ټرانسکریپټومیک
طبیعت
ارتباطات
په اوږدمهاله لیمفوسایټک لیوکیمیا کې د SF3B1 تغیراتو بشپړ اوږدوالی لیږد ځانګړتیا د ساتل شوي انټرونونو کمښت څرګندوي
بشپړ اوږدوالی لیکونه|د نانوپور ترتیب |بدیل isoform تحلیل
پس منظر
Sد SF3B1 په فاکتور کې اوماتیک تغیرات په پراخه کچه راپور شوي چې د مختلف سرطانونو سره تړاو لري ، پشمول د اوږدمهاله لیمفوسایټک لیوکیمیا (CLL) ، uveal میلانوما ، د سینې سرطان او داسې نور. سربیره پردې ، لنډ لوستل شوي ټرانسکریټومیک مطالعاتو د SF3B1 mutations لخوا هڅول شوي د جلا جلا جلا نمونو څرګندونه کړې.په هرصورت، د دې بدیل جلا کولو نمونو په اړه مطالعې له اوږدې مودې راهیسې د پیښې کچې پورې محدودې وې او د لنډ لوستل شوي راټول شوي لیږد محدودیت له امله د isoform کچې په اړه د پوهې نشتوالی.دلته ، د نانوپور ترتیب کولو پلیټ فارم د بشپړ اوږدوالي لیږدونو رامینځته کولو لپاره معرفي شوی و ، کوم چې د AS isoforms په اړه تفتیش ځواکمن کړی.
تجربوي ډیزاین
تجربې
ډله کول:1. CLL-SF3B1 (WT) 2. CLL-SF3B1 (K700E بدلون)؛3. نورمال B-حجرې
د ترتیب کولو تګلاره:د MinION 2D کتابتون ترتیب، د PromethION 1D کتابتون ترتیب؛د ورته نمونو څخه لنډ لوستل شوي معلومات
د ترتیب پلیټ فارم:ONT Minion;ONT PromethION;
بایو انفارمیټیک تحلیل
پایلې
الفټولټال 257 ملیون لوستل د 6 CLL نمونو او 3 B-حجرو څخه تولید شوي.په اوسط ډول د دې لوستلو 30.5٪ د بشپړ اوږدوالي لیږد په توګه پیژندل شوي.
Fد RNA (FLAIR) بشپړ اوږدوالی بدیل isoform تحلیل د لوړ باور لرونکي isoforms سیټ رامینځته کولو لپاره رامینځته شوی.FLAIR په لاندې ډول لنډیز کیدی شي:
Nanopore alignment لوستل: د حوالې جینوم پراساس عمومي لیږد جوړښت پیژني؛
Sد پلس جنکشن سمون: د ترتیب شوي غلطۍ (سرخ) د سپلایس سایټ سره د تشریح شوي انټرونونو څخه، د لنډ لوستل شوي معلوماتو څخه انټرون یا دواړه؛
Collapse: د سپلایس جنکشن زنځیرونو (لومړی پاس سیټ) پراساس د نمایندګۍ ایزوفارمونو لنډیز.د ملاتړ کونکو لوستلو شمیر پراساس د لوړ باور isofrom غوره کړئ (درېش: 3).
شکل 1. د FLAIR تحلیل چې په CLL کې د SF3B1 تغیر سره تړلي بشپړ لینټ isoforms وپیژني
FLAIR 326,699 د لوړ باور لرونکي ویشل شوي اسوفارمونه پیژندلي، چې 90٪ یې نوي آیسوفارمونه دي.ډیری دا نه لیکل شوي آیسوفارمونه د پیژندل شوي سپلیس جنشنونو ناول ترکیبونه (142,971) وموندل شول ، پداسې حال کې چې پاتې ناول isoforms یا هم ساتل شوي انټرون (21,700) یا ناول exon (3594) لري.
Lد لوستلو ترتیبونه د متغیر SF3B1-K700E - بدل شوي سپلیس سایټونه د isoform په کچه د پیژندلو ځواک ورکوي.35 بدیل 3'SSs او 10 بدیل 5'SSs وموندل شول چې د پام وړ توپیر د SF3B1-K700E او SF3B1-WT ترمنځ ویشل شوي.د 35 بدلونونو څخه 33 نوي د اوږد لوستلو ترتیبونو لخوا کشف شوي.د نانوپور ډیټا کې، د SF3B1-K700E-بدل شوي 3'SSs تر مینځ د فاصلې ویش د کانونیکي سایټونو چوټو ته نږدې -20 bp دی، کوم چې د کنټرول ویش څخه د پام وړ توپیر لري، د هغه څه په څیر چې د CLL لنډ لوستلو ترتیبونو کې راپور شوي.د ERGIC3 جین Isoforms تحلیل شوي، چیرته چې یو نوی isoform چې د proximal splice سایټ لري په SF3B1-K700E کې ډیر زیات موندل شوي.دواړه proximal او distal 3'SS د جلا جلا AS نمونو سره تړاو درلود چې ډیری isoforms تولیدوي.
شکل 2. بدیل 3′ جلا کولو نمونې د نانوپور ترتیب کولو ډیټا سره پیژندل شوي
د IR پیښې کارولو تحلیل د لنډ لوستلو پراساس تحلیل کې د IR پیژندنې او مقدار کولو باور له امله د اوږدې مودې لپاره محدود و.په SF3B1-K700E او SF3B1-WT کې د IR isoforms څرګندونه د نانوپور ترتیبونو پراساس اندازه شوې ، چې په SF3B1-K700E کې د IR isoforms نړیوال ښکته تنظیم څرګندوي.
شکل 4. د کرنې شدت او د شبکې ارتباط په دریو کرنیز سیسټمونو (A او B) کې؛د ځنګل تصادفي تحلیل (C) او د کرنې شدت او د AMF استعمار (D) ترمنځ اړیکه
شکل 3. د انټرون د کرایه کولو پیښې په CLL SF3B1-K700E کې خورا قوي تنظیم شوي.
ټیکنالوژي
د نانوپور اوږد لوستل شوي ترتیب
Nد انوپور تسلسل یو واحد مالیکول ریښتیني وخت بریښنایی سیګنال ترتیب کولو ټیکنالوژي ده.
Double-stranded DNA یا RNA به په بایوفیلم کې ځای پرځای شوي نانوپورس پروټین سره وصل شي او د موټرو پروټین تر مشرۍ لاندې خلاص شي.
DNA/RNA strands د ولتاژ د توپیر د عمل لاندې په ټاکلي نرخ کې د نانوپور چینل پروټین څخه تیریږي.
Molecules د کیمیاوي جوړښت سره سم مختلف بریښنایی سیګنالونه تولیدوي.
Rد ترتیبونو eal وخت کشف د بیس زنګ وهلو سره ترلاسه کیږي.
د بشپړ اوږدوالي ټرانسکریټوم ترتیب کولو فعالیت
√ د معلوماتو سنتریت
د پرتله کولو وړ ډیټا سنتریشن ته رسیدو لپاره 7 ځله لږ لوستل اړین دي.
√ د نقل جوړښت پیژندنه
د متنوع ساختماني ډولونو پیژندنه د توافق سره د هر لیږد بشپړ اوږدوالی لوستل
√ د لیږد په کچه توپیر تحلیل - د لنډو لوستلو لخوا پټ شوي بدلونونه ښکاره کړئ
حواله
تانګ AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.په اوږدمهاله لیمفوسایټک لیوکیمیا کې د SF3B1 تغیراتو بشپړ اوږدوالی لیږد ځانګړتیا د ساتل شوي انټرونونو کمښت څرګندوي [J].د طبیعت مخابرات.
ټکنالوجۍ او مهم ټکي موخه یې د څیړنې په بیلابیلو ډګرونو کې د مختلف لوړ پوړ ترتیب کولو ټیکنالوژیو خورا وروستي بریالي غوښتنلیک شریکول او همدارنګه په تجربوي ډیزاین او ډیټا کان کیندنې کې عالي نظرونه شریکول دي.
د پوسټ وخت: جنوري-08-2022