لنډ لوستلو څخه خورا لوی و ، دا په ګوته کوي چې د اوږد لوستلو ترتیب په ځانګړي ډول د INSs کشف کې مؤثره دی.(شکل 3b او 3c)
شکل 3. د هر SV ډول لپاره د غیر بې ځایه SVs ملکیتونه
جینومیک ځانګړتیاوې: د SVs شمیر د کروموزوم اوږدوالی سره د پام وړ تړاو موندلی.د جینونو ویش، تکرار، DELs (شنه)، INS (نیلي)، DUP (ژیړ) او INV (نارنج) د سرکوس ډیاګرام کې ښودل شوي، چیرې چې د کروموزوم وسلو په پای کې د SV عمومي زیاتوالی لیدل شوی.(شکل 3d او 3e)
د SVs اوږدوالی: د INSs او DELs اوږدوالی د DUPs او INVs په پرتله د پام وړ لنډ و ، کوم چې د PacBio HiFi ډیټاسیټ لخوا پیژندل شوي سره موافق و.د ټولو پیژندل شویو SVs اوږدوالی تر 395.6 Mb پورې اضافه شوي، کوم چې د ټول انساني جینوم 13.2٪ نیولی.SVs په اوسط ډول د هر فرد 23.0 Mb (شاوخوا 0.8%) جینوم اغیزمن کړی.(شکل 3f او 3g)
د SVs فعالیت، فینوټایپیک او کلینیکي اغیزې
د فعالیت د ضایع کیدو اټکل شوی (pLoF) SVs: pLoF SVs د SVs په توګه تعریف شوي چې د CDS سره اړیکه لري، چیرته چې کوډ نیوکلیوټایډونه حذف شوي یا ORFs بدل شوي.په ټولیز ډول 1,929 pLoF SVs چې د 1,681 جینونو CDS اغیزه کوي تشریح شوي.د دوی دننه، 38 جینونه د GO غني کولو تحلیل کې "امیونوګلوبولین ریسیپټر پابند" روښانه کړي.دا pLoF SVs نور په ترتیب سره د GWAS، OMIM او COSMIC لخوا تشریح شوي.(شکل 4a او 4b)
د فینوټائپیک او کلینیکي پلوه اړوند SVs: د نانوپور ډیټاسیټ کې یو شمیر SV د فینوټایپیک او کلینیکي پلوه اړوند ښودل شوي.د 19.3 kb یو نادر هیټروزایګوس DEL چې د الفا تالیسیمیا لامل پیژندل شوی ، په دریو اشخاصو کې پیژندل شوی ، کوم چې د هیموګلوبین سبونیت الفا 1 او 2 (HBA1 او HBA2) جینونه غیر فعال کړي.د جین کوډ کولو هیموګلوبین سبونیت بیټا (HBB) په اړه د 27.4 kb یو بل DEL په بل فرد کې پیژندل شوی.دا SV د جدي هیموګلوبینوپیتي لامل پیژندل شوی.(انځور 4c)
شکل 4. pLoF SVs د فینوټایپونو او ناروغیو سره تړاو لري
د 2.4 kb یو عام DEL په 35 homozygous او 67 heterozygous carriers کې لیدل شوی، کوم چې د Growth Homone Receptor (GHR) د دریم exon بشپړ سیمه پوښي.هوموزایګوس کیریرونه د هیټرزایګوس (p=0.033) په پرتله د پام وړ لنډ موندل شوي.(انځور 4d)
برسېره پردې، دا SVs د دوو سیمه ایزو ډلو ترمنځ د نفوس ارتقاء مطالعاتو لپاره پروسس شوي: شمالي او سویلي چین.د پام وړ توپیر لرونکي SVs په Chr 1, 2, 3, 6,10,12,14 او 19 کې توزیع شوي وموندل شول، چې په منځ کې یې د معافیت سیمو لکه IGH، MHC، او داسې نور سره تړاو درلود. په دې SVs کې توپیر ممکن په چین کې د فرعي نفوس لپاره د مختلف چاپیریالونو سره د جینیاتي جریان او اوږدمهاله توضیح له امله وي.
حواله
وو، ژیکون، او نور."په چینایي نفوس کې ساختماني ډولونه او په فینوټایپونو، ناروغیو او د نفوس تطابق باندې د دوی اغیزې."bioRxiv(۲۰۲۱).
خبرونه او مهم ټکي موخه یې د بایومارکر ټیکنالوژیو سره وروستي بریالي قضیې شریکول دي، د نوي ساینسي لاسته راوړنو نیول او همدارنګه د مطالعې په جریان کې پلي شوي مشهور تخنیکونه.
د پوسټ وخت: جنوري-06-2022