-
Sekwencjonowanie jednojądrowego RNA
Postęp w wychwytywaniu pojedynczych komórek i technice konstruowania indywidualnych bibliotek w połączeniu z wysokowydajnym sekwencjonowaniem umożliwia badanie ekspresji genów komórka po komórce.Umożliwia głębszą i kompletną analizę systemową złożonych populacji komórek, w której w dużym stopniu pozwala uniknąć maskowania ich heterogeniczności poprzez uśrednianie wszystkich komórek.
Jednakże niektóre komórki nie nadają się do sporządzania zawiesiny jednokomórkowej, dlatego potrzebne są inne metody przygotowania próbki – ekstrakcja jądra z tkanek, to znaczy jądro jest bezpośrednio ekstrahowane z tkanki lub komórki i przygotowywane do postaci zawiesiny jednojądrowej dla pojedynczych- sekwencjonowanie komórek.
BMK świadczy usługę sekwencjonowania jednokomórkowego RNA w oparciu o 10× Genomics ChromiumTM.Usługa ta jest szeroko stosowana w badaniach związanych z chorobami, takimi jak różnicowanie komórek odpornościowych, heterogeniczność nowotworu, rozwój tkanek itp.
Przestrzenny chip transkryptomu: 10 × genomika
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Transkryptom przestrzenny BMKMANU S1000
Transkryptomika przestrzenna przoduje w innowacjach naukowych, umożliwiając badaczom zgłębianie skomplikowanych wzorców ekspresji genów w tkankach przy jednoczesnym zachowaniu ich kontekstu przestrzennego.Pośród różnych platform firma BMKGene opracowała układ transkryptomu przestrzennego BMKManu S1000, charakteryzujący sięzwiększona rozdzielczość5 µM, osiągając zakres subkomórkowy i umożliwiającwielopoziomowe ustawienia rozdzielczości.Układ S1000, zawierający około 2 miliony plamek, wykorzystuje mikrostudzienki pokryte kulkami załadowanymi przestrzennie oznaczonymi kodami kreskowymi sondami wychwytującymi.Z chipa S1000 przygotowywana jest biblioteka cDNA, wzbogacona przestrzennymi kodami kreskowymi, a następnie sekwencjonowana na platformie Illumina NovaSeq.Połączenie próbek oznaczonych przestrzennie kodami kreskowymi i UMI zapewnia dokładność i specyficzność generowanych danych.Unikalna cecha chipa BMKManu S1000 polega na jego wszechstronności, oferując wielopoziomowe ustawienia rozdzielczości, które można precyzyjnie dostroić do różnych tkanek i poziomów szczegółowości.Ta zdolność adaptacji sprawia, że chip jest znakomitym wyborem do różnorodnych badań transkryptomiki przestrzennej, zapewniając precyzyjne grupowanie przestrzenne przy minimalnym poziomie szumu.
Wykorzystując chip BMKManu S1000 i inne technologie transkryptomiki przestrzennej, badacze mogą lepiej zrozumieć przestrzenną organizację komórek i złożone interakcje molekularne zachodzące w tkankach, zapewniając bezcenny wgląd w mechanizmy leżące u podstaw procesów biologicznych w szerokim zakresie dziedzin, w tym onkologia, neurologia, biologia rozwoju, immunologia i studia botaniczne.
Platforma: układ BMKManu S1000 i Illumina NovaSeq
-
10x Transkryptom przestrzenny Genomics Visium
Transkryptomika przestrzenna to najnowocześniejsza technologia, która umożliwia badaczom badanie wzorców ekspresji genów w tkankach, przy jednoczesnym zachowaniu ich kontekstu przestrzennego.Jedną z potężnych platform w tej domenie jest 10x Genomics Visium w połączeniu z sekwencjonowaniem Illumina.Zasada 10X Visium opiera się na specjalistycznym chipie z wyznaczonym obszarem przechwytywania, w którym umieszczane są skrawki tkanek.Ten obszar przechwytywania zawiera punkty z kodem kreskowym, z których każdy odpowiada unikalnemu położeniu przestrzennemu w tkance.Wychwycone cząsteczki RNA z tkanki są następnie znakowane unikalnymi identyfikatorami molekularnymi (UMI) podczas procesu odwrotnej transkrypcji.Te oznaczone kodami kreskowymi plamki i UMI umożliwiają precyzyjne mapowanie przestrzenne i ocenę ilościową ekspresji genów w rozdzielczości pojedynczej komórki.Połączenie próbek oznaczonych przestrzennie kodami kreskowymi i UMI zapewnia dokładność i specyficzność generowanych danych.Korzystając z tej technologii transkryptomiki przestrzennej, badacze mogą uzyskać głębsze zrozumienie przestrzennej organizacji komórek i złożonych interakcji molekularnych zachodzących w tkankach, oferując bezcenny wgląd w mechanizmy leżące u podstaw procesów biologicznych w wielu dziedzinach, w tym w onkologii, neurologii, biologii rozwoju i immunologii i studia botaniczne.
Platforma: 10X Genomics Visium i Illumina NovaSeq
