Analiza asocjacji całego genomu
1. Zalety usług
l Liczne przypadki projektów: od momentu założenia w 2009 r. BMKGENE zrealizowało setki projektów gatunkowych w ramach badań populacyjnych GWAS, pomogło naukowcom w opublikowaniu ponad 100 artykułów, a skumulowany współczynnik wpływu osiągnął 500.
● Profesjonalni analitycy.
● Krótki cykl analizy.
● Dokładna eksploracja danych.
2. Specyfikacje Usług
| Typ | Skala populacji | Strategia sekwencjonowania i głębokość |
| SLAF-GWAS | Numer próbki ≥200 | Rozmiar genomu < 400M, z genomem ref, zaleca się WGS |
| Rozmiar genomu ≤ 1G, 100 tys. znaczników i 10X | ||
| 1G ≤ Rozmiar genomu ≤ 2G, 200 tys. znaczników i 10X | ||
| Rozmiar genomu > 2G, 300 tys. znaczników i 10X | ||
| WGS-GWAS | Numer próbki ≥200 | 10X dla każdej próbki |
3. Wybór materiału
Różne odmiany, podgatunki, rasy lokalne/banki genów/rodziny mieszane/dzikie zasoby
Różne odmiany, podgatunki, rasy lądowe
Rodzina półrodzeństwa/rodzina pełnego rodzeństwa/dzikie zasoby
4. Analiza bioinformacyjna
● Analiza asocjacji obejmująca cały genom
● Analiza i selekcja znaczących SNP
● Adnotacja funkcjonalna genu-kandydata
5. Przebieg prac serwisowych
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Ekstrakcja RNA
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
A.Kontrola fenotypu
Histogram rozkładu częstotliwości
Statystyki fenotypowe
B.Analiza asocjacji (Model: GEMMA, FaST-LMM, EMMAX)
Działka QQ
Działka na Manhattanie
| Rok | Dziennik | IF | Tytuł |
| 2022 | NC | 17,69 | Podstawa genomu giga-chromosomów i giga-genomu piwonii drzewiastej Paeonia ostii |
| 2015 | NP | 7.43 | Ślady udomowienia zakotwiczają regiony genomowe o znaczeniu rolniczym w soi |
| 2018 | MP | 9.32 | Ponowne sekwencjonowanie całego genomu ogólnoświatowej kolekcji nasion rzepaku ujawnia genetyczne podstawy rozbieżności ich ekotypów |
| 2022 | HR | 7.29 | Analiza asocjacji obejmująca cały genom dostarcza molekularnego wglądu w naturalną zmienność wielkości nasion arbuza |
