● د هراړخیز تحلیل بسته چې اته خورا عام تحلیلونه پکې شامل دي
● د پایلو په اړه د مفصل او په اسانۍ د پوهیدو وړ تفسیر سره په تحلیل کې لوړ اعتبار
● په ښه ډول ډیزاین شوي د خپرولو لپاره چمتو شوي ارقام
● د لوړ مهارت لرونکي بایو انفارماتیک ټیم د مختلف شخصي تحلیل غوښتنې پوره کوي
● په شننې کې د لوړ دقت سره د لنډ وخت بدلول
● د 90 څخه زیاتو بریالۍ قضیو سره پراخه تجربه د 900 څخه ډیر د راټول شوي خپاره شوي اغیز فکتور سره
اټکل شوی د بدلون وخت | د ډولونو شمیر | تحلیل کوي |
30 کاري ورځې | ۶ – ۱۲ | د جین کورنۍ کلستر کول د جین کورنۍ پراختیا او انقباض د Phylogenetic ونې جوړول د انحراف وخت اټکل (فوسیل کیلیبریشن ته اړتیا ده) د LTR داخلولو وخت (د نباتاتو لپاره) د بشپړ جینوم نقل (د نباتاتو لپاره) انتخابي فشار د ترکیب تحلیل |
● د جین کورنۍ
● Phylogenetics
● د انحراف وخت
● انتخابي فشار
● د ترکیب تحلیل
د نسج لپاره
ډولونه | نسج | سروې | PacBio CCS |
څاروی | عصبي نسج | 0.5 ~ 1g | ≥ 3.5 ګرامه |
د عضلاتو نسج | |||
≥ 5.0 ګرامه | |||
≥ 5.0mL | |||
د تی لرونکو وینه | |||
≥ 0.5 ملی لیتر | |||
د چرګانو / کبانو وینه | |||
نبات | تازه پاڼي | 1 ~ 2 ګرامه | ≥ 5.0 ګرامه |
پاڼی/ ډډ | 1 ~ 2 ګرامه | ≥ 10.0 ګرامه | |
ريښه/تخم | 1 ~ 2 ګرامه | ≥ 20.0 ګرامه | |
حجرې | کلتوري حجره | - | ≥ 1 x 108 |
د جینوم ترتیب فایلونه (.fasta) او د تشریح فایلونه (.gff3) د نږدې اړوند ډولونو
*د ډیمو پایلې دلته ښودل شوي ټول د بایومارکر ټیکنالوژیو سره خپاره شوي جینومونو څخه دي
1. د LTR داخلولو وخت اټکل: دا ارقام د نورو ډولونو په پرتله په وینینګ رائی جینوم کې د LTR-RTs داخلولو وختونو کې یو ځانګړی بایموډال ویش ښودل شوی.تر ټولو وروستۍ څوکه شاوخوا 0.5 ملیون کاله وړاندې ښکاره شوه.
لي ګوانګ او نورد طبیعت جینیات، 2021
2. د چایوټ (Sechium edule) په اړه د فیلوجیني او جین کورنۍ تحلیل : د چایوټ او د جین په کورنۍ کې د نورو 13 اړوندو ډولونو تحلیل کولو سره، چایوټ د مارانو (Trichosanthes anguina) سره خورا نږدې تړاو درلود.چایوټ د 27-45 Mya په شاوخوا کې د سانپ له غوښې څخه اخیستل شوی او ټول جینوم نقل (WGD) په 25±4 Mya کې په چایوټ کې لیدل شوی، چې په ccuibitaceae کې د WGD دریمه پیښه ده.
فو او نور.د باغدارۍ څیړنه، 2021
3. Synteny شننه: د میوو په وده کې د فایټو هورمونونو پورې اړوند ځینې جینونه په چایوټو، مارانو او اسکواش کې موندل شوي.د چایوټ او اسکواش تر مینځ اړیکه د چایوټ او مارغانو تر مینځ یو څه لوړه ده.
فو او نور.د باغدارۍ څیړنه، 2021
4. د جین کورنۍ شننه: په G.thurberi او G.davidsonii جینومونو کې د جین د کورنۍ پراختیا او انقباض په اړه د KEGG بډایه کول وښودله چې د سټرایډ بایوسینتیسز او براسینوسټرایډ بایوسینتیز پورې اړوند جینونه پراخ شوي.
Yang Z et al.BMC بیولوژي، 2021
5. د بشپړ جینوم نقل کولو تحلیل: د 4DTV او Ks توزیع تحلیل د جینوم نقل کولو ټوله پیښه ښودلې.د intraspecies لوړوالی د نقل پیښې ښودل شوي.د انواعو د ځنځیرونو لوړوالی د ځانګړتیاوو پیښې ښودل شوي.تحلیل په ډاګه کړه چې د نورو دریو نږدې ډولونو سره پرتله کول، O. europaea په دې وروستیو کې په لویه پیمانه د جین نقل کولو څخه تیریږي.
راو جی او نور.د باغدارۍ څیړنه، 2021
د BMK قضیه
ګلاب پرته له ټوټو څخه: جینومیک بصیرت د رطوبت موافقت سره تړاو لري
خپور شوی: د ملي ساینس بیاکتنه، 2021
د ترتیب کولو تګلاره:
بسیبې رنګه' (آر.ویچورینانجینوم:
نږدې93 X PacBio + نږدې.90 ایکس نانوپور + 267 ایکس ایلومینا
کلیدي پایلې
1. د لوړ کیفیت R.wichuraiana جینوم د اوږده لوستلو ترتیب کولو تخنیکونو په کارولو سره جوړ شوی، کوم چې د 530.07 Mb اسمبلۍ تولیدوي (د اټکل شوي جینوم اندازه نږدې 525.9 Mb د فلو سیټومیټري او 525.5 د جینوم سروې له مخې شاوخوا 31.0٪ وه).د BUSCO اټکل شوی نمره 93.9٪ وه.د "زاړه بلش" (haploOB) سره پرتله کول، د دې جینوم کیفیت او بشپړتیا د اساس واحد اساس دقت او د LTR اسمبلی شاخص (LAI = 20.03) لخوا تایید شوی.R.wichuraiana جینوم 32,674 پروټین کوډینګ جینونه لري.
2. د ملټي اومکس ګډ تحلیل، چې د نسبي جینومیکونو، ټرانسکرټومیکونو، د جنیتیک نفوس QTL تحلیلونو څخه جوړ دی، د R. wichuraiana او Rosa chinensis ترمنځ مهم ځانګړتیا څرګنده کړه.همدارنګه، په QTL کې د اړونده جینونو د بیان توپیر ممکن د ډډ د ډبرې نمونې سره تړاو ولري.
د Basyes Thornless او Rosa chinensis تر منځ مقایسه جینومیک تحلیل په شمول د ترکیب تحلیل، د جین کورنۍ کلستر، پراختیا او انقباض تحلیل، لوی شمیر توپیرونه په ګوته کړل، کوم چې په ګلاب کې د مهمو ځانګړتیاوو سره تړاو لري.په NAC او FAR1/FRS جین کورنۍ کې بې ساري پراخوالی د تور ځای په وړاندې مقاومت سره ډیر احتمال درلود.
د BT او haploOB جینومونو ترمنځ مقایسه جینومیک تحلیل.
ژونګ، ایم، او نور."بې له ټوټو ګلاب: جینومیک بصیرت د رطوبت موافقت سره تړاو لري"د ملي ساینس بیاکتنه، 2021؛، nwab092.