ارتقايي جینیات
د خدماتو ګټې
تاکاګي او نور.د نبات ژورنال، 2013
● د نیوکلیوټایډ او امینو اسیدونو په کچه کې د تغیراتو پراساس د ډولونو د توپیر وخت او سرعت اټکل کول
● د ډولونو تر منځ د لا باوري فایلوجینیټیک اړیکو څرګندول چې د متقابل تکامل او موازي تکامل لږترلږه اغیزې سره
● د جینیاتي بدلونونو او فینوټایپونو ترمنځ د اړیکو جوړول ترڅو د ځانګړتیاو پورې اړوند جینونه کشف کړي
● د جینیاتي تنوع اټکل کول، کوم چې د ډولونو د تکامل احتمال منعکس کوي
● د چټک بدلون وخت
● پراخه تجربه: BMK د 12 کلونو لپاره د نفوس او تکامل پورې اړوند پروژو کې پراخه تجربه راټوله کړې، په سلګونو ډولونه او نور یې پوښلي او د طبیعت مخابراتو، مالیکولر نباتاتو، نبات بایو ټیکنالوژۍ ژورنال، او نور کې خپاره شوي 80 لوړ پوړو پروژو کې مرسته کړې.
د خدماتو مشخصات
مواد:
په نورمال ډول، لږترلږه درې فرعي نفوس (د بیلګې په توګه فرعي ډولونه یا فشارونه) سپارښتنه کیږي.هر فرعي نفوس باید له 10 څخه کم نه وي (نباتات ＞15، د نادر ډولونو لپاره کم کیدی شي).
د ترتیب کولو تګلاره:
* WGS د لوړ کیفیت حوالې جینوم لرونکو نوعو لپاره کارول کیدی شي، پداسې حال کې چې SLAF-Seq د ریفرنس جینوم سره یا پرته، یا د ضعیف کیفیت حواله جینوم سره د نوعو لپاره تطبیق کیږي.
| د جینوم اندازې لپاره د تطبیق وړ | WGS | SLAF-ټاګونه (×10,000) |
| ≤ 500 Mb | 10×/فرد | WGS ډیر سپارښتنه کیږي |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 جي بي - 2 جي بي | 20 | |
| ≥2 جي بي | 30 |
بایو انفارماتیک تحلیلونه
● تحليل تحليل
● انتخابی سویپ
● د جین جریان
● د ډیموګرافیک تاریخ
● د انحراف وخت
د نمونې اړتیاوې او تحویلي
د نمونې اړتیاوې:
| ډولونه | نسج | WGS-NGS | SLAF |
| څاروی
| عصبي نسج |
0.5 ~ 1 ګرامه
|
0.5 ګرامه
|
| د عضلاتو نسج | |||
| د تی لرونکو وینه | 1.5 ملی لیتر
| 1.5 ملی لیتر
| |
| د چرګانو / کبانو وینه | |||
| نبات
| تازه پاڼي | 1~2 ګرامه | 0.5 ~ 1 ګرامه |
| پاڼی/ ډډ | |||
| ريښه/تخم | |||
| حجرې | کلتوري حجره |
| gDNA | تمرکز | مقدار (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
د خدماتو کاري جریان
د تجربې ډیزاین
د سپارلو نمونه
د کتابتون جوړول
ترتیب کول
د معلوماتو تحلیل
د پلور وروسته خدمتونه
*د ډیمو پایلې دلته ښودل شوي ټول د BMKGENE سره خپاره شوي جینومونو څخه دي
1. د تکامل تحلیل د فایلوجینیک ونې جوړول، د نفوس جوړښت او PCA د جینیاتي تغیراتو پراساس لري.
Phylogenetic ونې د انواعو تر منځ د ټیکونومیک او ارتقايي اړیکو استازیتوب کوي چې د مشترک پلار سره.
د PCA موخه دا ده چې د فرعي نفوس تر منځ نږدېوالی لیدلی شي.
د نفوس جوړښت د ایلیل فریکونسۍ په شرایطو کې د جینیکي پلوه جلا فرعي نفوس شتون ښیې.
چن، ایټ.al.PNAS، 2020
2. انتخابی سویپ
انتخابي سویپ هغه پروسې ته اشاره کوي چې له مخې یې ګټور سایټ غوره کیږي او د تړل شوي غیر جانبدار سایټونو فریکونسۍ ډیریږي او د غیر تړل شوي سایټونو کمښت کمیږي چې په پایله کې سیمه ایز کمښت رامینځته کیږي.
په ټاکلو سویپ سیمو کې د جینوم پراخه کشف د ټولو SNPs د نفوس جینیټیک شاخص (π，Fst, Tajima's D) په ټاکلي مرحله (10 Kb) کې د سلیډینګ کړکۍ (100 Kb) دننه محاسبه کولو سره پروسس کیږي.
د نیوکلیوټایډ تنوع (π)
د تاجيما د
د فکسیشن شاخص (Fst)
وو، او.al.مالیکولی نبات، 2018
3.جین جریان
وو، او.al.مالیکولی نبات، 2018
4. د ډیموګرافیک تاریخ
جانګ، او.al.د طبیعت ایکولوژي او تکامل، 2021
5. د انحراف وخت
جانګ، او.al.د طبیعت ایکولوژي او تکامل، 2021
د BMK قضیه
د جینومیک تغیر نقشه د پسرلي چینایي کباب (براسیکا ریپا ایس ایس پی. پیکینینس) انتخاب د جینیاتي اساس په اړه لید وړاندې کوي
خپور شوی: مالیکولی نبات، 2018
د ترتیب کولو تګلاره:
بیاکتنه: د ترتیب ژوروالی: 10×
کلیدي پایلې
په دې څیړنه کې، 194 چینایي کبابونه د 10× منځنۍ ژوروالي سره د بیا ترتیب لپاره پروسس شوي، چې 1,208,499 SNPs او 416,070 InDels یې ترلاسه کړل.د دغو 194 کرښو په اړه د Phylogenetic شننې ښودلې چې دا کرښې په دریو ایکوټایپونو ویشل کیدی شي، پسرلی، دوبي او مني.برسېره پردې، د نفوس جوړښت او د PCA تحلیل په ګوته کوي چې د پسرلي چینایي کباب د چین په شانډونګ کې د مني له کباب څخه سرچینه اخلي.دا وروسته کوریا او جاپان ته وپیژندل شول، د ځایی کرښو سره تیر شول او د دوی ځینې ناوخته بولینګ ډولونه بیرته چین ته معرفي شول او په پای کې د چینایي پسرلي کباب شو.
د پسرلي چینایي کبابونو او د مني کبابونو په انتخاب کې د جینوم پراخه سکیننګ 23 جینومیک ځایونه په ګوته کړل چې د قوي انتخاب څخه تیر شوي ، چې دوه یې د QTL نقشه کولو پراساس د بولټینګ وخت کنټرول سیمې سره یوځای شوي.دا دوه سیمې موندل شوي چې کلیدي جینونه لري چې ګل کول تنظیموي، BrVIN3.1 او BrFLC1.دا دوه جینونه نور تایید شوي چې د ټرانسکریټوم مطالعې او ټرانسجینک تجربو لخوا د بولټ کولو وخت کې ښکیل دي.
 د چینایي کبابونو په اړه د نفوس جوړښت تحلیل |  د چینایي کباب انتخاب په اړه جینیاتي معلومات |
Tongbing، et al."د جینومیک تغیر نقشه د پسرلي چینایي کباب (براسیکا ریپا ssp.pekinensis) انتخاب جینیټیک اساس ته بصیرت وړاندې کوي."مالیکولر نباتات11(2018):1360-1376.
