Firma BMKGENE zapewniła usługi przestrzennego sekwencjonowania transkryptomu na potrzeby badania „STEEL umożliwia wysokiej rozdzielczości wyznaczanie czasoprzestrzennych danych transkryptomicznych”, które opublikowano w czasopiśmie Briefings in Bioinformatics.
W tym badaniu zaproponowano nienadzorowany i różnorodny algorytm oparty na uczeniu się, klastrowanie typu przestrzennego transkryptomu komórek (STEEL), które identyfikuje domeny z transkryptomu przestrzennego poprzez grupowanie perełek wykazujących zarówno bardzo podobne profile ekspresji genów, jak i bliską odległość przestrzenną w sposób przedstawiony na wykresach.
Kompleksowa ocena projektu STEEL na przestrzennych zbiorach danych transkryptomicznych z platformy 10X Visium pokazuje, że pozwala on nie tylko uzyskać wysoką rozdzielczość w celu scharakteryzowania drobnych struktur mózgu myszy, ale także umożliwia integrację wielu indywidualnie analizowanych preparatów tkankowych w jeden większy.
Wraz z rozwojem technologii transkryptomów przestrzennych nasza metoda będzie miała szerokie zastosowanie w identyfikacji domen i rekonstrukcji atlasów ekspresji genów.
KliknijTutajaby dowiedzieć się więcej o tym badaniu.
Czas publikacji: 20 października 2023 r