Sekwencjonowanie metagenomiczne – Nanopor
Zalety serwisu
● Wysokiej jakości montaż — zwiększający dokładność identyfikacji gatunków i przewidywania genów funkcjonalnych
● Zamknięta izolacja genomu bakteryjnego
● Bardziej wydajne i niezawodne zastosowanie w różnorodnych obszarach, np. wykrywanie mikroorganizmów chorobotwórczych lub genów związanych z opornością na antybiotyki
● Porównawcza analiza metagenomu
Specyfikacje usług
| Platforma | Sekwencjonowanie | Zalecane dane | Czas realizacji |
| Nanopor | ONT | 6G/10G | 65 dni roboczych |
Analizy bioinformatyczne
● Kontrola jakości surowych danych
● Składanie metagenomu
● Niezbędny zestaw genów i adnotacja
● Analiza różnorodności gatunkowej
● Analiza różnorodności funkcji genetycznych
● Analiza międzygrupowa
● Analiza asocjacyjna względem czynników eksperymentalnych
Przykładowe wymagania i dostawa
Przykładowe wymagania i dostawa
Przykładowe wymagania:
DlaEkstrakty DNA:
| Typ próbki | Kwota | Stężenie | Czystość |
| Ekstrakty DNA | 1-1,5 µg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Dla próbek środowiskowych:
| Typ próbki | Zalecana procedura pobierania próbek |
| Gleba | Ilość próbki: ok.5 g;Pozostałą zwiędłą substancję należy usunąć z powierzchni;Zmiel duże kawałki i przepuść przez filtr 2 mm;Próbki w sterylnej probówce EP lub cyrotubie do rezerwacji. |
| Kał | Ilość próbki: ok.5 g;Zbieraj i rozdzielaj próbki do sterylnej probówki EP lub krioprobówki w celu rezerwacji. |
| Treść jelitowa | Próbki należy przetwarzać w warunkach aseptycznych.Przemyć pobraną tkankę PBS;Odwirować PBS i zebrać osad do probówek EP. |
| Osad | Ilość próbki: ok.5 g;Zbierz i podziel na porcje próbkę osadu do sterylnej probówki EP lub krioprobówki w celu rezerwacji |
| Zbiornik wodny | W przypadku próbki zawierającej ograniczoną ilość drobnoustrojów, takiej jak woda z kranu, woda ze studni itp., zebrać co najmniej 1 l wody i przepuścić przez filtr 0,22 μm, aby wzbogacić mikroorganizmy na membranie.Przechowywać membranę w sterylnej probówce. |
| Skóra | Ostrożnie zeskrob powierzchnię skóry sterylnym wacikiem lub ostrzem chirurgicznym i umieść go w sterylnej probówce. |
Zalecana dostawa próbek
Zamrozić próbki w ciekłym azocie na 3-4 godziny i przechowywać w ciekłym azocie lub w -80 stopniach z rezerwacją długoterminową.Wymagana jest wysyłka próbek z suchym lodem.
Przebieg prac serwisowych
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
1. Mapa cieplna: grupowanie bogactwa gatunków
2. Geny funkcjonalne przypisane do szlaków metabolicznych KEGG
3.Sieć korelacji gatunkowej
4.Circos genów oporności na antybiotyki CARD
Sprawa BMK
Metagenomika nanoporów umożliwia szybką diagnostykę kliniczną bakteryjnych infekcji dolnych dróg oddechowych
Opublikowany:Biotechnologia Przyrody, 2019
Najważniejsze informacje techniczne
Sekwencjonowanie: Nanopore MinION
Metagenomika kliniczna, bioinformatyka: wyczerpywanie się DNA gospodarza, analiza WIMP i ARMA
Szybkie wykrywanie: 6 godzin
Wysoka czułość: 96,6%
Kluczowe wyniki
W 2006 roku infekcja dolnych dróg oddechowych (LR) spowodowała śmierć 3 milionów ludzi na całym świecie.Typową metodą wykrywania patogenu LR1 jest hodowla, która charakteryzuje się słabą czułością, długim czasem realizacji i brakiem wskazówek dotyczących wczesnej antybiotykoterapii.Szybka i dokładna diagnostyka drobnoustrojów była od dawna pilną potrzebą.Doktor Justin z Uniwersytetu Wschodniej Anglii i jego partnerzy z powodzeniem opracowali metodę metagenomiczną opartą na nanoporach do wykrywania patogenów.Zgodnie z ich przebiegiem pracy 99,99% DNA gospodarza może zostać wyczerpane.Wykrywanie patogenów i genów oporności na antybiotyki można zakończyć w ciągu 6 godzin.
Odniesienie
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A. i O'Grady, J.(2019).Metagenomika nanoporów umożliwia szybką diagnostykę kliniczną bakteryjnych infekcji dolnych dróg oddechowych.Biotechnologia Przyrody, 37(7), 1.
