-
Sekwencjonowanie metagenomiczne -NGS
Metagenom odnosi się do zbioru całkowitego materiału genetycznego mieszanej społeczności organizmów, takiego jak metagenom środowiskowy, metagenom ludzki itp. Zawiera genomy zarówno mikroorganizmów, które można hodować, jak i nie.Sekwencjonowanie metagenomiczne to narzędzie molekularne stosowane do analizy mieszanych materiałów genomowych ekstrahowanych z próbek środowiskowych, które dostarcza szczegółowych informacji na temat różnorodności i liczebności gatunków, struktury populacji, powiązań filogenetycznych, genów funkcjonalnych i sieci korelacji z czynnikami środowiskowymi.
Platforma:Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekwencjonowanie metagenomiczne – Nanopor
Metagenomika to narzędzie molekularne stosowane do analizy mieszanych materiałów genomowych ekstrahowanych z próbek środowiskowych, które dostarcza szczegółowych informacji na temat różnorodności i liczebności gatunków, struktury populacji, powiązań filogenetycznych, genów funkcjonalnych i sieci korelacji z czynnikami środowiskowymi itp. Niedawno wprowadzono platformy sekwencjonowania Nanopore do badań metagenomicznych.Jego wyjątkowa wydajność w zakresie długości odczytu znacznie usprawniła dalszą analizę metagenomiczną, zwłaszcza składanie metagenomu.Wykorzystując długość odczytu, badanie metagenomiczne oparte na Nanopore jest w stanie osiągnąć bardziej ciągłe składanie w porównaniu z metagenomią typu shotgun.Opublikowano, że metagenomika oparta na Nanoporach z powodzeniem wygenerowała kompletne i zamknięte genomy bakteryjne z mikrobiomów (Moss, EL i in.,Biotechnologia natury, 2020)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
Sekwencjonowanie amplikonu 16S/18S/ITS – PacBio
Podjednostka 16S i 18S rRNA zawierająca zarówno regiony wysoce konserwatywne, jak i hiperzmienne, jest doskonałym molekularnym odciskiem palca do identyfikacji organizmów prokariotycznych i eukariotycznych.Korzystając z sekwencjonowania, amplikony te można ukierunkować na podstawie konserwatywnych części, a regiony hiperzmienne można w pełni scharakteryzować pod kątem identyfikacji drobnoustrojów, co przyczyni się do badań obejmujących analizę różnorodności drobnoustrojów, taksonomię, filogenezę itp. Pojedyncza cząsteczka w czasie rzeczywistym (SMRT ) sekwencjonowanie platformy PacBio umożliwia uzyskanie bardzo dokładnych długich odczytów, które mogłyby obejmować amplikony pełnej długości (ok. 1,5 Kb).Szersze spojrzenie na pole genetyczne znacznie poprawiło rozdzielczość adnotacji gatunków w społeczności bakterii lub grzybów.
Platforma:Kontynuacja PacBio II
-
Sekwencjonowanie amplikonu 16S/18S/ITS-NGS
Sekwencjonowanie amplikonu 16S/18S/ITS ma na celu ujawnienie filogenezy, taksonomii i liczebności gatunków w społeczności drobnoustrojów poprzez badanie produktów PCR markerów genetycznych metabolizmu podstawowego, które zawierają zarówno części wysoce konwertowane, jak i hiperzmienne.Wprowadzenie tych doskonałych molekularnych odcisków palców przez Woesesa i in. (1977) umożliwia profilowanie mikrobiomu bez izolacji.Sekwencjonowanie 16S (bakterie), 18S (grzyby) i wewnętrznego transkrybowanego odstępnika (ITS, grzyby) pozwala na identyfikację zarówno gatunków występujących powszechnie, jak i gatunków rzadkich i niezidentyfikowanych.Technologia ta stała się szeroko stosowanym i głównym narzędziem identyfikacji zróżnicowanego składu drobnoustrojów w różnych środowiskach, takich jak ludzkie usta, jelita, kał itp.
Platforma:Platforma Illumina NovaSeq
-
Ponowne sekwencjonowanie całego genomu bakterii i grzybów
Ponowne sekwencjonowanie całego genomu bakterii i grzybów jest kluczowym narzędziem umożliwiającym kompletowanie genomów znanych bakterii i grzybów, a także porównywanie wielu genomów lub mapowanie genomów nowych organizmów.Ogromne znaczenie ma sekwencjonowanie całych genomów bakterii i grzybów w celu wygenerowania dokładnych genomów referencyjnych, identyfikacji drobnoustrojów i innych porównawczych badań genomu.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekwencjonowanie metatranskryptomu
Sekwencjonowanie metatranskryptomu identyfikuje ekspresję genów drobnoustrojów (zarówno eukariotów, jak i prokariotów) w środowisku naturalnym (tj. glebie, wodzie, morzu, odchodach i jelitach). W szczególności usługa ta umożliwia uzyskanie profilowania ekspresji całego genu złożonych zbiorowisk drobnoustrojów, analizę taksonomiczną gatunków, analiza wzbogacenia funkcjonalnego genów o różnej ekspresji i nie tylko.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Genom grzyba
Biomarker Technologies zapewnia badanie genomu, genomu drobnego i genomu pełnego pene grzyba, w zależności od konkretnego celu badawczego.Sekwencjonowanie, składanie i adnotację funkcjonalną genomu można osiągnąć poprzez połączenie sekwencjonowania nowej generacji + sekwencjonowania trzeciej generacji w celu uzyskania składania genomu na wysokim poziomie.Można również zastosować technologię Hi-C, aby ułatwić składanie genomu na poziomie chromosomów.
Platforma:Kontynuacja PacBio II
Nanopore PromethION P48
Platforma Illumina NovaSeq
-
Kompletny genom bakterii
Biomarker Technologies świadczy usługi sekwencjonowania polegające na konstruowaniu pełnego genomu bakterii z zerową przerwą.Główny proces tworzenia kompletnego genomu bakterii obejmuje sekwencjonowanie trzeciej generacji, składanie, adnotację funkcjonalną i zaawansowaną analizę bioinformatyczną spełniającą określone cele badawcze.Bardziej wszechstronne profilowanie genomu bakterii umożliwia odkrycie podstawowych mechanizmów leżących u podstaw ich procesów biologicznych, co może również stanowić cenne odniesienie do badań genomicznych u wyższych gatunków eukariotycznych
Platforma:Nanopore PromethION P48 + platforma Illumina NovaSeq
Kontynuacja PacBio II
