EWOLUCJA GENOMEMU
Genom od nowa
Montaż|Określenie płci Całość prac sekwencjonujących oraz częściowe usługi bioinformatyczne wykonała firma Biomarker Techonologies.
Abstrakcyjny
„Kultowy fenotyp smoków morskich obejmuje wyrostki przypominające liście, bezzębny, rurkowaty pysk i ciążę u samców obejmującą inkubację zapłodnionych jaj na otwartym „plasie lęgowym”.Zsekwencjonowaliśmy de novo genomy męskie i żeńskie morskiego smoka zwyczajnego (Phyllopteryx taeniolatus) i blisko spokrewnionego z nim gatunku, aligatora (Syngnathoides biaculeatus).Profile transkrypcji z ewolucyjnej nowości, czyli wyrostków liściopodobnych, pokazują, że dokooptowano zestaw genów zazwyczaj zaangażowanych w rozwój płetw, a także wzbogacono transkrypty o potencjalne geny naprawy tkanek i obrony immunologicznej.Stwierdzono, że mutanty scpp5 danio pręgowanego, które są tracone u wszystkich syngnatydów, nie mają zębów gardłowych lub mają je zdeformowane, co potwierdza hipotezę, że utrata scpp5 przyczyniła się do utraty zębów u syngnatydów.Zidentyfikowano przypuszczalne locus determinujące płeć, kodujące specyficzny dla samców gen amhr2y, wspólny dla smoka morskiego i iglicy aligatora. ”
Materiały i metody:
Materiały
Fnasz wspólny smok morski (P.taeniolatus) i dwie iglice aligatory (S. biaculeatus) okazy.Do sekwencjonowania całego genomu wykorzystano dwa osobniki smoka morskiego (jeden samiec i jedna samica) oraz dwa osobniki aligatora (jeden samiec i jedna samica), a do ponownego sekwencjonowania genomu wykorzystano dwa inne samce smoka morskiego.
Strategia sekwencjonowania genomu
2Bibliotekę 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (Sequel) lub Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000). Do ponownego sekwencjonowania genomu wykorzystano dwie inne samce smoka morskiego.
Sekwencjonowanie transkryptomu
Flub smok morski zwyczajny, mózg, oko, skrzela, wątrobę, serce, nerkę, krezkę, jelita, mięśnie, płetwę, skórę, przydatki liściopodobne, jądra i jajniki.
Strategia składania genomu de novo
Canu (Korekta) + WTDBG2 (Montaż) + Pilon (polski) + Lachesis (Hi-C).
Wyniki główne
Ryc. 1. Kluczowe cechy smoka morskiego (P. taeniolatus) i iglicy aligatora (S. biaculeatus) oraz ich położenie filogenetyczne. Ryc.
Ryc. 2. Morfologia i struktura genetyczna przydatków liściastych u smoka morskiego (P. taeniolatus).
Ryc. 3. Domniemany gen determinujący płeć u smoka morskiego (P. taeniolatus) i iglicy aligatora (S. biaculeatus). Ryc.
Ryc. 4. Fenotypy zębów gardłowych u danio pręgowanego, homozygotycznych mutantów scpp5.
Czas publikacji: 08 stycznia 2022 r