GWAS
سرلیک: د بشپړ جینوم بیاکتنه د براسیکا نیپوس اصل او جینیاتي ځای څرګندوي چې د هغې په ښه والي کې ښکیل دي
ژورنال: د طبیعت مخابرات
NGS |WGS |بیاکتنه |GWAS |نقل |RNAseq |براسیکا ناپس |تکامل |کورنی
په دې څیړنه کې، د بایومارکر ټیکنالوژۍ د NGS ترتیب کولو په اړه خدمتونه وړاندې کړل، او همدارنګه د معلوماتو ترتیب کولو په اړه د بایو انفارماتیک تحلیل تخنیکي مالتړ.
پس منظر
Brassica napus(rapeseed) د تیلو تخم یو مهم نبات دی او د پولیپلایډ ځانګړتیاو، تکامل او انتخاب پروسې تحقیق کولو لپاره غوره ماډل دی.په هرصورت، دا چې آیا وحشي ډولونه یا کورني تمویلونکي د مور او پلار نسلونه وو او هغه جینونه چې د ریپسیډ په کورني کولو او ښه کولو کې یې مرسته کړې وه لا تر اوسه معلومه نه ده.
مواد او دودونه
مواد:۵۸۸ب. ناپوسپه دې څیړنه کې 466 د آسیا څخه، 102 د اروپا څخه، 13 د شمالي امریکا څخه، او 7 د استرالیا څخه شامل وو.د ودې عادت ریکارډونو پراساس، دا مواد په دریو ایکوټایپونو ویشل شوي؛پسرلی (86 لاسرسی)، ژمی (74 لاسرسی)، او نیم ژمی (428 لاسرسی).
ترتیب:په اوسط ډول نږدې.5× (د 3.37× څخه تر 7.71× پورې)
د ترتیب پلیټ فارم:Illumina Hiseq 4000
د معلوماتو تولید:4.03 Tb پاک معلومات
د SNP زنګ وهل:BWA + GATK.5,294,158 SNPs او 1,307,151 InDels ترلاسه شوي.
پایلې
د B. napus اصليت
ب. ناپوسیو فرعي جینوم د اروپایی شلجم له پلر څخه رامینځته شوی.د جینی جریان پیښه له اروپایی شلم څخه تر سیند پورېب. ناپویو فرعي جینوم ~ 106-1170 کاله دمخه رامینځته شوی.ب. ناپوسد C سبجینوم ممکن د دې نسبونو له مشترک پلرونو څخه رامینځته شوی وي.دب. ناپوسد څلورو B. oleracea فرعي نوعو له مشترک پلار څخه جلا کیږي، د وروستي جین جریان سرهب. ناپوس~ 108-898 کاله وړاندې.ب. ناپوسC سبجینوم د A سبجینوم په پرتله خورا پیچلي اصل لري.په دواړو دوه فرعي جینومونو کې یو قوي خنډ رامینځته شویب. ناپوستکاملژمی او نیمه ژمیب. ناپوسد ژمی او پسرلی په وخت کی 60 کاله مخکی د اکوټایپونو سره توپیر درلودب. ناپوس~ 416 کاله دمخه جلا شوی، او د تیلو تخم او غیر تیلو تخمب. ناپوس~ 277 کاله دمخه جلا شوی.
شکل 2 د نفوس جوړښت 588 B. napus accessions او 199 B. rapa accessions.
شکل 3 د نفوس جوړښت 588 B. napus accessions او 119 B. oleracea accessions
د انتخاب سیګنالونه او د جینوم پراخه اتحادیې مطالعات.
د ښه والي په لومړۍ مرحله (FSI) کې، د A فرعي جینوم په پرتله په B. napus C سبجینوم کې ډیر جینیاتي تنوع له لاسه ورکړ.لږ جنیټیک توپیر د FSI په جریان کې د پرمختګ دوهم پړاو (SSI) په پرتله رامینځته شوی.د SSI - انتخاب سیګنال سیمو کې جینونه د فشار زغم ، پراختیا او میټابولیک لارو کې بډایه شوي.60 ځایونه د پام وړ د 10 هدف لرونکي ځانګړتیاو سره تړاو لري، پشمول 5 د تخم د حاصلاتو پورې اړوند، 3 د سلیقو اوږدوالی، 4 د تیلو مواد، او 48 د تخم کیفیت سره.
شکل 4 د B. napus د SSI په جریان کې د جینوم پراخه سکین کول او د ټاکل شوي سیمو تشریحات
د ټرانسکریټوم تحلیل
د 11 نسجونو RNAseq ډیټا د لوړ تیلو مینځپانګې او دوه ګونی ټیټ کښت او د ټیټ غوړ مینځپانګې او دوه ځله لوړ کښت څخه پیژندل شوي جینونه د ګلوکوزینولایټ بایوسنتیټیک پروسې پورې اړوند پیژندل شوي د پام وړ ډیر څرګند شوي.
شکل 5 د B. napus د ایکوټائپ اصلاح کولو انتخاب لاندې د ګل کولو وخت مقرراتو عمومي کتنه
بحث
دې مطالعې د اصلي او پرمختګ تاریخ د پوهیدو لپاره ارزښتناکه سرچینه چمتو کړېب. ناپوساو د مهم زراعتي پیچلو ځانګړتیاو د جینیاتي اساساتو تحلیل اسانه کړي.د پام وړ SNPs چې د مناسب ډولونو سره تړاو لري، د انتخاب سیګنالونه او د امیدوار جینونه به په راتلونکي کې په پراخه کچه مرسته وکړي، په ځانګړې توګه د حاصلاتو، د تخم کیفیت، د تیلو مینځپانګې، او د دې وروستي ایلوپولیپلایډ فصل او د هغې د خپلوانو د تطبیق په برخه کې.
حواله
د بشپړ جینوم بیاکتنه د براسیکا نیپوس اصل او جینیاتي ځای په ګوته کوي چې د هغې په ښه والي کې ښکیل دي [J].د طبیعت مخابرات، 2019، 10(1).
خبرونه او مهم ټکي موخه یې د بایومارکر ټیکنالوژیو سره وروستي بریالي قضیې شریکول دي، د نوي ساینسي لاسته راوړنو نیول او همدارنګه د مطالعې په جریان کې پلي شوي مشهور تخنیکونه.
د پوسټ وخت: جنوري-05-2022