د ټول جینوم بیاکتنه
د SARS-CoV-2 جینومکس څارنه د Nsp1 حذف کولو ډول کشف کوي چې د ډول I انٹرفیرون غبرګون بدلوي
نانوپور |Illumina |د بشپړ جینوم بیاکتنه |میټاګینومکس |RNA-Seq |سنګر
د بایومارکر ټیکنالوژۍ پدې څیړنه کې د نمونې ترتیب کولو تخنیکي ملاتړ چمتو کړی.
لوړوالی
1.SARS-CoV-2 د جینوم ترتیب کول او فیلوګنیټیک تحلیل 35 تکراري تغیرات په ګوته کوي پشمول 31 SNPs او 4 Indels.
2. د 117 کلینیکي فینوټایپونو سره اړیکه په بالقوه توګه څرګندوي
مهم بدلونونه.
∆500-532 د Nsp1 کوډ کولو سیمه کې د ټیټ ویروس سره تړاو لري
3.لوډ او سیروم IFN-β.
4. د ∆500-532 بدلون سره د ویروس جلا کول د IFN-I ټیټ لامل کیږي
په اخته حجرو کې غبرګون.
تجربوي ډیزاین
لاسته راوړنې
1. د COVID-19 ایپیډیمولوژیکي او جینومیک نظارت
د ۲۰۲۰ کال د جنورۍ له ۲۲ نیټې څخه د ۲۰۲۰ کال د فبرورۍ تر ۲۰مې نیټې پورې د چین په سیچوان ولایت کې کلینیکي معلومات راټول شوي وو. په سیچوان کې د qPCR ازموینو په واسطه د کوویډ-۱۹ ټولټال ۵۳۸ قضیې تایید شوي چې ۲۸.۸ سلنه یې د دغه ولایت څخه دي. سرمایهپه سیچوان کې تایید شوې قضیې په چټکۍ سره زیاتې شوې، د جنورۍ په 30 مه نیټه.همچنان ، ډاټا ملاتړ کوي چې ټولنیز واټن د ویروس د خپریدو مخنیوي کې کلیدي فاکتور کیدی شي.
شکل 1. د چین په سیچوان ولایت کې د COVID-19 ایپیډیمولوژیکي مطالعه
2. د SARS-CoV-2 جینوم جوړښت او ډولونه پیژندنه
د ملټي پلیکس PCR امپلیفیکیشن سره د نانوپور ترتیب تعقیب سره، د 248 ناروغانو څخه 310 نږدې یا جزوي بشپړ جینومونه نږدې سره تولید شوي.80٪ جینومونه د 10 لوستلو لخوا پوښل شوي (مینه ژوره: په هر نمونه کې 0.39 M لوستل کیږي).
شکل 2. په سیچوان کوهورټ کې د هر ډول ډولونو فریکونسی
ټولټال 104 SNPs او 18 Indels د SARS-CoV-2 جینومونو څخه پیژندل شوي، په کوم کې چې 31 SNPs او 4 Indels د تکرار جینیکیک ډولونو په توګه پیژندل شوي.د ووهان څخه د 169 نمونو او په GISAID کې د 81,391 لوړ کیفیت عامه جینوم ترتیبونو سره پرتله کولو سره ، د 35 ډولونو څخه 29 په نورو براعظمونو کې وړاندې شوي موندل شوي.د پام وړ، څلور ډولونه په شمول ∆500-532، ACC18108AT، ∆29-737 او T13243C، یوازې په سیچوان او ووهان کې شتون درلود او د GISAID ډیټا کې غیر حاضر و، دا په ګوته کوي چې دا ډول ډولونه خورا احتمال لري چې د ووهان څخه اصلاح شي، کوم چې پوره کوي. د ناروغانو د سفر ریکارډونه.
د اعظمي احتمال (ML) میتود او د بایسیان مالیکولر ساعت طریقې سره تکامل تحلیل د سیچوان څخه په 88 نوي ویروسونو او د نورو سیمو څخه 250 جوړ شوي جینومونو باندې پروسس شوی.د ∆500-532 سره جینومونه (د Nsp1 کوډ کولو سیمه کې حذف کول) وموندل شول چې په فایلوجنیټیک ونه کې په لږ ډول ویشل شوي.د Nsp1 ډولونو په اړه د هاپلوټائپ تحلیل 5 له ډیری ښارونو څخه پیژندلي.دې پایلو وړاندیز وکړ چې ∆500-532 په ډیری ښارونو کې پیښ شوي او ممکن له ووهان څخه څو ځله وارد شي.
شکل 2. په SARS-CoV-2 جینومونو کې تکراري جینیاتي ډولونه او فیلوجینیک تحلیل
3. د کلینیکي اغیزو سره د تکرار جینیکیک ډولونو ټولنه
117 کلینیکي فینوټایپونه د COVID-19 شدت سره تړاو درلود ، چیرې چې 19 د شدت پورې اړوند فینوټایپونه په شدید او غیر شدید ځانګړتیاو کې طبقه بندي شوي.د دې ځانګړتیاوو او 35 تکرار جینیکیک ډولونو ترمنځ اړیکه د دوه کلستر تودوخې نقشه کې لیدل شوې.د GSEA په څیر درجه بندي غني کولو تحلیل ښودلې چې ∆500-532 په وینه کې د ESR، سیرم IFN-β او CD3 + CD8 + T حجرو شمیر سره منفي تړاو لري.برسېره پردې، د qPCR ازموینو ښودلې چې د 500-532 ∆500-532 په ویروس اخته ناروغان د Ct لوړ ارزښت لري، د بیلګې په توګه ټیټ ویروس بار.
شکل 3. د کلینیکي فینوټایپونو سره د 35 تکرار جینیکیک ډولونو اتحادیې
4. د ویروس تغیراتو اړوند کلینیکي فینوټایپونو تایید کول
د Nsp1 په دندو باندې د ∆500-532 د اغیزو د پوهیدو لپاره، د HEK239T حجرې د پلازمیډونو سره لیږدول شوي چې د بشپړ اوږدوالی، WT Nsp1 او د حذف کولو سره متغیر شکلونه څرګندوي.د هر درملنه شوي HEK239T حجرو ټرانسکریټوم پروفایلونه د PCA تحلیل لپاره پروسس شوي ، دا ښیې چې د حذف کولو میوټینټونه نسبتا نږدې کلستر شوي او د WT Nsp1 څخه د پام وړ توپیر درلود.هغه جینونه چې په متانتونو کې د پام وړ لوړ شوي وو په عمده توګه د "پیپټایډ بایوسینتیټیک/میټابولیک پروسې"، "ریبونیوکلیوپروټین پیچلي بایوجینسیس"، "پروتین په نښه کول / ER" او داسې نور. سربیره پردې، دوه حذف کول د WT څخه جلا جلا جلا نمونه ښودلې.
شکل 4. د HEK239T حجرو په اړه د ټرانسکریټوم تحلیل چې د WT Nsp1 لخوا لیږدول شوي او هغه د حذف کولو سره
د IFN-1 په ځواب کې د حذف کولو اغیزې هم په ډیرې اندازې مطالعې کې ازمول شوي.ټول ازمول شوي حذفونه د لیږد شوي HEK239T او A549 حجرو کې د IFN-1 غبرګون کمولو لپاره ښودل شوي چې دواړه د ټرانسکریټوم کچې او پروټین کچه کې دي.په زړه پورې خبره دا ده چې په ړنګولو کې د پام وړ ټیټ تنظیم شوي جینونه د "ویروس په وړاندې دفاعي ځواب"، "د ویروس جینوم نقل"، "د RNA پولیمیریز II لخوا د لیږد تنظیم" او "I interferon ډول ته ځواب" کې بډایه شوي.
شکل 5. په ∆500-532 mutant کې د انټرفیرون سیګنال کولو لارو ښکته تنظیم
په دې څیړنه کې، په ویروس باندې د دې حذف کولو اغیز د ویروس انفیکشن مطالعاتو لخوا نور هم تایید شوي.ویروسونه د ځینو متغیراتو سره د کلینیکي نمونو څخه جلا شوي او د کالو -3 حجرو ته اخته شوي.د ویروس انفیکشن مطالعې په اړه مفصلې پایلې په مقاله کې لوستل کیدی شي.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
حواله
Lin J، Tang C، Wei H، et al.د SARS-CoV-2 جینومیک نظارت د Nsp1 حذف کولو ډول کشف کوي چې د لومړي انٹرفیرون غبرګون [J] تعدیل کوي.د حجرو کوربه او مایکروب، 2021.
خبرونه او مهم ټکي موخه یې د بایومارکر ټیکنالوژیو سره وروستي بریالي قضیې شریکول دي، د نوي ساینسي لاسته راوړنو نیول او همدارنګه د مطالعې په جریان کې پلي شوي مشهور تخنیکونه.
د پوسټ وخت: جنوري-06-2022