Zagłęb się w potencjał badania dzikiej różnorodności gatunków badawczych na przykładzie kluczowego przypadku klientów BMKGENE.Opublikowany niedawno w tegorocznym wydaniu Plant Biotechnology Journal artykuł zatytułowany „Genom dzikiej Hevea brasiliensis na poziomie chromosomu: wzmacnianie hodowli wspomaganej genomem i odkrywanie ważnych loci dla podwyższonej wydajności gumy” stanowi cenne odniesienie.
Brazylijskie drzewo kauczukowe (Hevea brasiliensis) jest głównym źródłem naturalnego kauczuku.W ciągu ostatniego stulecia tradycyjne metody hodowli spowodowały niezwykły sześciokrotny wzrost produkcji kauczuku.Jednak podłoże genetyczne odpowiedzialne za potencjalną poprawę plonów kauczuku pozostaje zagadkowe.
W ramach tego badania zaczęto konstruować genom dzikiego drzewa kauczukowego na poziomie chromosomów, wykorzystując synergię sekwencjonowania o długim odczycie Nanopore, sekwencjonowania Illumina NGS i technologii Hi-C.
Równolegle zgromadzono zbiór 147 zasobów plazmy zarodkowej, obejmujący wysokowydajne odmiany, dzikie szczepy i gatunki pokrewne, na potrzeby kompleksowego ponownego sekwencjonowania całego genomu (WGS) przy użyciu platformy Illumina.Uzyskane dane sekwencjonowania poddano rygorystycznej analizie genetyki populacji, umożliwiając analizę struktury populacji, różnorodności i nierównowagi powiązań.Analiza ta rzuciła światło na różnice w udomowieniu w populacjach.
Dalsze badania obejmowały analizę obejmującą Fst, π, D i LD Tajimy, mające na celu odkrycie sygnałów selekcyjnych wynikających ze zwiększonej wydajności lateksu, zwłaszcza skupiając się na klonach Wickhama.
Efektem końcowym była analiza asocjacji obejmująca cały genom (GWAS), wskazano markery powiązane z cechami plonu, a następnie genami związanymi z plonem.Wstępna walidacja ujawniła charakterystyczne aktywności transkrypcyjne w różnych mutantach dwóch genów ERF, zapewniając wstępny wgląd w ich znaczenie funkcjonalne.Dalsze potwierdzenie zaplanowano w ramach nadchodzących badań.
Projekt BMKGENE jest dumny z wkładu w szeroko zakrojone ponowne sekwencjonowanie całego genomu tej sporej populacji, a także odgrywa istotną rolę w analizie bioinformatycznej.Nasze rozległe doświadczenie obejmuje sekwencjonowanie NGS/TGS i multiomiczną analizę bioinformatyczną w obrębie ponad 1000 gatunków.Z niecierpliwością czekamy na perspektywę współpracy z Tobą przy nadchodzących projektach.
Kliknij tutaj abydowiedz się więcej o tym badaniu
Czas publikacji: 29 sierpnia 2023 r