Sekwencjonowanie wodorosiarczynem o zmniejszonej reprezentacji (RRBS)
Specyfikacje usług
Platforma: platforma NovaSeq, PE150
Typ biblioteki: Biblioteka DNA traktowana wodorosiarczynem o wielkości 200-400 bp
Strategia sekwencjonowania: Sparowany koniec 150 pz
Zalecane wyjście danych: 10 Gb surowych danych/próbka
Przykładowe wymagania
Ilość DNA: ≥ 2ug
Stężenie DNA: ≥ 20 ng/μl.
Czystość: OD260/280 = 1,8 do 2,0 bez degradacji i zanieczyszczenia RNA
Analiza bioinformatyczna
Przebieg prac serwisowych
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
a.Odniesienia do statystyk dopasowania genomu
Statystyka odczytów map
Sstatystyka głębokości sekwencjonowania i pokrycia miejsca C
Askumulowany zasięg
Defektywność trawienia każdej próbki
b.Wykrywanie miejsca metylacji
Lista poziomów metylacji w miejscu C
BKonwersja S
Metylowana cytozyna
Rozkład poziomu metylacji
c.Mapa metylacji
Gcały enom
Gelement enom
d.Porównanie poziomów metylacji pomiędzy próbkami
Pairwise Korelacja metylacji CG
PMetylacja CA-CG
Cpołysk metylacji CG
d.Analiza różnicowa metylacji
Sstatystyka DMR
Rozkład długości DMR
Hzjedz mapę
DDystrybucja MR w docelowym regionie
