BMKCloud Log in
Baner-03

Produkty

Sekwencjonowanie fragmentów amplifikowanych w specyficznym locus (SLAF-Seq)

Wysokowydajne genotypowanie, szczególnie w przypadku populacji na dużą skalę, jest podstawowym krokiem w badaniach asocjacji genetycznych, który zapewnia podstawę genetyczną do odkrywania genów funkcjonalnych, analizy ewolucyjnej itp. Zamiast głębokiego ponownego sekwencjonowania całego genomu, sekwencjonowanie genomu o ograniczonej reprezentacji (RRGS ) wprowadzono, aby zminimalizować koszt sekwencjonowania na próbkę, przy jednoczesnym zachowaniu rozsądnej wydajności w odkrywaniu markerów genetycznych.Zwykle osiąga się to poprzez wyodrębnienie fragmentu restrykcyjnego w danym zakresie wielkości, co nazywa się biblioteką zredukowanej reprezentacji (RRL).Sekwencjonowanie fragmentów amplifikowanych w specyficznym locus (SLAF-Seq) to opracowana przez siebie strategia genotypowania SNP z genomem referencyjnym lub bez niego.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq


Szczegóły usługi

Wyniki demonstracyjne

Polecane publikacje

Szczegóły usługi

Schemat techniczny

111

Przepływ pracy

流程图

Zalety serwisu

Wysoka skuteczność wykrywania markerów- Wysokoprzepustowa technologia sekwencjonowania pomaga SLAF-Seq w odkrywaniu setek tysięcy znaczników w całym genomie.

Niska zależność od genomu- Można go zastosować do gatunków z genomem referencyjnym lub bez niego.

Elastyczny projekt schematu- Trawienie jednoenzymatyczne, dwuenzymatyczne, wieloenzymatyczne i różne typy enzymów, wszystkie można wybrać w celu zaspokojenia różnych celów badawczych lub gatunków.Aby zapewnić optymalny projekt enzymu, stosuje się ocenę wstępną in silico.

Efektywne trawienie enzymatyczne- Przeprowadzono eksperyment wstępny w celu optymalizacji warunków, dzięki czemu eksperyment formalny jest stabilny i niezawodny.Wydajność zbierania fragmentów może osiągnąć ponad 95%.

Równomiernie rozmieszczone znaczniki SLAF- Znaczniki SLAF są w największym stopniu równomiernie rozmieszczone we wszystkich chromosomach, osiągając średnio 1 SLAF na 4 kb.

Skuteczne unikanie powtórzeń- Sekwencja powtórzeń w danych SLAF-Seq jest zmniejszona do wartości poniżej 5%, szczególnie u gatunków o wysokim poziomie powtórzeń, takich jak pszenica, kukurydza itp.

Duże doświadczenie-Ponad 2000 zamkniętych projektów SLAF-Seq dotyczących setek gatunków obejmujących rośliny, ssaki, ptaki, owady, organizmy wodne itp.

Opracowany samodzielnie bioinformatyczny przepływ pracy- W BMKGENE opracowano zintegrowany bioinformatyczny przepływ pracy dla SLAF-Seq, aby zapewnić niezawodność i dokładność wyników końcowych.

 

Specyfikacje usług

 

Platforma

Stężenie (ng/gl)

Całkowity (ug)

OD260/280

Illumina NovaSekw

>35

>1.6(Objętość> 15μl)

1,6-2,5

Uwaga: Do eksperymentu wstępnego zostaną wykonane trzy próbki, każda z trzema schematami enzymatycznymi.

Zalecana strategia sekwencjonowania

Głębokość sekwencjonowania: 10X/tag

Rozmiar genomu

Polecane tagi SLAF

< 500 Mb

100 tys. lub WGS

500 Mb-1 Gb

100 tys

1 Gb -2 Gb

200 tys

Gigantyczne lub złożone genomy

300 - 400 tys

 

Aplikacje

 

Zalecana

Skala populacji

 

Strategia sekwencjonowania i głębokość

 

Głębokość

 

Numer znacznika

 

GWAS

 

Liczba próbek ≥ 200

 

10X

 

 

 

 

 

Według

wielkość genomu

 

Ewolucja genetyczna

 

Osoby z każdego

podgrupa ≥ 10;

próbki ogółem ≥ 30

 

10X

 

Zalecana dostawa próbek

Pojemnik: probówka wirówkowa o pojemności 2 ml

W przypadku większości próbek nie zalecamy konserwowania w etanolu.

Etykietowanie próbek: Próbki muszą być wyraźnie oznakowane i identyczne z przesłanymi formularzami informacyjnymi.

Wysyłka: Suchy lód: Próbki należy najpierw zapakować w worki i zakopać w suchym lodzie.

Przepływ pracy w serwisie

Próbka kontroli jakości
Eksperyment pilotażowy
Eksperyment SLAF
Przygotowanie biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe

Próbka kontroli jakości

Eksperyment pilotażowy

Eksperyment SLAF

Przygotowanie biblioteki

Sekwencjonowanie

Analiza danych

Usługi posprzedażowe


  • Poprzedni:
  • Następny:

  • 1. Statystyka wyniku mapy

    obraz1

    A1

    2. Rozwój markera SLAF

    A2

    3. Adnotacja o odmianie

    A3

    Rok

    Dziennik

    IF

    Tytuł

    Aplikacje

    2022

    Komunikacja przyrodnicza

    17.694

    Genomowe podstawy giga-chromosomów i giga-genomu piwonii drzewiastej

    Paeonia ostii

    SLAF-GWAS

    2015

    Nowy fitolog

    7.433

    Ślady udomowienia zakotwiczają regiony genomowe o znaczeniu rolniczym w

    soja

    SLAF-GWAS

    2022

    Journal of Advanced Research

    12.822

    Sztuczne introgresje Gossypium barbadense obejmujące cały genom do G. hirsutum

    ujawniają doskonałe loci dla jednoczesnej poprawy jakości i wydajności włókien bawełnianych

    cechy

    SLAF – genetyka ewolucyjna

    2019

    Roślina molekularna

    10.81

    Analiza genomu populacji i zgromadzenie De Novo ujawniają pochodzenie chwastów

    Ryż jako gra ewolucyjna

    SLAF – genetyka ewolucyjna

    2019

    Genetyka natury

    31.616

    Sekwencja genomu i różnorodność genetyczna karpia pospolitego Cyprinus carpio

    Mapa powiązań SLAF

    2014

    Genetyka natury

    25.455

    Genom uprawianych orzeszków ziemnych zapewnia wgląd w kariotypy roślin strączkowych, poliploidalne

    ewolucja i udomowienie roślin.

    Mapa powiązań SLAF

    2022

    Dziennik biotechnologii roślin

    9.803

    Identyfikacja ST1 ujawnia selekcję obejmującą autostop w zakresie morfologii nasion

    i zawartości oleju podczas udomowienia soi

    Rozwój znacznika SLAF

    2022

    International Journal of Molecular Sciences

    6.208

    Identyfikacja i rozwój markerów DNA dla pszenicy-Leymus mollis 2Ns (2D)

    Disomiczna substytucja chromosomu

    Rozwój znacznika SLAF

    uzyskać wycenę

    Napisz tutaj swoją wiadomość i wyślij ją do nas

    Wyślij do nas wiadomość: