-
Sekwencjonowanie genomu roślin/zwierząt de novo
De novosekwencjonowanie odnosi się do konstrukcji całego genomu gatunku przy użyciu technologii sekwencjonowania, np. PacBio, Nanopore, NGS itp., przy braku genomu referencyjnego.Niezwykła poprawa długości odczytu w technologiach sekwencjonowania trzeciej generacji przyniosła nowe możliwości składania złożonych genomów, takich jak te o wysokiej heterozygotyczności, wysokim stosunku regionów powtarzalnych, poliploidów itp. Dzięki długości odczytu na poziomie dziesiątek kilozasad te odczyty sekwencjonowania umożliwiają rozwiązywanie powtarzających się elementów, regionów z nieprawidłową zawartością GC i innych bardzo złożonych regionów.
Platforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Zespół genomu oparty na Hi-C
Hi-C to metoda zaprojektowana do wychwytywania konfiguracji chromosomów poprzez połączenie sondowania interakcji opartych na bliskości i wysokoprzepustowego sekwencjonowania.Uważa się, że intensywność tych interakcji jest ujemnie skorelowana z fizyczną odległością na chromosomach.Dlatego dane Hi-C mogą kierować grupowaniem, porządkowaniem i orientowaniem złożonych sekwencji w szkicu genomu oraz zakotwiczaniem ich w określonej liczbie chromosomów.Ta technologia umożliwia montaż genomu na poziomie chromosomu przy braku mapy genetycznej populacji.Każdy genom potrzebuje Hi-C.
Platforma: Illumina NovaSeq6000/DNBSEQ
-
Genetyka ewolucyjna
Genetyka ewolucyjna to kompleksowa usługa sekwencjonowania zaprojektowana w celu zapewnienia kompleksowej interpretacji informacji ewolucyjnych danych materiałów w oparciu o wariacje genetyczne, w tym SNP, InDels, SV i CNV.Zawiera wszystkie podstawowe analizy wymagane do opisu zmian ewolucyjnych i cech genetycznych populacji, takich jak struktura populacji, różnorodność genetyczna, relacje filogenetyczne itp. Zawiera również badania przepływu genów, które umożliwiają oszacowanie efektywnej wielkości populacji, czasu dywergencji.
-
Genomika porównawcza
Genomika porównawcza dosłownie oznacza porównywanie pełnych sekwencji genomu i struktur różnych gatunków.Ta dyscyplina ma na celu ujawnienie ewolucji gatunków, funkcji genów, mechanizmów regulacji genów na poziomie genomu poprzez identyfikację struktur sekwencji i elementów, które zachowały się lub różnicowały w różnych gatunkach.Typowe badanie genomiki porównawczej obejmuje analizy w rodzinie genów, rozwój ewolucyjny, duplikację całego genomu, presję selekcyjną itp.
-
Analiza zbiorcza Segregant
Bulked segregant analysis (BSA) to technika wykorzystywana do szybkiej identyfikacji markerów genetycznych związanych z fenotypem.Główny przepływ pracy BSA obejmuje wybieranie dwóch grup osób o skrajnie przeciwnych fenotypach, łączenie DNA wszystkich osób w celu utworzenia dwóch grup DNA, identyfikowanie sekwencji różnicowych między dwiema pulami.Technika ta jest szeroko stosowana w identyfikacji markerów genetycznych silnie powiązanych z docelowymi genami w genomach roślin/zwierząt.
