ਗੈਰ-ਸੰਦਰਭ ਆਧਾਰਿਤ mRNA ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ-ਇਲੁਮਿਨਾ
ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ
● ਕਿਸੇ ਵੀ ਸੰਦਰਭ ਜੀਨੋਮ ਤੋਂ ਸੁਤੰਤਰ,
● ਡੇਟਾ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਾਂ ਦੀ ਬਣਤਰ ਅਤੇ ਸਮੀਕਰਨ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਨ ਲਈ ਕੀਤੀ ਜਾ ਸਕਦੀ ਹੈ
● ਵੇਰੀਏਬਲ ਕਲਿੱਪਿੰਗ ਸਾਈਟਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰੋ
ਸੇਵਾ ਦੇ ਫਾਇਦੇ
● BMKCloud-ਆਧਾਰਿਤ ਨਤੀਜਾ ਡਿਲੀਵਰੀ: ਨਤੀਜੇ BMKCloud ਪਲੇਟਫਾਰਮ ਰਾਹੀਂ ਡਾਟਾ ਫਾਈਲ ਅਤੇ ਇੰਟਰਐਕਟਿਵ ਰਿਪੋਰਟ ਦੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਡਿਲੀਵਰ ਕੀਤੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ, ਜੋ ਕਿ ਮਿਆਰੀ ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੇ ਅਧਾਰ 'ਤੇ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਆਉਟਪੁੱਟ ਅਤੇ ਅਨੁਕੂਲਿਤ ਡੇਟਾ ਮਾਈਨਿੰਗ ਨੂੰ ਉਪਭੋਗਤਾ-ਅਨੁਕੂਲ ਪੜ੍ਹਨ ਦੀ ਆਗਿਆ ਦਿੰਦਾ ਹੈ।
● ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਦੀਆਂ ਸੇਵਾਵਾਂ: ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਦੀਆਂ ਸੇਵਾਵਾਂ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਪੂਰਾ ਹੋਣ 'ਤੇ 3 ਮਹੀਨਿਆਂ ਲਈ ਵੈਧ ਹੁੰਦੀਆਂ ਹਨ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਫਾਲੋ-ਅਪ, ਟ੍ਰਬਲ-ਸ਼ੂਟਿੰਗ, ਨਤੀਜੇ ਸਵਾਲ ਅਤੇ ਜਵਾਬ ਆਦਿ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ।
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ ਅਤੇ ਡਿਲਿਵਰੀ
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ:
ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡਸ:
| Conc.(ng/μl) | ਮਾਤਰਾ (μg) | ਸ਼ੁੱਧਤਾ | ਇਮਾਨਦਾਰੀ |
| ≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ਜੈੱਲ 'ਤੇ ਦਿਖਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀਮਤ ਜਾਂ ਕੋਈ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਜਾਂ ਡੀਐਨਏ ਗੰਦਗੀ ਨਹੀਂ ਹੈ। | ਪੌਦਿਆਂ ਲਈ: RIN≥6.5; ਜਾਨਵਰਾਂ ਲਈ: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ਸੀਮਤ ਜਾਂ ਕੋਈ ਬੇਸਲਾਈਨ ਉਚਾਈ ਨਹੀਂ |
ਟਿਸ਼ੂ: ਭਾਰ (ਸੁੱਕਾ): ≥1 ਗ੍ਰਾਮ
*5 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ ਤੋਂ ਛੋਟੇ ਟਿਸ਼ੂ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਫਲੈਸ਼ ਫਰੋਜ਼ਨ (ਤਰਲ ਨਾਈਟ੍ਰੋਜਨ ਵਿੱਚ) ਟਿਸ਼ੂ ਨਮੂਨੇ ਭੇਜਣ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ।
ਸੈੱਲ ਮੁਅੱਤਲ: ਸੈੱਲ ਗਿਣਤੀ = 3×107
*ਅਸੀਂ ਜੰਮੇ ਹੋਏ ਸੈੱਲ ਲਾਈਸੇਟ ਨੂੰ ਭੇਜਣ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ।ਜੇਕਰ ਸੈੱਲ 5×10 ਤੋਂ ਘੱਟ ਗਿਣਦਾ ਹੈ5, ਤਰਲ ਨਾਈਟ੍ਰੋਜਨ ਵਿੱਚ ਫਲੈਸ਼ ਜੰਮਣ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ।
ਖੂਨ ਦੇ ਨਮੂਨੇ:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ਅਤੇ 2mL ਖੂਨ(TRIzol:Blood=3:1)
ਸਿਫਾਰਸ਼ੀ ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਕੰਟੇਨਰ:
2 ਮਿਲੀਲੀਟਰ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਟਿਊਬ (ਟਿਨ ਫੁਆਇਲ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਨਹੀਂ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ)
ਨਮੂਨਾ ਲੇਬਲਿੰਗ: ਸਮੂਹ + ਨਕਲ ਜਿਵੇਂ ਕਿ A1, A2, A3;B1, B2, B3...
ਸ਼ਿਪਮੈਂਟ:
1. ਡਰਾਈ-ਬਰਫ਼: ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਬੈਗਾਂ ਵਿੱਚ ਪੈਕ ਕਰਨ ਅਤੇ ਸੁੱਕੀ ਬਰਫ਼ ਵਿੱਚ ਦਫ਼ਨਾਉਣ ਦੀ ਲੋੜ ਹੁੰਦੀ ਹੈ।
2.RNAstable ਟਿਊਬ: RNA ਨਮੂਨੇ RNA ਸਥਿਰਤਾ ਟਿਊਬ (ਜਿਵੇਂ ਕਿ RNAstable®) ਵਿੱਚ ਸੁਕਾਏ ਜਾ ਸਕਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਕਮਰੇ ਦੇ ਤਾਪਮਾਨ ਵਿੱਚ ਭੇਜੇ ਜਾ ਸਕਦੇ ਹਨ।
ਸੇਵਾ ਕਾਰਜ ਪ੍ਰਵਾਹ
ਪ੍ਰਯੋਗ ਡਿਜ਼ਾਈਨ
ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਆਰਐਨਏ ਕੱਢਣ
ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਉਸਾਰੀ
ਕ੍ਰਮਬੱਧ
ਡਾਟਾ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਦੀਆਂ ਸੇਵਾਵਾਂ
ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ
1. mRNA(denovo) ਅਸੈਂਬਲੀ ਦਾ ਸਿਧਾਂਤ
ਟ੍ਰਿਨਿਟੀ ਦੁਆਰਾ, ਰੀਡਜ਼ ਨੂੰ ਛੋਟੇ ਟੁਕੜਿਆਂ ਵਿੱਚ ਵੰਡਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਜਿਸਨੂੰ ਕੇ-ਮੇਰ ਕਿਹਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ।ਇਹ K-mers ਫਿਰ ਬੀਜਾਂ ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਕਾਂਟੀਗ ਵਿੱਚ ਫੈਲਾਉਣ ਲਈ ਵਰਤੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਫਿਰ ਕੰਪੋਨੈਂਟ ਨੂੰ ਕੰਟਿਗ ਓਵਰਲੈਪਿੰਗਜ਼ 'ਤੇ ਅਧਾਰਤ ਕਰਦੇ ਹਨ।ਅੰਤ ਵਿੱਚ, ਡੀ ਬਰੂਜਨ ਨੂੰ ਇੱਥੇ ਭਾਗਾਂ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀਆਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਲਈ ਲਾਗੂ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।
mRNA (De novo) ਤ੍ਰਿਏਕ ਦੀ ਸੰਖੇਪ ਜਾਣਕਾਰੀ
2.mRNA (De novo) ਜੀਨ ਸਮੀਕਰਨ ਪੱਧਰ ਦੀ ਵੰਡ
RNA-Seq ਜੀਨ ਸਮੀਕਰਨ ਦਾ ਇੱਕ ਬਹੁਤ ਹੀ ਸੰਵੇਦਨਸ਼ੀਲ ਅਨੁਮਾਨ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰਨ ਦੇ ਯੋਗ ਹੈ।ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ, ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਸਮੀਕਰਨ FPKM ਦੀ ਖੋਜਣਯੋਗ ਰੇਂਜ 10^-2 ਤੋਂ 10^6 ਤੱਕ ਹੁੰਦੀ ਹੈ।
mRNA (De novo) ਹਰੇਕ ਨਮੂਨੇ ਵਿੱਚ FPKM ਘਣਤਾ ਦੀ ਵੰਡ
3.mRNA (De novo) GO DEGs ਦਾ ਐਨਰੀਚਮੈਂਟ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
GO (ਜੀਨ ਔਨਟੋਲੋਜੀ) ਡੇਟਾਬੇਸ ਇੱਕ ਢਾਂਚਾਗਤ ਜੀਵ-ਵਿਗਿਆਨਕ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਸਿਸਟਮ ਹੈ ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਜੀਨ ਅਤੇ ਜੀਨ ਉਤਪਾਦਾਂ ਦੇ ਫੰਕਸ਼ਨਾਂ ਦੀ ਇੱਕ ਮਿਆਰੀ ਸ਼ਬਦਾਵਲੀ ਹੁੰਦੀ ਹੈ।ਇਸ ਵਿੱਚ ਕਈ ਪੱਧਰ ਹੁੰਦੇ ਹਨ, ਜਿੱਥੇ ਪੱਧਰ ਜਿੰਨਾ ਘੱਟ ਹੁੰਦਾ ਹੈ, ਫੰਕਸ਼ਨ ਓਨੇ ਹੀ ਖਾਸ ਹੁੰਦੇ ਹਨ।
ਦੂਜੇ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਡੀਈਜੀ ਦਾ mRNA (De novo) GO ਵਰਗੀਕਰਨ
BMK ਕੇਸ
ਪਿਆਜ਼ ਵਿੱਚ ਬਲਬ ਦੀ ਸੋਜ ਅਤੇ ਵਿਕਾਸ ਦੇ ਦੌਰਾਨ ਸੁਕਰੋਜ਼ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਦਾ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ (ਐਲੀਅਮ ਸੇਪਾ ਐਲ.)
ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ: ਪੌਦਾ ਵਿਗਿਆਨ ਵਿੱਚ ਸਰਹੱਦਾਂ, 2016
ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਰਣਨੀਤੀ
Illumina HiSeq2500
ਨਮੂਨਾ ਸੰਗ੍ਰਹਿ
ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ ਯੂਟਾਹ ਯੈਲੋ ਸਵੀਟ ਸਪੇਨ ਕਲਟੀਵਰ "Y1351" ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।ਇਕੱਤਰ ਕੀਤੇ ਨਮੂਨਿਆਂ ਦੀ ਗਿਣਤੀ ਸੀ
ਬਲਬ (2-ਸੈ.ਮੀ. ਵਿਆਸ ਅਤੇ 3-4 ਗ੍ਰਾਮ ਵਜ਼ਨ), 30ਵੇਂ DAS (5-ਸੈ.ਮੀ. ਵਿਆਸ ਅਤੇ 100-110 ਗ੍ਰਾਮ ਵਜ਼ਨ), ਅਤੇ ∼3 40ਵੇਂ DAS (7-ਸੈ.ਮੀ. ਵਿਆਸ) ਦੇ ਸੋਜ (DAS) ਤੋਂ 15ਵੇਂ ਦਿਨ ਅਤੇ 260-300 ਗ੍ਰਾਮ)।
ਮੁੱਖ ਨਤੀਜੇ
1. ਵੇਨ ਡਾਇਗ੍ਰਾਮ ਵਿੱਚ, ਵਿਕਾਸ ਦੇ ਪੜਾਵਾਂ ਦੇ ਸਾਰੇ ਤਿੰਨ ਜੋੜਿਆਂ ਵਿੱਚ ਕੁੱਲ 146 ਡੀਈਜੀ ਖੋਜੇ ਗਏ ਸਨ।
2. "ਕਾਰਬੋਹਾਈਡਰੇਟ ਟਰਾਂਸਪੋਰਟ ਅਤੇ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ" ਨੂੰ ਸਿਰਫ 585 ਯੂਨੀਜੀਨਾਂ ਦੁਆਰਾ ਦਰਸਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ (ਭਾਵ, ਐਨੋਟੇਟਿਡ COG ਦਾ 7%)।
3. GO ਡੇਟਾਬੇਸ ਵਿੱਚ ਸਫਲਤਾਪੂਰਵਕ ਐਨੋਟੇਟ ਕੀਤੇ ਯੂਨੀਜੀਨਸ ਨੂੰ ਬਲਬ ਵਿਕਾਸ ਦੇ ਤਿੰਨ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਪੜਾਵਾਂ ਲਈ ਤਿੰਨ ਪ੍ਰਮੁੱਖ ਸ਼੍ਰੇਣੀਆਂ ਵਿੱਚ ਸ਼੍ਰੇਣੀਬੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।"ਜੀਵ-ਵਿਗਿਆਨਕ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ" ਮੁੱਖ ਸ਼੍ਰੇਣੀ ਵਿੱਚ ਸਭ ਤੋਂ ਵੱਧ ਪ੍ਰਸਤੁਤ "ਮੈਟਾਬੋਲਿਕ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ" ਸਨ, ਇਸਦੇ ਬਾਅਦ "ਸੈਲੂਲਰ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ"।"ਮੌਲੀਕਿਊਲਰ ਫੰਕਸ਼ਨ" ਦੀ ਮੁੱਖ ਸ਼੍ਰੇਣੀ ਵਿੱਚ ਦੋ ਸ਼੍ਰੇਣੀਆਂ ਸਭ ਤੋਂ ਵੱਧ ਪ੍ਰਸਤੁਤ ਕੀਤੀਆਂ ਗਈਆਂ ਸਨ "ਬਾਈਡਿੰਗ" ਅਤੇ "ਕੈਟਾਲੀਟਿਕ ਗਤੀਵਿਧੀ"।
 ਆਰਥੋਲੋਗਸ ਸਮੂਹਾਂ (COG) ਵਰਗੀਕਰਣ ਦੇ ਕਲੱਸਟਰਾਂ ਦਾ ਹਿਸਟੋਗ੍ਰਾਮ |  ਤਿੰਨ ਵਿਕਾਸ ਦੇ ਪੜਾਵਾਂ ਵਿੱਚ ਬਲਬਾਂ ਤੋਂ ਪ੍ਰਾਪਤ ਯੂਨੀਜੀਨਾਂ ਲਈ ਜੀਨ ਔਨਟੋਲੋਜੀ (GO) ਵਰਗੀਕਰਨ ਦਾ ਹਿਸਟੋਗ੍ਰਾਮ |
 ਪਿਆਜ਼ ਦੇ ਬੱਲਬ ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਦੇ ਕਿਸੇ ਵੀ ਦੋ ਪੜਾਵਾਂ ਵਿੱਚ ਵੱਖਰੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤੇ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਵੇਨ ਚਿੱਤਰ |
ਹਵਾਲਾ
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.ਪਿਆਜ਼ ਵਿੱਚ ਬਲਬ ਸੋਜ ਅਤੇ ਵਿਕਾਸ ਦੌਰਾਨ ਸੁਕਰੋਜ਼ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਦਾ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ (ਐਲੀਅਮ ਸੇਪਾ ਐਲ.) [ਜੇ]।ਪੌਦ ਵਿਗਿਆਨ ਵਿੱਚ ਫਰੰਟੀਅਰਜ਼, 2016, 7:1425-।DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
