ਪਲਾਂਟ/ਐਨੀਮਲ ਡੀ ਨੋਵੋ ਜੀਨੋਮ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ
ਸੇਵਾ ਦੇ ਫਾਇਦੇ
ਵਿੱਚ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਪਲੇਟਫਾਰਮਾਂ ਅਤੇ ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਦਾ ਵਿਕਾਸde novoਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ
(ਅਮਰਸਿੰਘੇ SL et al.,ਜੀਨੋਮ ਜੀਵ ਵਿਗਿਆਨ, 2020)
● ਦਿਲਚਸਪੀ ਵਾਲੀਆਂ ਨਸਲਾਂ ਲਈ ਨਵੇਂ ਜੀਨੋਮ ਬਣਾਉਣਾ ਅਤੇ ਮੌਜੂਦਾ ਹਵਾਲਾ ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ ਬਿਹਤਰ ਬਣਾਉਣਾ।
● ਅਸੈਂਬਲੀ ਵਿੱਚ ਉੱਚ ਸ਼ੁੱਧਤਾ, ਨਿਰੰਤਰਤਾ ਅਤੇ ਸੰਪੂਰਨਤਾ
● ਕ੍ਰਮ ਪੌਲੀਮੋਰਫਿਜ਼ਮ, QTLs, ਜੀਨ ਸੰਪਾਦਨ, ਪ੍ਰਜਨਨ, ਆਦਿ ਵਿੱਚ ਖੋਜ ਲਈ ਬੁਨਿਆਦੀ ਸਰੋਤ ਦਾ ਨਿਰਮਾਣ ਕਰਨਾ।
● ਤੀਜੀ-ਪੀੜ੍ਹੀ ਦੇ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਪਲੇਟਫਾਰਮਾਂ ਦੇ ਪੂਰੇ ਸਪੈਕਟ੍ਰਮ ਨਾਲ ਲੈਸ: ਇੱਕ-ਸਟਾਪ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਹੱਲ
● ਵੱਖ-ਵੱਖ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਵਾਲੇ ਵਿਭਿੰਨ ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ ਪੂਰਾ ਕਰਨ ਲਈ ਲਚਕਦਾਰ ਕ੍ਰਮ ਅਤੇ ਅਸੈਂਬਲਿੰਗ ਰਣਨੀਤੀਆਂ
● ਪੌਲੀਪਲੋਇਡਜ਼, ਵਿਸ਼ਾਲ ਜੀਨੋਮ ਆਦਿ ਸਮੇਤ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀਆਂ ਵਿੱਚ ਵਧੀਆ ਤਜ਼ਰਬੇ ਵਾਲੀ ਉੱਚ ਕੁਸ਼ਲ ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਸ਼ੀਅਨ ਟੀਮ।
● 900 ਤੋਂ ਵੱਧ ਦੇ ਸੰਚਤ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ ਪ੍ਰਭਾਵ ਕਾਰਕ ਦੇ ਨਾਲ 100 ਤੋਂ ਵੱਧ ਸਫਲ ਕੇਸ
● ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮ-ਪੱਧਰ ਦੇ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਲਈ 3 ਮਹੀਨਿਆਂ ਦੀ ਤੇਜ਼ੀ ਨਾਲ ਵਾਰੀ-ਵਾਰੀ ਸਮਾਂ।
● ਪ੍ਰਯੋਗਾਤਮਕ ਪੱਖ ਅਤੇ ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਦੋਵਾਂ ਵਿੱਚ ਪੇਟੈਂਟਸ ਅਤੇ ਸੌਫਟਵੇਅਰ ਕਾਪੀਰਾਈਟਸ ਦੀ ਇੱਕ ਲੜੀ ਦੇ ਨਾਲ ਠੋਸ ਤਕਨੀਕੀ ਸਹਾਇਤਾ।
ਸੇਵਾ ਨਿਰਧਾਰਨ
|
ਸਮੱਗਰੀ
|
ਪਲੇਟਫਾਰਮ
|
ਲੰਬਾਈ ਪੜ੍ਹੋ
|
ਕਵਰੇਜ
|
| ਜੀਨੋਮ ਸਰਵੇਖਣ
| ਇਲੂਮਿਨਾ ਨੋਵਾਸੇਕ
| PE150
| ≥ 50X
|
| ਜੀਨੋਮ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi ਰੀਡਸ
| ≥ 30X
|
| ਹਾਈ-ਸੀ
| ਇਲੂਮਿਨਾ ਨੋਵਾਸੇਕ
| PE150
| ≥100X
|
ਕੰਮ ਦਾ ਪ੍ਰਵਾਹ
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ ਅਤੇ ਡਿਲਿਵਰੀ
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ:
| ਸਪੀਸੀਜ਼ | ਟਿਸ਼ੂ | PacBio ਲਈ | ਨੈਨੋਪੋਰ ਲਈ |
| ਜਾਨਵਰ | ਵਿਸਰਲ ਅੰਗ (ਜਿਗਰ, ਤਿੱਲੀ, ਆਦਿ) | ≥ 1.0 ਗ੍ਰਾਮ | ≥ 3.5 ਗ੍ਰਾਮ |
| ਮਾਸਪੇਸ਼ੀ | ≥ 1.5 ਗ੍ਰਾਮ | ≥ 5.0 ਗ੍ਰਾਮ | |
| ਥਣਧਾਰੀ ਜੀਵਾਂ ਦਾ ਖੂਨ | ≥ 1.5 ਮਿ.ਲੀ | ≥ 5.0 ਮਿ.ਲੀ | |
| ਮੱਛੀਆਂ ਜਾਂ ਪੰਛੀਆਂ ਦਾ ਲਹੂ | ≥ 0.2 ਮਿ.ਲੀ | ≥ 0.5 ਮਿ.ਲੀ | |
| ਪੌਦੇ | ਤਾਜ਼ੇ ਪੱਤੇ | ≥ 1.5 ਗ੍ਰਾਮ | ≥ 5.0 ਗ੍ਰਾਮ |
| ਪੇਟਲ ਜਾਂ ਸਟੈਮ | ≥ 3.5 ਗ੍ਰਾਮ | ≥ 10.0 ਗ੍ਰਾਮ | |
| ਜੜ੍ਹਾਂ ਜਾਂ ਬੀਜ | ≥ 7.0 ਗ੍ਰਾਮ | ≥ 20.0 ਗ੍ਰਾਮ | |
| ਸੈੱਲ | ਸੈੱਲ ਸਭਿਆਚਾਰ | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
ਸਿਫਾਰਸ਼ੀ ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਕੰਟੇਨਰ: 2 ਮਿਲੀਲੀਟਰ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਟਿਊਬ (ਟਿਨ ਫੁਆਇਲ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਨਹੀਂ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ)
ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ ਨਮੂਨਿਆਂ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਈਥਾਨੌਲ ਵਿੱਚ ਸੁਰੱਖਿਅਤ ਨਾ ਰੱਖਣ ਦੀ ਸਿਫ਼ਾਰਿਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ।
ਨਮੂਨਾ ਲੇਬਲਿੰਗ: ਨਮੂਨੇ ਨੂੰ ਸਪਸ਼ਟ ਤੌਰ 'ਤੇ ਲੇਬਲ ਕੀਤਾ ਜਾਣਾ ਚਾਹੀਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਨਮੂਨਾ ਜਾਣਕਾਰੀ ਫਾਰਮ ਜਮ੍ਹਾਂ ਕਰਾਉਣ ਲਈ ਸਮਾਨ ਹੋਣਾ ਚਾਹੀਦਾ ਹੈ।
ਸ਼ਿਪਮੈਂਟ: ਡਰਾਈ-ਬਰਫ਼: ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਪਹਿਲਾਂ ਬੈਗਾਂ ਵਿੱਚ ਪੈਕ ਕਰਨ ਅਤੇ ਸੁੱਕੀ ਬਰਫ਼ ਵਿੱਚ ਦਫ਼ਨਾਉਣ ਦੀ ਲੋੜ ਹੁੰਦੀ ਹੈ।
ਸੇਵਾ ਕਾਰਜ ਪ੍ਰਵਾਹ
ਪ੍ਰਯੋਗ ਡਿਜ਼ਾਈਨ
ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਡੀਐਨਏ ਕੱਢਣ
ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਉਸਾਰੀ
ਕ੍ਰਮਬੱਧ
ਡਾਟਾ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਦੀਆਂ ਸੇਵਾਵਾਂ
*ਇੱਥੇ ਦਿਖਾਏ ਗਏ ਡੈਮੋ ਨਤੀਜੇ ਸਾਰੇ ਬਾਇਓਮਾਰਕਰ ਟੈਕਨੋਲੋਜੀਜ਼ ਨਾਲ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ ਜੀਨੋਮ ਤੋਂ ਹਨ
ਦੇ ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮ-ਪੱਧਰ ਦੇ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ 'ਤੇ 1.CircosG. ਰੋਟੁੰਡੀਫੋਲੀਅਮਨੈਨੋਪੋਰ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਪਲੇਟਫਾਰਮ ਦੁਆਰਾ
ਵੈਂਗ ਐਮ ਐਟ ਅਲ.,ਅਣੂ ਜੀਵ ਵਿਗਿਆਨ ਅਤੇ ਵਿਕਾਸ, 2021
2. ਵੇਨਿੰਗ ਰਾਈ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਅਤੇ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਦੇ ਅੰਕੜੇ
ਲੀ ਜੀ ਐਟ ਅਲ.,ਕੁਦਰਤ ਜੈਨੇਟਿਕਸ, 2021
ਦੀ 3.ਜੀਨ ਦੀ ਭਵਿੱਖਬਾਣੀਸੇਚਿਅਮ ਐਡਿਊਲਜੀਨੋਮ, ਤਿੰਨ ਭਵਿੱਖਬਾਣੀ ਵਿਧੀਆਂ ਤੋਂ ਲਿਆ ਗਿਆ ਹੈ:ਡੀ ਨੋਵੋਪੂਰਵ-ਅਨੁਮਾਨ, ਸਮਰੂਪ-ਆਧਾਰਿਤ ਪੂਰਵ-ਅਨੁਮਾਨ ਅਤੇ RNA-Seq ਡਾਟਾ ਅਧਾਰਤ ਭਵਿੱਖਬਾਣੀ
ਫੂ ਏ ਏਟ ਅਲ.,ਬਾਗਬਾਨੀ ਖੋਜ, 2021
4. ਤਿੰਨ ਕਪਾਹ ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ ਬਰਕਰਾਰ ਲੰਬੇ ਟਰਮੀਨਲ ਦੁਹਰਾਉਣ ਦੀ ਪਛਾਣ
ਵੈਂਗ ਐਮ ਐਟ ਅਲ.,ਅਣੂ ਜੀਵ ਵਿਗਿਆਨ ਅਤੇ ਵਿਕਾਸ, 2021
ਦੇ 5.Hi-C ਗਰਮੀ ਦਾ ਨਕਸ਼ਾC. ਐਕੂਮੀਨਾਟਾਜੀਨੋਮ-ਵਿਆਪਕ ਸਾਰੇ-ਦਰ-ਸਾਰੇ ਪਰਸਪਰ ਕ੍ਰਿਆਵਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਜੀਨੋਮ।ਹਾਈ-ਸੀ ਪਰਸਪਰ ਕ੍ਰਿਆਵਾਂ ਦੀ ਤੀਬਰਤਾ ਕੰਟਿਗਸ ਵਿਚਕਾਰ ਰੇਖਿਕ ਦੂਰੀ ਦੇ ਅਨੁਪਾਤੀ ਹੈ।ਇਸ ਗਰਮੀ ਦੇ ਨਕਸ਼ੇ 'ਤੇ ਇੱਕ ਸਾਫ਼ ਸਿੱਧੀ ਲਾਈਨ ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮਜ਼ 'ਤੇ ਕੰਟਿਗਸ ਦੀ ਇੱਕ ਬਹੁਤ ਹੀ ਸਹੀ ਐਂਕਰਿੰਗ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ।(ਕੰਟੀਗ ਐਂਕਰਿੰਗ ਅਨੁਪਾਤ: 96.03%)
ਕਾਂਗ ਐਮ ਐਟ ਅਲ.,ਕੁਦਰਤ ਸੰਚਾਰ,2021
BMK ਕੇਸ
ਇੱਕ ਉੱਚ-ਗੁਣਵੱਤਾ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਰਾਈ ਜੀਨੋਮਿਕ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਅਤੇ ਖੇਤੀ ਵਿਗਿਆਨਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਉਜਾਗਰ ਕਰਦੀ ਹੈ
ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ: ਕੁਦਰਤ ਜੈਨੇਟਿਕਸ, 2021
ਲੜੀਬੱਧ ਰਣਨੀਤੀ:
ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ: 20 kb ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੇ ਨਾਲ PacBio CLR ਮੋਡ (497 Gb, ਲਗਭਗ 63×)
ਕ੍ਰਮ ਸੁਧਾਰ: Illumina ਪਲੇਟਫਾਰਮ 'ਤੇ 270 bp DNA ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ (430 Gb, ਲਗਭਗ 54×) ਦੇ ਨਾਲ NGS
ਕੋਂਟੀਗਸ ਐਂਕਰਿੰਗ: ਇਲੂਮਿਨਾ ਪਲੇਟਫਾਰਮ 'ਤੇ ਹਾਈ-ਸੀ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ (560 ਜੀ.ਬੀ., ਲਗਭਗ 71×)
ਆਪਟੀਕਲ ਨਕਸ਼ਾ: (779.55 Gb, ਲਗਭਗ 99×) Bionano Irys 'ਤੇ
ਮੁੱਖ ਨਤੀਜੇ
1. ਵੇਨਿੰਗ ਰਾਈ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਇੱਕ ਅਸੈਂਬਲੀ 7.74 Gb (ਪ੍ਰਵਾਹ ਸਾਇਟੋਮੈਟਰੀ ਦੁਆਰਾ ਅਨੁਮਾਨਿਤ ਜੀਨੋਮ ਆਕਾਰ ਦਾ 98.74%) ਦੇ ਕੁੱਲ ਜੀਨੋਮ ਆਕਾਰ ਦੇ ਨਾਲ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।ਇਸ ਅਸੈਂਬਲੀ ਦੇ ਸਕੈਫੋਲਡ N50 ਨੇ 1.04 ਜੀ.ਬੀ.93.67% ਕੰਟਿਗਸ ਸਫਲਤਾਪੂਰਵਕ 7 ਸੂਡੋ-ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮਸ 'ਤੇ ਐਂਕਰ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ।ਇਸ ਅਸੈਂਬਲੀ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ ਲਿੰਕੇਜ ਮੈਪ, LAI ਅਤੇ BUSCO ਦੁਆਰਾ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਜਿਸਦੇ ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਸਾਰੇ ਮੁਲਾਂਕਣਾਂ ਵਿੱਚ ਉੱਚ ਸਕੋਰ ਆਏ ਸਨ।
2. ਤੁਲਨਾਤਮਕ ਜੀਨੋਮਿਕਸ 'ਤੇ ਹੋਰ ਅਧਿਐਨ, ਜੈਨੇਟਿਕ ਲਿੰਕੇਜ ਮੈਪ, ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੌਮਿਕਸ ਅਧਿਐਨ ਇਸ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਅਧਾਰ 'ਤੇ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ।ਜੀਨੋਮ-ਵਿਆਪਕ ਜੀਨ ਡੁਪਲੀਕੇਸ਼ਨ ਅਤੇ ਸਟਾਰਚ ਬਾਇਓਸਿੰਥੇਸਿਸ ਜੀਨਾਂ 'ਤੇ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੇ ਪ੍ਰਭਾਵ ਸਮੇਤ ਗੁਣਾਂ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਜੀਨੋਮਿਕ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਦੀ ਇੱਕ ਲੜੀ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ;ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਪ੍ਰੋਲਾਮਿਨ ਲੋਕੀ ਦਾ ਭੌਤਿਕ ਸੰਗਠਨ, ਜੀਨ ਐਕਸਪ੍ਰੈਸ਼ਨ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਜੋ ਕਿ ਸ਼ੁਰੂਆਤੀ ਸਿਰਲੇਖ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਅਤੇ ਪੁਟੇਟਿਵ ਘਰੇਲੂ-ਸਬੰਧਤ ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮਲ ਖੇਤਰ ਅਤੇ ਰਾਈ ਵਿੱਚ ਲੋਕੀ ਹਨ।
 ਵੇਨਿੰਗ ਰਾਈ ਜੀਨੋਮ ਦੀਆਂ ਜੀਨੋਮਿਕ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ 'ਤੇ ਸਰਕੋਸ ਡਾਇਗ੍ਰਾਮ |  ਰਾਈ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਅਤੇ ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮ ਸਿੰਟੇਨੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ |
ਲੀ, ਜੀ., ਵੈਂਗ, ਐਲ., ਯਾਂਗ, ਜੇ.ਅਤੇ ਬਾਕੀ.ਇੱਕ ਉੱਚ-ਗੁਣਵੱਤਾ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਰਾਈ ਜੀਨੋਮਿਕ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਅਤੇ ਖੇਤੀ ਵਿਗਿਆਨਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਉਜਾਗਰ ਕਰਦੀ ਹੈ।ਨੈਟ ਜੈਨੇਟ 53,574–584 (2021)।
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
