Przegląd najważniejszych wydarzeń
Na to dwugodzinne seminarium internetowe mamy ogromny zaszczyt zaprosić sześciu ekspertów w dziedzinie genomiki upraw.Nasi prelegenci przedstawią dogłębną interpretację dwóch badań genomicznych żyta, które niedawno opublikowanoGenetyka natury:
1. Składanie genomu w skali chromosomów zapewnia wgląd w biologię, ewolucję i potencjał agronomiczny żyta
2. Wysokiej jakości zespół genomu podkreśla cechy genomiczne żyta i geny ważne z agronomicznego punktu widzenia
Cieszymy się również, że mamy starszego specjalistę ds. badań i rozwoju w firmie Biomarker Technologies, który dzieli się swoim doświadczeniem w składaniu genomu de novo.
Porządek obrad
09:00 czasu środkowoeuropejskiego
Uwagi powitalne
Zheng Hong-kun
Założyciel i dyrektor generalny Biomarker Technologies
Deng Xing-wanga
Prezes Szkoły Zaawansowanych Nauk Rolniczych Uniwersytetu Pekińskiego
09:15
Wzmocnienie udoskonalenia żyta, pszenżyta i pszenicy poprzez zastosowanie wysokiej jakości referencyjnej sekwencji genomu
Podczas tego seminarium internetowego prof. Wang przedstawił nam ogólne aktualizacje aktualnego stanu badań nad genomem pszenżyta oraz zademonstrował sukces i przełom dwóch wybitnych prac na temat badań genomu żyta, które niedawno opublikowano w Nature Genetics i przedstawiają całe badania grupy prowadzące i wnoszące wkład w prace.
09:25
Genomika zbóż @ IPK Gatersleben
Trawy zbożowe plemienia Triticeae są głównym źródłem pożywienia w regionach o klimacie umiarkowanym, które od dawna uważane są za ważne miejsce w ulepszaniu upraw i hodowli.Spośród wszystkich gatunków uprawnych plemię to słynie z niezwykle złożonych cech genomicznych, w tym dużych rozmiarów genomu, wysokiej zawartości TE, poliploidii itp. Podczas tej sesji prof. Nils Stein przedstawił nam ogólne wprowadzenie na temat IPK Gatersleben i obecnego stanu zbóż badania genomiczne@IPK Gatersleben.
09:35
Składanie genomu w skali chromosomów zapewnia wgląd w biologię, ewolucję i potencjał agronomiczny żyta
Dr M. Timothy Rabanus-Wallace, Instytut Genetyki Roślin i Badań nad Planami Upraw im. Leibniza (IPK)Żyto (Secale graine L.) to wyjątkowo odporna na warunki klimatyczne roślina zbożowa, szeroko wykorzystywana do produkcji ulepszonych odmian pszenicy w drodze hybrydyzacji introgresywnej, posiadająca cały repertuar genów niezbędnych do umożliwienia hodowli hybrydowej.Żyto jest alogamiczne i dopiero niedawno zostało udomowione, co daje żyto uprawnemu dostęp do zróżnicowanej i nadającej się do wykorzystania dzikiej puli genów.Aby jeszcze bardziej zwiększyć potencjał agronomiczny żyta, stworzyliśmy opatrzony adnotacjami zespół genomu żyta o masie 7,9 Mbp w skali chromosomowej i szeroko sprawdziliśmy jego jakość, korzystając z zestawu molekularnych zasobów genetycznych.Demonstrujemy zastosowania tego zasobu w szerokim zakresie badań.Przedstawiamy ustalenia dotyczące niepełnej izolacji genetycznej żyta uprawnego od dzikich krewnych, mechanizmów ewolucji strukturalnej genomu, odporności na patogeny, tolerancji na niskie temperatury, systemów kontroli płodności w hodowli mieszańców oraz korzyści plonotwórczych wynikających z introgresji żyta i pszenicy.
10:05
Wysokiej jakości zespół genomu podkreśla cechy genomiczne żyta i geny ważne z agronomicznego punktu widzenia
Żyto jest cenną rośliną spożywczą i pastewną, ważnym zasobem genetycznym do doskonalenia pszenicy i pszenżyta oraz niezbędnym materiałem do skutecznych badań porównawczych genomiki traw.Tutaj zsekwencjonowaliśmy genom żyta Weining, elitarnej chińskiej odmiany żyta.Złożone kontigi (7,74 Gb) stanowiły 98,47% szacowanej wielkości genomu (7,86 Gb), przy czym 93,67% kontigów (7,25 Gb) przypisanych było do siedmiu chromosomów.Powtarzające się elementy stanowiły 90,31% złożonego genomu.W porównaniu z wcześniej zsekwencjonowanymi genomami Triticeae, retrotranspozony Daniela, Sumaya i Sumana wykazały silną ekspansję w życie.Dalsze analizy składania Weininga rzuciły nowe światło na duplikacje genów w całym genomie i ich wpływ na geny biosyntezy skrobi, fizyczne organizacje złożonych loci prolaminy, cechy ekspresji genów leżące u podstaw wczesnej cechy główkowania oraz domniemane regiony chromosomalne i loci związane z udomowieniem w życie.Ta sekwencja genomu może przyspieszyć badania genomiki i hodowli żyta i pokrewnych roślin zbożowych.
10:35
Wyzwania, rozwiązania i przyszłość składania genomu de novo
Podstawą badań genomicznych jest genom wysokiej jakości.Chociaż szybki rozwój sekwencjonowania i algorytmów umożliwił znacznie prostsze i wydajniejsze składanie genomu, wymagania dotyczące dokładności i kompletności składania również rosną wraz z pogłębianiem się celów badawczych.Podczas tej prelekcji omówię obecnie popularne technologie składania genomu z kilkoma udanymi przypadkami i rzucę okiem na przyszły rozwój.
Czas publikacji: 08 stycznia 2022 r