10x Transkryptom przestrzenny Genomics Visium
Cechy
● Rozdzielczość: 100 µM
● Średnica plamki: 55 µM
● Liczba miejsc: 4992
● Obszar przechwytywania: 6,5 x 6,5 mm
● Każdy punkt z kodem kreskowym zawiera startery składające się z 4 sekcji:
- ogon poli(dT) do starterów mRNA i syntezy cDNA
- Unikalny identyfikator molekularny (UMI) korygujący błąd wzmocnienia
- Przestrzenny kod kreskowy
- Sekwencja wiązania startera sekwencjonującego częściowy odczyt 1
● Barwienie skrawków metodą H&E
Zalety
●Usługa w jednym miejscu: łączy wszystkie etapy oparte na doświadczeniu i umiejętnościach, w tym kriosekcje, barwienie, optymalizację tkanek, przestrzenne kodowanie kreskowe, przygotowanie bibliotek, sekwencjonowanie i bioinformatykę.
● Wysoko wykwalifikowany zespół techniczny: z doświadczeniem w ponad 250 typach tkanek i ponad 100 gatunkach, w tym ludziach, myszach, ssakach, rybach i roślinach.
●Aktualizacja całego projektu w czasie rzeczywistym: z pełną kontrolą postępu eksperymentu.
●Kompleksowa standardowa bioinformatyka:pakiet zawiera 29 analiz i ponad 100 wysokiej jakości danych liczbowych.
●Indywidualna analiza i wizualizacja danych: dostępne dla różnych zleceń badawczych.
●Opcjonalna analiza łączona z sekwencjonowaniem mRNA pojedynczych komórek
Dane techniczne
| Przykładowe wymagania | Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane | Kontrola jakości |
| Próbki kriogeniczne z osadzeniem OCT, próbki FFPE (Optymalna średnica: ok. 6x6x6 mm3) 3 bloki na próbkę | Biblioteka cDNA Visium 10X | Illumina PE150 | 50 tys. odczytów PE na punkt ( 60 GB ) | RIN>7 |
Aby uzyskać więcej informacji na temat wskazówek dotyczących przygotowywania próbek i przebiegu usług, skontaktuj się z: aEkspert BMKGENE
Przepływ pracy w serwisie
Na etapie przygotowania próbki przeprowadzana jest wstępna próba ekstrakcji masowego RNA, aby zapewnić uzyskanie wysokiej jakości RNA.Na etapie optymalizacji tkanki skrawki są barwione i wizualizowane, a warunki przepuszczalności dla uwalniania mRNA z tkanki są optymalizowane.Zoptymalizowany protokół jest następnie stosowany podczas konstruowania biblioteki, po czym następuje sekwencjonowanie i analiza danych.
Kompletny przepływ pracy obejmuje aktualizacje w czasie rzeczywistym i potwierdzenia od klientów w celu utrzymania responsywnej pętli informacji zwrotnej, zapewniającej płynną realizację projektu.
Zawiera następującą analizę:
Kontrola jakości danych:
o Dane wyjściowe i dystrybucja wyników jakości
o Wykrywanie genów na plamkę
o Pokrycie tkanki
Analiza próbki wewnętrznej:
o Bogactwo genów
o Grupowanie punktów, w tym analiza zredukowanych wymiarów
o Analiza ekspresji różnicowej pomiędzy klastrami: identyfikacja genów markerowych
o Adnotacja funkcjonalna i wzbogacanie genów markerowych
Analiza międzygrupowa
o Ponowne połączenie plamek z obu próbek (np. chorych i kontrolnych) i ponowne skupienie
o Identyfikacja genów markerowych dla każdego klastra
o Adnotacja funkcjonalna i wzbogacanie genów markerowych
o Wyrażenie różniczkowe tego samego klastra pomiędzy grupami
Analiza próbki wewnętrznej
Grupowanie punktowe
Identyfikacja i rozkład przestrzenny genów markerowych
Analiza międzygrupowa
Kombinacja danych z obu grup i ponownego skupienia
Geny markerowe nowych klastrów
Zapoznaj się z postępami, jakie zapewnia usługa transkryptomiki przestrzennej BMKGene firmy 10X Visium. W tych wyróżnionych publikacjach:
Chen, D. i in.(2023) „mthl1, potencjalny homolog GPCR adhezji ssaków Drosophila, bierze udział w reakcjach przeciwnowotworowych na wstrzyknięte komórki onkogenne u much”, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), s.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. i in.(2023) „STEEL umożliwia wysokiej rozdzielczości wyznaczanie czasoprzestrzennych danych transkryptomicznych”, Briefings in Bioinformatics, 24(2), s. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. i in.(2022) „Atlas czasoprzestrzenny organogenezy w rozwoju kwiatów orchidei”, Nucleic Acids Research, 50(17), s. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. i in.(2023) „Integracja transkryptomiki przestrzennej i sekwencjonowania RNA pojedynczego jądra ujawnia potencjalne strategie terapeutyczne dla mięśniaka gładkiego macicy”, International Journal of Biological Sciences, 19(8), s. 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
