Sekwencjonowanie DNA/RNA -PacBio Sequencer
Cechy
Dwa tryby sekwencjonowania w sekwencerze PacBio: Ciągły długi odczyt (CLR) i Circular Consensus Read (CCS)
| Tryb sekwencjonowania | Rozmiar biblioteki | Dane teoretyczneWydajność (na komórkę) | JednobazowyDokładność | Aplikacje |
| CLR | 20Kb, 30Kb itd. | 80 Gb do 130 Gb | Około.85% | Od nowa, wywołanie SV itp. |
| CCS | 15-20 Kb | 14 do 40 Gb/komórkę (Sequel II) 70 do 110 Gb/komórkę (Revio) Zależy od próbek | Około.99% | Od nowa, wywołanie SNP/Indel/SV, Iso-Seq, |
Porównanie wydajności i funkcji Revio i Sequel II
| Warunki | System sequela II | systemu Revio | Zwiększyć |
| Większa gęstość | 8 milionów ZMW | 25 milionów ZMW | 3x |
| Niezależne etapy | 1 | 4 | 4x |
| Krótszy czas pracy | 30 godzin | 24 godziny | 1,25x |
| 30X ludzkich genomów HiFi rocznie | 88 | 1300 | 1Ogólnie 5x |
Zalety serwisu
● Ponad 8 lat doświadczenia na platformie sekwencjonowania PacBio z tysiącami zamkniętych projektów z różnymi gatunkami.
● W pełni wyposażony w najnowsze platformy PacBio Sequencing, Revio gwarantujące wystarczającą przepustowość sekwencjonowania.
● Krótszy czas realizacji, większa wydajność danych i dokładniejsze dane.
● Przyczynił się do powstania setek wpływowych publikacji opartych na PacBio.
Przykładowe wymagania
| Typ próbki | Kwota | Stężenie （Qubit®） | Tom | Czystość | Inni |
| Genomowe DNA | Zależy od wymagań dotyczących danych | ≥50 ng/µl | ≥15µl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5; Wyraźny pik przy 260 nm，żadnych zanieczyszczeń | Stężenie należy mierzyć za pomocą Qubitu i Kubitu/Nanoporu = 0,8–2,5 |
| Całkowity RNA | ≥1,2 µg | ≥120 ng/μl | ≥15µl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5;żadnych zanieczyszczeń | Wartość RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Przepływ pracy w serwisie
przygotowanie próbki
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Dostawa projektu
1. Wewnętrzny pozysk danych
Dane wygenerowane z 63 komórek CCS (od 26 gatunków)
| DANE-PacBio-CCS-15 Kb | Przeciętny | Maks | Min | Mediana |
| Wydajność – pododczyty (Gb) | 421.12 | 544,27 | 221,38 | 426,58 |
| Yiled - CCS (Gb) | 25,93 | 38,59 | 10,86 | 25.43 |
| Polimeraza N50 | 145 651 | 175 430 | 118,118 | 144 689 |
| Podczyty N50 | 17509 | 23924 | 12 485 | 17584 |
| CCS N50 | 14 490 | 19034 | 9876 | 14747 |
| Średnia długość - polimeraza | 67 995 | 89 379 | 49664 | 66 433 |
| Średnia długość – Podczyty | 15866 | 21036 | 11657 | 16012 |
| Średnia długość-CCS | 14 489 | 19074 | 8575 | 14655 |
Dane wygenerowane z 16 komórek CLR (z 76 gatunków)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Przeciętny | Maks | Min | Mediana |
| Wydajność – pododczyty (Gb) | 142,20 | 291,40 | 50,55 | 142,49 |
| Polimeraza N50 | 39 456 | 121191 | 15 389 | 35231 |
| Podczyty N50 | 28 490 | 41012 | 14430 | 29063 |
| Średnia długość - polimeraza | 22063 | 48886 | 8747 | 21555 |
| Średnia długość – Podczyty | 17720 | 27225 | 8293 | 17779 |
2. Kontrola danych – wersja demonstracyjnaStatystyki dotyczące wydajności danych
| Próbka | ccs odczytuje liczbę | Całkowita liczba zasad CCS (bp) | ccs Odczytuje N50 (bp) | ccs Średnia długość (bp) | ccs Najdłuższy odczyt (bp) | podczyty Bazy (bp) | stawka CCS (%) |
| PB_BMKxxx | 3 444 159 | 54 164 122 586 | 15728 | 15726 | 36110 | 863 326 330 465 | 6.27 |
