د انسان جینومیک
طبیعت جینیات
د اوږده لوستلو ترتیب په NOTCH2NLC کې د GGC تکرار پراختیا پیژني چې د نیورونال انټرانوکلیر شمولیت ناروغۍ سره تړاو لري
د ONT بیاکتنه |Illumina |د بشپړ exome ترتیب |CRISPR-Cas9 ONT په نښه شوي ترتیب |RNA-seq |ONT 5mC میتیلیشن زنګ
لوړوالی
1. د یوې لویې NIID کورنۍ په اړه د ارتباط تحلیل په واسطه، دوه تړلې سیمې پیژندل شوې.
2.ONT پر بنسټ د اوږده لوستلو ترتیب او د Cas-9 منځګړیتوب د ONT ترتیب کول د NOTCH2NLC په 5′ UTR کې د NIID، GGC تکرار پراختیا احتمالي جنیټیک لامل کشف کړ.دې څیړنې د لومړي ځل لپاره د انسان په ځانګړي جینونو کې د تکرار پراختیا راپور ورکړی چې د قطعي نقلونو له لارې رامینځته شوی.
3. د RNA ترتیب په NOTCH2NLC کې د GGC تکراري توسعې سیمې په پیل کې یا دننه کې د غیر معمولي انټي سینس لیږدونه په ګوته کړل.
پس منظر
Nد euronal intranuclear inclusion disease (NIID) یو پرمختللی او وژونکی نیوروډیجینریټی ناروغي ده چې په مرکزي او پردی عصبي سیسټمونو کې د eosinophilic hyaline intranuclear inclusions شتون لخوا مشخص کیږي.د دې خورا متغیر کلینیکي څرګندونې د پوټکي بایپسي معرفي کولو پورې په تشخیص کې لوی ستونزې رامینځته کوي.په هرصورت، د هسټوپیتولوژي پر بنسټ میتودونه لاهم د غلط تشخیص سره مخ دي، کوم چې د NIID جینیتیک پوهه غوښتنه کوي.
لاسته راوړنې
د اړیکو تحلیل
Sد هارټ لوستلو ترتیب د بشپړ جینوم ترتیب (WGS) او ټول exome ترتیب (WES) پر بنسټ د NIID لوی کورنۍ (13 اغیزمن شوي او 7 غیر اغیزمن شوي غړي) ترسره شوي.د دې معلوماتو څخه ایستل شوي SNPs کې د تړاو تحلیل یوازې دوه تړلې سیمې په ګوته کړې: یوه 3.5 Mb سیمه په 1p36.31-p36.22 کې ( اعظمي LOD = 2.32) او په 1p22.1-q21.3 کې د 58.1 Mb سیمه ( اعظمي LOD: 4.21. ).په هرصورت، پدې تړلو سیمو کې هیڅ ډول رنځجنیک SNPs یا CNVs ندي پیژندل شوي.
په NOTCH2NLC کې د GGC تکرار پراخول
Nد انوپور پر بنسټ ترتیب د 8 کورنیو څخه په 13 اغیزمنو او 4 غیر اغیزمن شوي غړو باندې پروسس شوی (بل اغیزمن غړی د Pacbio اوږد لوستلو ترتیب کولو پلیټ فارم لخوا ترتیب شوی و.).د اوږدې مودې لوستل شوي ډاټا د ناروغۍ پورې تړلې GGC د NOTCH2NLC جین نقشه کولو 5′ UTR کې د 58.1 Mb پورې تړلې سیمې ته د تکرار پراختیا په ګوته کړه (شکل 1).دا تکراري پراختیا هم د RP-PCR لخوا ازمول شوي په ټولو 40 ناڅاپي NIID قضیو کې پیژندل شوي.
Cپه نانوپور پلیټ فارم کې د -9 منځګړیتوب هدف ترتیب د NOTCH2NLC تکرار (100 X-1,795 X) کې د لوړ لوستلو پوښښ ترلاسه کولو لپاره ګمارل شوی و.دا د توافق لړۍ د GGC تکرار پراخولو په اړه د پخوانیو موندنو سره ښه موافقه وکړه.برسېره پردې، {(GGA)n (GGC)n}n تکرارونه د ضعیف غالب فینوټایپ لپاره د احتمالي جنیټیک مارکر په توګه پیژندل شوي (شکل 2).
شکل 1. د ناروغۍ پورې اړوند تکرار پراخیدل د NOTCH2NLC isoforms exon 1 کې پیژندل شوي.
شکل 2. د NPTCH2NLC د توافق سلسله په NIID ناروغانو کې د (*) سره یا پرته د ضعیف غالب فینوټایپ سره تکرار کیږي
NOTCH2NL جینونه د انسان ځانګړي جینونه دي، کوم چې باور لري چې د انسان د دماغ په تکامل او عصبي ناروغیو کې مهم رول لوبوي.په هرصورت، درې NOTCH2 اړوند جینونه (NOTCH2NLA، NOTCH2NLB او NOTCH2NLC) د 99.1٪ ترتیب پیژندنې سره د وروستي انساني جینوم غونډې پورې حل شوي ندي.په نانوپور پلیټ فارم کې د ترکیب څخه پاک او اوږد لوستلو ترتیب د لوړ ورته والی سیمو په حل کې د پام وړ ګټې ښودلې او (GGC) n تکرار د 100٪ GC بډایه سره.
په NOTCH2NLC کې د GGC تکرار پراخول
Tد ranscriptome ترتیب په 2 اغیزمنو او 2 غیر اغیزمنو غړو باندې پروسس شوی.د نورمال شوي لوستلو ژورتیا د NOTCH2NL پارالوګونو د لومړي ایکسونو په پورته برخه کې د احساس او انټي سینس سټریډونو باندې محاسبه شوې.د حس ضد غیر معمولي نقلونه یوازې په اغیزمنو قضیو کې موندل شوي، کوم چې په پیل کې یا د تکرار پراخیدو سیمې دننه ناست دي (په F1-14 کې ارغواني چوټي او F1-16 په 3 شکل کې.).برسېره پردې، 54 DEGs پیژندل شوي او ټول د GO او MPO شرایطو کې د نیورونال فعالیتونو پورې اړوند بډایه شوي.
شکل 3. په غیر اغیزمن (پورته) او اغیزمن شوي (لاندې) قضیو کې د NOTCH2NLC د لومړي Exon په پورته برخه کې د لوستلو ژوره نورمال شوي.
ټیکنالوژي
د اکسفورډ نانوپور ټیکنالوژي (ONT)
Nد انوپور ترتیب کول د نورو ترتیب کولو پلیټ فارمونو څخه ځان توپیر کوي، پدې کې نیوکلیوټایډونه د DNA ترکیب پروسې پرته مستقیم لوستل کیږي.لکه څنګه چې یو واحد ډنډ DNA د نانو په اندازه پروټین سوري (نانوپور) څخه تیریږي ، مختلف نیوکلیوټایډ مختلف ایونیک جریانونه رامینځته کوي ، کوم چې نیول کیدی شي او د اډې په ترتیب کې لیږدول کیدی شي.د ONT ترتیب کولو پلیټ فارم پخپله د DNA لوستلو اوږدوالي کې څرګند تخنیکي حد نه ښیې.له همدې امله، الټرا اوږد لوستل (ULRs) د لوړ کیفیت جینوم اسمبلۍ لپاره شتون لري.برسېره پردې، دا خورا اوږد لوستل، چې د پیچلي ترتیب ځانګړتیاوو یا ساختماني تغیراتو څخه تیرولو لپاره کافي دي، دلته د لنډ لوستلو ترتیب محدودیتونو په لرې کولو کې مرسته کوي.
د نانوپور ترتیب کول
د جوړښت توپیر (SV) پیژندنه
Sد ترکیب څخه پاک ترتیب په لویه کچه د DNA میتیلیشن معلومات په ټیمپلیټ کې ساتل کیږي.Methylated A, T, C او G د غیر میتیل شوي څخه جلا ایونیک جریان تولیدوي، کوم چې په مستقیم ډول د پلیټ فارم لخوا لوستل کیدی شي.د نانوپور ترتیب کول په واحد نیوکلیوټایډ ریزولوشن کې د 5mC او 6mA دواړو بشپړ جینوم پروفایل کولو ځواک ورکوي.
حواله
جون سون، او.al.د اوږده لوستلو ترتیب په NOTCH2NLC کې د GGC تکرار پراختیا پیژني چې د نیورونال انټرانوکلیر شمولیت ناروغۍ سره تړاو لري.د طبیعت جینیات (2019)
ټکنالوجۍ او مهم ټکي موخه یې د څیړنې په بیلابیلو ډګرونو کې د مختلف لوړ پوړ ترتیب کولو ټیکنالوژیو خورا وروستي بریالي غوښتنلیک شریکول او همدارنګه په تجربوي ډیزاین او ډیټا کان کیندنې کې عالي نظرونه شریکول دي.
د پوسټ وخت: جنوري-06-2022