Wysokowydajne genotypowanie, szczególnie w przypadku populacji na dużą skalę, jest podstawowym krokiem w badaniach asocjacji genetycznych, który zapewnia podstawę genetyczną do odkrywania genów funkcjonalnych, analizy ewolucyjnej itp. Zamiast głębokiego ponownego sekwencjonowania całego genomu, sekwencjonowanie genomu o ograniczonej reprezentacji (RRGS ) wprowadzono, aby zminimalizować koszt sekwencjonowania na próbkę, przy jednoczesnym zachowaniu rozsądnej wydajności w odkrywaniu markerów genetycznych.Zwykle osiąga się to poprzez wyodrębnienie fragmentu restrykcyjnego w danym zakresie wielkości, co nazywa się biblioteką zredukowanej reprezentacji (RRL).Sekwencjonowanie fragmentów amplifikowanych w specyficznym locus (SLAF-Seq) to samodzielnie opracowana strategia odkrywania SNP de novo i genotypowania SNP dużych populacji.
Techniczny przebieg pracy
SLAF a istniejące metody RRL
Zalety SLAFA
Wyższa skuteczność odkrywania markerów genetycznych– W połączeniu z technologią sekwencjonowania o wysokiej przepustowości, w ramach projektu SLAF-Seq można uzyskać setki tysięcy znaczników odkrytych w całym genomie, aby spełnić wymagania różnorodnych projektów badawczych, zarówno z genomem referencyjnym, jak i bez niego.
Indywidualny i elastyczny projekt eksperymentalny– Dla różnych celów badawczych lub gatunków dostępne są różne strategie trawienia enzymatycznego, w tym trawienie jednoenzymatyczne, dwuenzymatyczne i wieloenzymatyczne.Strategia trawienia zostanie wstępnie oceniona in silico, aby zapewnić optymalny projekt enzymu.
Wysoka wydajność w trawieniu enzymatycznym– Wstępnie zaprojektowane trawienie enzymatyczne zapewnia bardziej równomiernie rozmieszczone SLAF na chromosomie.Efektywność zbierania fragmentów może osiągnąć ponad 95%.
Unikaj powtarzających się sekwencji– Procent sekwencji powtarzalnych w danych SLAF-Seq jest zmniejszony do poziomu poniżej 5%, szczególnie w przypadku gatunków o wysokim poziomie elementów powtarzalnych, takich jak pszenica, kukurydza itp.
Opracowany samodzielnie bioinformatyczny przepływ pracy– BMK opracowało zintegrowany bioinformatyczny przepływ pracy mający zastosowanie do technologii SLAF-Seq, aby zapewnić niezawodność i dokładność wyników końcowych.
Zastosowanie SLAF-u
Mapa powiązań genetycznych
Konstrukcja mapy genetycznej o dużej gęstości i identyfikacja loci kontrolujących cechy typu kwiatowego chryzantemy (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Czasopismo: Horticulture Research Data publikacji: 2020.7
GWAS
Identyfikacja genu-kandydata powiązanego z zawartością izofawonu w nasionach soi za pomocą mapowania asocjacji i powiązań obejmującego cały genom
Czasopismo: the Plant Journal. Opublikowano: 2020.08
Genetyka ewolucyjna
Analiza genomu populacji i montaż de novo ujawniają pochodzenie ryżu zachwaszczonego jako gry ewolucyjnej
Czasopismo: Molecular Plant Publikacja: 2019.5
Zbiorcza analiza segregacji (BSA)
GmST1, który koduje sulfotransferazę, nadaje oporność na szczepy wirusa mozaiki soi G2 i G3
Czasopismo: Plant, Cell&Environment Opublikowano: 2021.04
Odniesienie
Sun X, Liu D, Zhang X i in.SLAF-Seq: wydajna metoda odkrywania i genotypowania SNP na dużą skalę de novo przy użyciu wysokoprzepustowego sekwencjonowania [J].Plos jeden, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K i in.Konstrukcja mapy genetycznej o dużej gęstości i identyfikacja loci kontrolujących cechy typu kwiatowego chryzantemy (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X i in.Identyfikacja genu-kandydata powiązanego z zawartością izoflawonów w nasionach soi za pomocą mapowania asocjacji i powiązań obejmującego cały genom.Roślina J. 2020;104 ust. 4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L i in.Analiza genomu populacji i zgromadzenie De Novo ujawniają pochodzenie zachwaszczonego ryżu jako gry ewolucyjnej.Roślina Mol.2019;12(5):632-647.Roślina Mol.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z i in.GmST1, który koduje sulfotransferazę, nadaje oporność na szczepy wirusa mozaiki soi G2 i G3.Środowisko komórek roślinnych.2021;10.1111/szt.14066
Czas publikacji: 04 stycznia 2022 r