● Duże doświadczenie: w BMK przetworzono ponad 200 000 próbek obejmujących różne typy próbek, w tym hodowle komórkowe, tkanki, płyny ustrojowe itp. oraz zamknięto ponad 7 000 projektów mRNA-Seq obejmujących różne obszary badawcze.
● Ścisły system kontroli jakości: Podstawowe punkty kontroli jakości na wszystkich etapach, w tym przygotowanie próbki, przygotowanie biblioteki, sekwencjonowanie i bioinformatyka, są ściśle monitorowane w celu zapewnienia wysokiej jakości wyników.
● Dostępnych jest wiele baz danych do opisywania funkcji i badań wzbogacania w celu spełnienia różnorodnych celów badawczych.
● Usługi posprzedażowe: Usługi posprzedażowe ważne przez 3 miesiące po zakończeniu projektu, obejmujące monitorowanie projektu, rozwiązywanie problemów, pytania i odpowiedzi dotyczące wyników itp.
Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane | Kontrola jakości |
Wzbogacony Poli A | Illumina PE150 | 6 GB | Q30≥85% |
Nukleotydy:
Stężenie (ng/μl) | Ilość (µg) | Czystość | Uczciwość |
≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | Dla roślin: RIN≥6,5; Dla zwierząt: RIN≥7,0; 5,0 ≥ 28 S/18 S ≥ 1,0; ograniczone lub żadne wzniesienie linii bazowej |
Tkanka: Waga (sucha):≥1 g
*W przypadku tkanki o masie mniejszej niż 5 mg zalecamy przesłanie próbki tkanki zamrożonej w ciekłym azocie.
Zawiesina komórkowa:Liczba komórek = 3×106- 1×107
*Zalecamy wysyłkę zamrożonego lizatu komórkowego.W przypadku, gdy liczba komórek jest mniejsza niż 5 × 105.
Próbki krwi:Objętość ≥1 ml
Mikroorganizm:Masa ≥ 1 g
Pojemnik: probówka wirówkowa o pojemności 2 ml (nie zaleca się stosowania folii aluminiowej)
Przykładowe oznakowanie: Grupa+replika, np. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Wysyłka:
Bioinformatyka
Eukariont Przebieg analizy sekwencjonowania mRNA
Bioinformatyka
ØKontrola jakości surowych danych
ØDopasowanie genomu odniesienia
ØAnaliza struktury transkrypcji
ØKwantyfikacja wyrażeń
ØAnaliza wyrażeń różniczkowych
ØAdnotacja funkcji i wzbogacanie
1.Krzywa nasycenia danych mRNA
2.Analiza wyrażeń różniczkowych – wykres wulkanu
3.Adnotacja KEGG na DEG
4.Klasyfikacja GO na DEG