Hi-C پر بنسټ د جینوم مجلس
د خدماتو ګټې
د Hi-C عمومي کتنه
(لیبرمن-ایډین ای او نور،ساینس, 2009)
● د کنټیګ اینکرینګ لپاره د جنیټیک نفوس جوړولو ته اړتیا نشته؛
● د مارکر لوړ کثافت د 90٪ څخه پورته د لوړ کنټیګ انکرینګ تناسب لامل کیږي؛
● د موجوده جینوم مجلسونو ارزونه او سمونونه فعالوي؛
● د جینوم په مجلس کې د لوړ دقت سره د لنډ وخت په شاوخوا کې؛
● د 1000 څخه زیاتو Hi-C کتابتونونو سره پراخه تجربه چې د 500 څخه زیاتو ډولونو لپاره جوړ شوي؛
● له 100 څخه ډیر بریالي قضیې د 760 څخه ډیر د راټول شوي خپاره شوي اغیز فکتور سره؛
● د پولیپلایډ جینوم لپاره د های-سی پراساس جینوم اسمبلۍ، په تیرو پروژه کې د 100٪ انکر کولو کچه ترلاسه شوې وه؛
● د Hi-C تجربو او د معلوماتو تحلیل لپاره د کور دننه پیټینټ او سافټویر کاپي حقونه؛
● د ځان پرمختللی بصری ډیټا ټینګ کولو سافټویر، د لاسي بلاک حرکت کول، بیرته راګرځول، لغوه کول او بیا کول فعالوي.
د خدماتو مشخصات
|
د کتابتون ډول
|
پلیټ فارم | اوږدوالی ولولئ | د ستراتیژۍ وړاندیز وکړئ |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
بایو انفارماتیک تحلیلونه
● د خامو معلوماتو کیفیت کنټرول
● Hi-C کتابتون د کیفیت کنټرول
● Hi-C پر بنسټ د جینوم مجلس
● د غونډې وروسته ارزونه
د نمونې اړتیاوې او تحویلي
د نمونې اړتیاوې:
| څاروی | فنګس | بوټي
|
| منجمد نسج: په هر کتابتون کې 1-2 ګرامه حجرې: په هر کتابتون کې 1x 10^7 حجرې | منجمد نسج: 1g په هر کتابتون کې | منجمد نسج: په هر کتابتون کې 1-2 ګرامه
|
| *موږ په کلکه سپارښتنه کوو چې د Hi-C تجربې لپاره لږترلږه 2 aliquots (هر یو 1 g) واستوو. | ||
وړاندیز شوي نمونې تحویلي
کانټینر: 2 ملی لیتر سینټرفیوج ټیوب (د ټین ورق سپارښتنه نه کیږي)
د ډیری نمونو لپاره، موږ سپارښتنه کوو چې په ایتانول کې ونه ساتل شي.
د نمونې لیبل کول: نمونې باید په واضح ډول لیبل شوي او د نمونې معلوماتو فورمې ته ورته وي.
بار وړل: وچ یخ: نمونې باید لومړی په کڅوړو کې بسته شي او په وچ یخ کې ښخ شي.
د خدمت کاري جریان
د تجربې ډیزاین
د نمونې سپارل
د DNA استخراج
د کتابتون جوړول
ترتیب کول
د معلوماتو تحلیل
د پلور وروسته خدمتونه
*د ډیمو پایلې دلته ښودل شوي ټول د بایومارکر ټیکنالوژیو سره خپاره شوي جینومونو څخه دي
1.Hi-C تعامل د حرارت نقشهCamptotheca acuminataجینوملکه څنګه چې په نقشه کې ښودل شوي، د متقابل عمل شدت په منفي ډول د خطي فاصلې سره تړاو لري، کوم چې د کروموزوم کچې خورا درست راټولول په ګوته کوي.(د لنگر کولو تناسب: 96.03٪)
کانګ ایم او نور.د طبیعت مخابرات، 2021
2.Hi-C په منځ کې د انعطاف تایید کول اسانه کړلGossypium hirsutumL. TM-1 A06 اوG. arboreumChr06
Yang Z et al.د طبیعت مخابرات، 2019
3. د کاساوا جینوم SC205 اسمبلی او بایللیک توپیر.د Hi-C تودوخې نقشه په هوموولوژس کروموزومونو کې روښانه ویش ښودل شوی.
هو او نور،مالیکولی نبات، 2021
4.Hi-C د تودوخې نقشه په دوه فیکس ډوله جینوم مجلس کې:F.microcarpa(د لنگر کولو تناسب: 99.3٪) اوF.hispida (د لنگر کولو تناسب: 99.7٪)
جانګ ایکس او نور.حجره، 2020
د BMK قضیه
د بانجان د ونې او ګرده غاړو جینومونه د انځر-وسپ Coevolution په اړه لیدونه وړاندې کوي
خپور شوی: حجره، 2020
د ترتیب کولو تګلاره:
F. مایکرو کارپا جینوم: تقریبا.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidaجینوم: تقریبا.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataجینوم: تقریبا.170 X PacBio RSII (65 جی بی)
کلیدي پایلې
1. د بنیان د ونې دوه جینومونه او یو pollinator wasp genomes د PacBio ترتیب کولو، Hi-C او لینکج نقشې په کارولو سره جوړ شوي.
(1)F. مایکرو کارپاجینوم: د 426 Mb (د اټکل شوي جینوم اندازې 97.7٪) د 908 Kb د کانټیګ N50 سره، د BUSCO نمرې 95.6٪ سره جوړه شوې.په مجموع کې د 423 Mb ترتیبونه د Hi-C لخوا 13 کروموزومونو سره لنگر شوي.د جینوم تشریح 29,416 پروټین کوډینګ جینونه ترلاسه کړل.
(۲)F. هسپیداجینوم: د 360 Mb یوه ټولګه (د اټکل شوي جینوم اندازې 97.3٪) د 492 Kb د کانټیګ N50 او د BUSCO نمرې 97.4٪ سره حاصل درلود.په ټولیز ډول د 359 Mb سلسلې په 14 کروموزومونو کې د Hi-C لخوا لنگر شوي او د لوړ کثافت لینک نقشې ته خورا ورته ورته دي.
(۳)Eupristina verticillataجینوم: د 387 Mb یوه ټولګه (د جینوم اندازې اټکل: 382 Mb) د 3.1 Mb د کانټیګ N50 او د BUSCO نمرې 97.7٪ سره رامینځته شوی.
2. مقایسوي جینومیک تحلیل د دوو تر منځ د جوړښت لوی توپیرونه په ګوته کړلفیکوسجینومونه، کوم چې د تطبیقي ارتقاء مطالعاتو لپاره ارزښتناکه جینیاتي سرچینې چمتو کړي.دا څیړنه، د لومړي ځل لپاره، د جینومیک په کچه د Fig-wasp coevolution په اړه بصیرت چمتو کړي.
 د دوو جینومیک ځانګړتیاوو په اړه د سرکوس ډیاګرامفیکوسجینومونه، پشمول کروموزومونه، قطعي نقلونه (SDs)، ټرانسپوزون (LTR، TEs، DNA TEs)، د جین بیان او ترکیب |  د Y کروموزوم او د جنسیت ټاکلو کاندید جین پیژندنه |
جانګ، ایکس، او نور."د بانجان د ونې جینومونه او ګرده کونکی ویسپ د انځر-واسپ Coevolution په اړه لیدونه وړاندې کوي."سیل 183.4 (2020).
