د جینوم ارتقاء
طبیعت جینیات
د لوړ کیفیت جینوم مجلس د جوی جینومیک ځانګړتیاوې او د زراعتي پلوه مهم جینونه په ګوته کوي
PacBio |Illumina |د بیونانو نظری نقشه |Hi-C جینوم مجلس |جنتيکي نقشه |انتخابي سویپس |RNA-Seq |ISO-seq |SLAF-seq
د بایومارکر ټیکنالوژیو په دې څیړنه کې د Pacbio ترتیب کولو، Hi-C ترتیب او د معلوماتو تحلیل په اړه تخنیکي ملاتړ چمتو کړی.
لوړوالی
1. لومړی د کروموزوم په کچه د لوړ کیفیت Rye جینوم ترلاسه شو چې د یو واحد کروموزوم اندازه د 1 Gb څخه لوی لري.
2. د Tu، Aet او Hv جینوم په پرتله، په Rye جینوم کې د LTR-RT وروستۍ پیښې لیدل شوي، کوم چې د Rye جینوم د اندازې د پراخولو مسولیت درلود.
3. د جوارو او ډیپلوډ غنمو ترمنځ توپیر د غنمو څخه د وربشی له جلا کولو وروسته رامنځته شو، د دوو پیښو لپاره د توپیر وخت نږدې 9.6 او 15 MYA دی.
د FT جین فاسفوریلیشن کیدای شي په جوارو کې د مخکینۍ سرې ځانګړتیا کنټرول کړي.
4. انتخابي سویپ تحلیل د سرلیک نیټې په تنظیم کې د ScID1 احتمالي ښکیلتیا او په ریو کې د کورني کولو لخوا د هغې احتمالي انتخاب په ګوته کوي.
پس منظر
پس منظر
جوار یو ارزښتناکه خواړه او د څارویو حاصلات دي، د غنمو او تریټیکل د ښه والي لپاره یوه مهمه جنیټیکي سرچینه ده، او په واښو کې د ګټورو جینومیک مطالعاتو لپاره یو اړین مواد دی.وینینګ رای، یو لومړنی ګل لرونکی ډول چې په چین کې کرل کیږي، د پوډري فاسدو او پټو زنګونو دواړو په وړاندې د پراخه طیف مقاومت له امله خورا ښه دی.د جوارو د اشرافي ځانګړتیاوو د جنیټیک او مالیکولر اساس د پوهیدو لپاره او د جوارو او اړوندو فصلونو کې د جینومیک او نسل ورکولو مطالعاتو ته وده ورکولو لپاره، موږ دلته د وینینګ ریی جینوم ترتیب او تحلیل کړ.
لاسته راوړنې
رای جینوم
د Rye جینوم د PacBio SMRT لوستلو، د لنډ لوستلو Illumina ترتیب کولو، او همدارنګه د کروماتین کنفورمیشن کیپچر (Hi-C)، جنیټیک نقشه کولو، او BioNano تحلیلونو سره جوړ شوی و.راټول شوي کانټیګز (7.74 Gb) د اټکل شوي جینوم اندازې (7.86 Gb) 98.47٪ حسابوي، او 93.67٪ کانټیګز (7.25 Gb) اوو کروموزومونو ته ځانګړي شوي.تکراري عناصر د راټول شوي جینوم 90.31٪ تشکیلوي.
رای جینوم
د جنیټیک ارتباط نقشه (WJ) د 295 F2 نباتاتو په کارولو سره رامینځته شوې چې د دوه جوارو ځمکو له تیریدو څخه ترلاسه شوي (وینینګ × جینګزو)
د اوو راټول شوي وینینګ رای کروموزومونو (1R - 7R) د Hi-C تماس نقشه
د وینینګ رای د اوو راټول شوي کروموزومونو او د اوو رای لینکیج ګروپونو تر مینځ سمون د Lo7 x Lo255 RIL نفوس په کارولو سره رامینځته شوی.
د Rye جینوم د LTR مجلس شاخص (LAI) ارزښت 18.42 وموندل شو او 1,393 (96.74٪) د 1,440 خورا خوندي BUSCO جینونو څخه وپیژندل شو. دا پایلې وړاندیز کوي چې د وینینګ رائی جینوم ترتیب په دواړو انټرجنیک کې لوړ کیفیت لري. او جینیکي سیمې.په ټولیز ډول 86,991 پروټین کوډینګ جینونه، په شمول د 45,596 لوړ باور (HC) جینونه او 41,395 د ټیټ باور جین (LC) جینونه وړاندوینه شوي.
2. د TEs تحلیل
د TEs تحلیل.په ټولیزه توګه 6.99 Gb، چې د وینینګ مجلس 90.31٪ استازیتوب کوي، د TEs په توګه تشریح شوی، چې د 537 کورنیو پورې اړوند 2,671,941 عناصر پکې شامل دي.د دې TE مینځپانګه په څرګنده توګه د هغه څخه لوړه وه چې مخکې یې د Ta (84.70٪)، Tu (81.42٪)، Aet (84.40٪)، WEW (82.20٪)، یا Hv (80.80٪) لپاره راپور ورکړی و.د اوږدې مودې تکرار retrotransposons (LTR-RTs)، په شمول د جپسي، کاپيا او غیر طبقه بندي RT عناصر، غالب TEs وو، او 1 د تشریح شوي TE منځپانګې 84.49٪ او د راټول شوي وینینګ جینوم 76.29٪ قبضه کړې؛د CACTA DNA ټرانسپوزون دوهم خورا بډایه TEs و چې د تشریح شوي TE مینځپانګې 11.68٪ او د راټول شوي وینینګ جینوم 10.55٪ تشکیلوي.
د جوارو د ټرانسپوسون عناصرو تحلیل
وینینګ رائی د LTR-RTs د وروستیو داخلونو نسبتا لوړ تناسب درلود چې شاوخوا 0.5 ملیون کاله دمخه څرګند شو (MYA) چې د څلورو ډولونو په مینځ کې خورا وروستی و؛بله څوکه، چې نږدې 1.7 MYA رامنځته شوې، زوړ وه او په وربشو کې هم لیدل کیږي.په خورا کورنۍ کچه، په وینینګ ری کې په 0.3 MYA کې د کوپیا عناصرو خورا وروستي دفنونه وموندل شول، پداسې حال کې چې د جپسي RTs پراخوالی په غالب ډول د LTR-RT د برسټ ډینامیکونو د بایموډال توزیع نمونه جوړه کړه.
3. د ریی جینوم ارتقاء او د کروموزوم ترکیب تحقیق
د جوارو او ډیپلوډ غنمو ترمنځ توپیر د غنمو څخه د وربشو له جلا کولو وروسته رامنځ ته شو، د دوو پیښو لپاره د توپیر وختونه په ترتیب سره نږدې 9.6 او 15 MYA دي.1R، 2R، 3R په بشپړه توګه د غنمو د 1، 2 او 3 کروموزومونو ګروپونو سره په ترتیب سره یو بل سره سمون لري.4R، 5R، 6R، 7R وموندل شول چې په لویه پیمانه فیوژن او برخې شتون لري.
4. د جین نقلونو تحلیل او د نشایسته بایو سنتیز جینونو باندې د دوی اغیز
د پام وړ، د وینینګ رائی د متناسب نقل شوي جینونو (TDGs) او نږدې نقل شوي جینونو (PDGs) شمیر دواړه د Tu, Aet, Hv, Bd او Os لپاره موندل شوي څخه لوړ وو.نقل شوي نقل شوي جینونه (TrDGs) هم د هغو په پرتله ډیر شمیر وو چې په ځانګړي ډول د Tu او Aet لپاره موندل شوي.د Rye جینوم پراخیدل د ډیرو جین نقلونو سره یوځای کیږي.په جوارو کې د TE زیاتیدل ممکن د TrDGs لوړ شمیر لامل شوي وي.
د ریی جینوم ارتقاء او کروموزوم ترکیب تحلیل
د جوی جین نقلونو تحلیل او د نشایسته بایوسینتیز اړوند جینونو تنوع باندې د دوی اغیزې (SBRGs)
5. د جوارو د تخم د ذخیره کولو پروټین (SSP) جین لوکی تحلیل
څلور کروموزوم لوکی (Sec-1 to Sec-4) د Rye SSPs مشخص کول په 1R یا 2R کې پیژندل شوي.α-gliadin جینونه یوازې په دې وروستیو کې په غنمو او نږدې ډولونو کې د جوارو څخه د غنمو له توپیر وروسته رامینځته شوي.
6. د لیږد فکتور (TF) او د ناروغیو مقاومت جینونو معاینه
د رائی سیکلین لوکی تحلیل
وینینګ رائی د Tu (1,621)، Aet (1,758)، Hv (1,508)، Bd (1,178)، Os (1,575) او A (1,836) په پرتله د (DRA) جینونو (1,989، ضمیمه ډاټا 3) سره د ډیرو ناروغیو مقاومت درلود. د عام غنمو B (1,728) او D (1,888) فرعي جینومونه.
7. د جین څرګندولو ځانګړتیاو څیړنه چې د ابتدايي سرلیک ځانګړتیا سره تړاو لري
دوه FT جینونه چې د اوږدې ورځې شرایطو کې نسبتا لوړ څرګندونه لري، ScFT1 او ScFT2، د وینینګ جینوم مجلس کې تشریح شوي.د ScFT2 (S76 او T132) فاسفوریلیشن دوه امینو اسید پاتې شونو د وخت کنټرول کمولو سره اړیکه وموندل شوه
پرمختیایي او د جین بیان ځانګړتیاوې د وینینګ ریی د ابتدايي سرلیک ځانګړتیا سره تړاو لري
8. د کروموسومل سیمو کان کیندنه او په بالقوه توګه د جوارو په کورني کولو کې دخیل دي
په ټولیزه توګه 123,647 SNPs د کرل شوي جوارو او S. vavilovii ترمنځ د انتخابي سویپ تحلیل ترسره کولو لپاره کارول شوي.11 انتخابي سویپ سیګنالونه د کمولو شاخص (DRI)، د فکسیشن شاخص (FST) او XP-CLR میتود لخوا پیژندل شوي.ScID1 د سرلیک نیټې په تنظیم کې ممکنه ښکیلتیا وموندله.
د کروموزوم ساحو پیژندنه او تحلیل او په بالقوه توګه د جوارو کورني کولو پورې تړاو لري
حواله
Li GW et al.د لوړ کیفیت جینوم مجلس د جوی جینومیک ځانګړتیاوې او د زراعتي پلوه مهم جینونه په ګوته کوي.د طبیعت جینیات (2021)
خبرونه او مهم ټکي موخه یې د بایومارکر ټیکنالوژیو سره وروستي بریالي قضیې شریکول دي، د نوي ساینسي لاسته راوړنو نیول او همدارنګه د مطالعې په جریان کې پلي شوي مشهور تخنیکونه.
د پوسټ وخت: جنوري-05-2022