EWOLUCJA GENOMEMU
Porównawcze analizy genomu podkreślają ekspansję genomu za pośrednictwem transpozonów i ewolucyjną architekturę trójwymiarowego fałdowania genomu bawełny
Sekwencjonowanie nanoporów |Hi-C |Sekwencjonowanie PacBio |Ilumina |Sekwencjonowanie RNA |Architektura genomu 3D |Transpozon |Genomika porównawcza
W tym badaniu firma Biomarker Technologies zapewniła wsparcie techniczne w zakresie sekwencjonowania Nanopore, Hi-C i odpowiedniej analizy bioinformatycznej.
Abstrakcyjny
Amplifikację elementów transpozycyjnych (TE) uznano za siłę napędową pośredniczącą w ekspansji i ewolucji wielkości genomu, ale konsekwencje dla kształtowania trójwymiarowej architektury genomowej w przypadku roślin pozostają w dużej mierze nieznane.Tutaj przedstawiamy referencyjne zespoły genomu dla trzech gatunków bawełny o trzykrotnej wielkości genomu, a mianowicieGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2) iG. raimondii(D5), przy użyciu technologii Oxford Nanopore.Porównawcze analizy genomu dokumentują szczegóły specyficznej dla linii amplifikacji TE, przyczyniając się do dużych różnic w wielkości genomu (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb) i wskazują stosunkowo konserwatywną zawartość genów i powiązania synteny między genomami.Odkryliśmy, że około 17% genów syntenicznych wykazuje zmianę statusu chromatyny pomiędzy przedziałami aktywnymi („A”) i nieaktywnymi („B”), a amplifikacja TE była związana ze wzrostem proporcji przedziału A w regionach genów (~ 7000 genów ) w K2 i A2 względem D5.Tylko 42% granic domen topologicznie asocjacyjnych (TAD) zostało zachowanych pomiędzy trzema genomami.Nasze dane sugerują niedawną amplifikację TE po utworzeniu granic TAD specyficznych dla linii.Badanie to rzuca światło na rolę ekspansji genomu za pośrednictwem transpozonów w ewolucji struktury chromatyny wyższego rzędu u roślin.
Kluczowe statystyki składania genomu
Postać.Składanie genomu i opis cech G. rotundifolium (K2)
Wiadomości i najważniejsze informacje ma na celu podzielenie się najnowszymi pomyślnymi przypadkami z firmą Biomarker Technologies, uchwycenie nowatorskich osiągnięć naukowych, a także wybitnych technik zastosowanych podczas badania.
Czas publikacji: 05 stycznia 2022 r