BMKCloud Log in
Baner-03

Aktualności

MONTAŻ GENOMU T2T, GENOM BEZ przerw

1stDwa genomy ryżu1

Tytuł: Składanie i walidacja dwóch pozbawionych przerw genomów referencyjnych dla ryżu Xian/indica ujawnia wgląd w architekturę centromerów roślinnych

Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

Czas opublikowania: 1 stycznia 2021 r.

Instytut: Uniwersytet Rolniczy Huazhong, Chiny

Materiały

O. sativa xian/indicaodmiany ryżu „Zhenshan 97 (ZS97)” i „Minghui 63 (MH63)

Strategia sekwencjonowania

Odczyt NGS + odczyt HiFi + odczyt CLR + BioNano + Hi-C

Dane:

ZS97: 8,34 Gb (~23x) odczyt HiFi + 48,39 Gb (~131x) odczyt CLR + 25 Gb (~69x) NGS + 2 ogniwa BioNano Irys

MH63: 37,88 Gb (~103x) odczytów HiFi + 48,97 Gb (~132x) odczytów CLR + 28 Gb (~76x) NGS + 2 ogniwa BioNano Irys

Rysunek 1

Rycina 1 Dwa wolne od luk genomy ryżu (MH63 i ZS97)

2ndGenom bananowy2

Tytuł: Chromosomy bananów bez przerw między telomerami przy użyciu sekwencjonowania nanoporów

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

Czas opublikowania: 17 kwietnia 2021 r.

Instytut: Université Paris-Saclay, Francja

Materiały

Podwójny haploidalnyMusa acuminatasppmalaccenza(DH-Pahang)

Strategia i dane sekwencjonowania:

Tryb HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Mapa optyczna (DLE-1+BspQ1)

Tabela 1 Porównanie zespołów genomu Musa acuminata (DH-Pahang).

Tabela 1 - Porównanie zespołów ludzkiego genomu GRCh38 i T2T-CHM13
Porównanie architektury-figury-Musa-genomów-architektury

Rysunek 2 Porównanie architektury genomów Musa

3rdGenom Phaeodactylum tricornutum3

Tytuł: Składanie genomu z telomeru na telomerP
haeodactylum tricornutum

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

Czas opublikowania: 4 maja 2021 r

Instytut: Uniwersytet Zachodni, Kanada

Materiały

Phaeodactylum tricornutum(Kolekcja kultur glonów i pierwotniaków CCAP 1055/1)

Strategia i dane sekwencjonowania:

1 komora przepływowa Oxford Nanopore minION + 2×75 parowanych końcówek o średnim wyjściu NextSeq 550

Rysunek przedstawiający przebieg procesu składania genomu z telomeru do telomeru-1-1024x740

Rysunek 3 Proces składania genomu z telomeru na telomer

4thLudzki genom CHM134

Tytuł: Pełna sekwencja ludzkiego genomu

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

Czas opublikowania: 27 maja 2021 r

Instytut: Narodowe Instytuty Zdrowia (NIH), USA

Materiały: linia komórkowa CHM13

Strategia i dane sekwencjonowania:

30× koliste sekwencjonowanie konsensusowe PacBio (HiFi), 120× ultradługie sekwencjonowanie Oxford Nanopore, 100× sekwencjonowanie Illumina PCR-Free (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), mapy optyczne BioNano, i Strand-seq

Tabela 2 Porównanie zespołów ludzkiego genomu GRCh38 i T2T-CHM13

Tabela porównawcza zespołów genomu Musa-acuminata-DH-Pahang

Odniesienie

1.Sergey Nurk i in.Pełna sekwencja ludzkiego genomu.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2.Caroline Belser i in.Chromosomy banana bez przerw między telomerami a telomerami przy użyciu sekwencjonowania nanoporów.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere i in.Składanie genomu z telomeru na telomer Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4.Jia-Ming Song i in.Montaż i walidacja dwóch pozbawionych przerw genomów referencyjnych dla ryżu Xian/indica ujawnia wgląd w architekturę centromerów roślinnych.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


Czas publikacji: 06 stycznia 2022 r

Wyślij do nas wiadomość: