Sekwencjonowanie circRNA-Illumina
Cechy
● Wyczerpanie rRNA, a następnie kierunkowe przygotowanie biblioteki, umożliwiające sekwencjonowanie danych specyficznych dla nici.
● Bioinformatyczny przepływ pracy umożliwia przewidywanie circRNA i ilościową ocenę ekspresji
Zalety serwisu
●Bardziej wszechstronne biblioteki RNA:w naszym przygotowaniu przedbibliotecznym stosujemy wyczerpywanie rRNA zamiast liniowego wyczerpywania RNA, zapewniając, że dane sekwencjonowania obejmują nie tylko circRNA, ale także mRNA i lncRNA, umożliwiając wspólną analizę tych zbiorów danych
●Opcjonalna analiza konkurencyjnych sieci endogennego RNA (ceRNA).: zapewnienie głębszego wglądu w komórkowe mechanizmy regulacyjne
●Rozległa wiedza specjalistyczna: z doświadczeniem w przetwarzaniu ponad 20 000 próbek w BMK, obejmującym różnorodne typy próbek i projekty lncRNA, nasz zespół wnosi bogate doświadczenie do każdego projektu.
●Rygorystyczna kontrola jakości: wdrażamy podstawowe punkty kontroli na wszystkich etapach, od przygotowania próbek i bibliotek po sekwencjonowanie i bioinformatykę.To skrupulatne monitorowanie zapewnia niezmiennie wysoką jakość wyników.
● Wsparcie posprzedażowe: Nasze zaangażowanie wykracza poza ukończenie projektu i obejmuje 3-miesięczny okres obsługi posprzedażnej.W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania związane z wynikami.
Przykładowe wymagania i dostawa
| Biblioteka | Platforma | Zalecane dane | Kontrola danych |
| Wzbogacony Poli A | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Przykładowe wymagania:
Nukleotydy:
| Stężenie (ng/μl) | Ilość (µg) | Czystość | Uczciwość |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | Dla roślin: RIN≥6,5; Dla zwierząt: RIN≥7,0; 5,0 ≥ 28 S/18 S ≥ 1,0; ograniczone lub żadne wzniesienie linii bazowej |
● Rośliny:
Korzeń, łodyga lub płatek: 450 mg
Liść lub nasiona: 300 mg
Owoce: 1,2 g
● Zwierzę:
Serce lub jelita: 450 mg
Wnętrzności lub mózg: 240 mg
Mięśnie: 600 mg
Kości, włosy lub skóra: 1,5 g
● Stawonogi:
Owady: 9g
Skorupiaki: 450 mg
● Krew pełna:2 rurki
● Komórki: 106 komórki
● Surowica i osocze: 6 ml
Zalecana dostawa próbek
Pojemnik: probówka wirówkowa o pojemności 2 ml (nie zaleca się stosowania folii aluminiowej)
Przykładowe oznakowanie: Grupa+replika, np. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Wysyłka:
1. Suchy lód: Próbki należy zapakować do worków i zakopać w suchym lodzie.
2. Probówki RNAstable: Próbki RNA można suszyć w probówkach do stabilizacji RNA (np. RNAstable®) i przesyłać w temperaturze pokojowej.
Przebieg prac serwisowych
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Ekstrakcja RNA
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Bioinformatyka
Przewidywanie circRNA: dystrybucja chromosomów
circRNA o różnej ekspresji – wykres wulkanu
circRNA o różnej ekspresji – grupowanie hierarchiczne
Funkcjonalne wzbogacenie genów gospodarza circRNA
Zapoznaj się z postępami badawczymi, jakie umożliwiły usługi sekwencjonowania circRNA firmy BMKGene, poprzez wyselekcjonowany zbiór publikacji.
Wang, X. i in.(2021) „CPSF4 reguluje tworzenie circRNA i wyciszanie genów za pośrednictwem mikroRNA w raku wątrobowokomórkowym”, Oncogene 2021 40:25, 40(25), s. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. i in.(2023) „Transkryptom reagujący na X oo ujawnia rolę kolistego RNA133 w oporności na choroby poprzez regulację ekspresji OsARAB w ryżu”, Phytopathology Research, 5(1), s. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/RYSUNKI/6.
Y, H. i in.(2023) „CPSF3 moduluje równowagę transkryptów kołowych i liniowych w raku wątrobowokomórkowym”.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. i in.(2023) „Kompleksowa ocena circRNA w kardiomiopatii marskości wątroby przed i po przeszczepieniu wątroby”, International Immunopharmacology, 114, s. 10-10.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
