GENOM
Składanie i analiza w skali chromosomów genomu Miscanthus lutarioriparius uprawy biomasy
Sekwencjonowanie nanoporów |Ilumina |Hi-C |Sekwencjonowanie RNA |Filogeneza
W tym badaniu firma Biomarker Technologies zapewniła wsparcie techniczne w zakresie sekwencjonowania nanoporów, składania genomu de novo, składania wspomaganego Hi-C itp.
Abstrakcyjny
Miskant, kłączowa roślina wieloletnia, ma ogromny potencjał w zakresie produkcji bioenergii ze względu na wysoką biomasę i tolerancję na stres.Zgłaszamy montaż w skali chromosomowejMiskant lutarioripariusgenomu poprzez połączenie sekwencjonowania Oxford Nanopore i technologii Hi-C.Zespół 2,07 Gb obejmuje 96,64% genomu, z kontigiem N50 o wielkości 1,71 Mb.Sekwencje centromeru i telomera są składane odpowiednio dla wszystkich 19 chromosomów i chromosomu 10.Allotetraploidalne pochodzenie M. lutarioriparius potwierdza się za pomocą centromerowych powtórzeń satelitarnych.Wyraźnie ukazano tetraploidalną strukturę genomu i kilka rearanżacji chromosomów w stosunku do sorgo.Tandemowe duplikaty genówM. lutarioripariussą wzbogacone funkcjonalnie nie tylko pod względem reakcji na stres, ale także biosyntezy ściany komórkowej.Rodziny genów związane z odpornością na choroby, biosyntezą ścian komórkowych i transportem jonów metali uległy znacznemu rozszerzeniu i ewolucji.Ekspansja tych rodzin może stanowić ważną podstawę genomiczną dla wzmocnienia niezwykłych cechM. lutarioriparius.
Kluczowe statystyki składania genomu
Postać.Przegląd zespołu genomu M. lutarioriparius
Wiadomości i najważniejsze informacje ma na celu podzielenie się najnowszymi pomyślnymi przypadkami z firmą Biomarker Technologies, uchwycenie nowatorskich osiągnięć naukowych, a także wybitnych technik zastosowanych podczas badania.
Czas publikacji: 05 stycznia 2022 r