ਜੀਨੋਮ ਵਿਕਾਸ
ਪੀ.ਐਨ.ਏ.ਐਸ
ਗੋਲਡਫਿਸ਼ (ਕੈਰੇਸੀਅਸ ਔਰਾਟਸ) ਦਾ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਮੂਲ ਅਤੇ ਪਾਲਤੂ ਇਤਿਹਾਸ
PacBio |ਇਲੁਮਿਨਾ |Bionano ਜੀਨੋਮ ਨਕਸ਼ਾ |ਹਾਈ-ਸੀ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ |ਜੈਨੇਟਿਕ ਨਕਸ਼ਾ |GWAS |RNA-Seq
ਹਾਈਲਾਈਟਸ
1.ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ ਇੱਕ ਉੱਚ-ਗੁਣਵੱਤਾ ਅਸੈਂਬਲੀ ਸੰਸਕਰਣ ਦੇ ਨਾਲ ਅਪਡੇਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, 95.75% ਕੰਟਿਗਸ ਨੂੰ 50 ਸੂਡੋਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮ (ਸਕੈਫੋਲਡ N50=31.84 Mb) ਵਿੱਚ ਐਂਕਰਿੰਗ ਕਰਦਾ ਹੈ।ਦੋ ਸਬਜੀਨੋਮ ਵੱਖ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ।
2. ਘਰੇਲੂ ਪਾਲਣ ਦੌਰਾਨ ਚੋਣਵੇਂ ਸਵੀਪਾਂ ਦੇ ਜੀਨੋਮਿਕ ਖੇਤਰਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ 201 ਵਿਅਕਤੀਆਂ ਦੇ ਅੰਕੜਿਆਂ ਤੋਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ 390 ਤੋਂ ਵੱਧ ਉਮੀਦਵਾਰ ਜੀਨਾਂ ਦਾ ਪਰਦਾਫਾਸ਼ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਜੋ ਸੰਭਾਵਤ ਤੌਰ 'ਤੇ ਘਰੇਲੂ ਗੁਣਾਂ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਹੋਏ ਹਨ।
ਘਰੇਲੂ ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਵਿੱਚ ਡੋਰਸਲ ਫਿਨ ਉੱਤੇ 3.GWAS ਨੇ 378 ਉਮੀਦਵਾਰ ਜੀਨਾਂ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ ਜੋ ਸੰਭਾਵੀ ਤੌਰ 'ਤੇ ਸਬੰਧਿਤ ਹਨ।ਇੱਕ ਟਾਈਰੋਸਾਈਨ-ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਕਿਨੇਜ਼ ਰਿਪੋਰਟਰ ਦੀ ਪਾਰਦਰਸ਼ਤਾ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਇੱਕ ਉਮੀਦਵਾਰ ਕਾਰਕ ਜੀਨ ਵਜੋਂ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ
ਪਿਛੋਕੜ
ਗੋਲਡਫਿਸ਼ (ਕੈਰੇਸੀਅਸ ਔਰਾਟਸ) ਸਭ ਤੋਂ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਖੇਤੀ ਮੱਛੀਆਂ ਵਿੱਚੋਂ ਇੱਕ ਹੈ, ਜੋ ਪ੍ਰਾਚੀਨ ਚੀਨ ਵਿੱਚ ਕ੍ਰੂਸੀਅਨ ਕਾਰਪ ਤੋਂ ਪਾਲੀ ਗਈ ਸੀ।ਉਹਨਾਂ ਨੂੰ ਚਾਰਲਸ ਡਾਰਵਿਨ ਦੁਆਰਾ ਟਿੱਪਣੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ "ਰੰਗ ਦੀ ਲਗਭਗ ਅਨੰਤ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਨੂੰ ਪਾਰ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, ਅਸੀਂ ਬਣਤਰ ਦੇ ਸਭ ਤੋਂ ਅਸਧਾਰਨ ਸੋਧਾਂ ਨਾਲ ਮਿਲਦੇ ਹਾਂ"।ਬਹੁਤ ਹੀ ਵਿਭਿੰਨ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਅਤੇ ਪਾਲਤੂ ਪਾਲਣ ਅਤੇ ਪ੍ਰਜਨਨ ਦਾ ਲੰਮਾ ਇਤਿਹਾਸ ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਨੂੰ ਮੱਛੀ ਦੇ ਸਰੀਰ ਵਿਗਿਆਨ ਅਤੇ ਵਿਕਾਸ ਲਈ ਇੱਕ ਸ਼ਾਨਦਾਰ ਜੈਨੇਟਿਕ ਮਾਡਲ ਪ੍ਰਣਾਲੀ ਬਣਾਉਂਦਾ ਹੈ।
ਪ੍ਰਾਪਤੀਆਂ
ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਜੀਨੋਮ
JPacBio ਅਤੇ Illumina ਪੇਅਰ-ਐਂਡ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਡੇਟਾ ਦਾ ਓਇੰਟ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਇੱਕ ਸ਼ੁਰੂਆਤੀ 1.657 G ਡਰਾਫਟ ਅਸੈਂਬਲੀ (Contig N50=474 Kb) ਪੈਦਾ ਕਰਦਾ ਹੈ।ਬਾਇਓਨੋ ਆਪਟੀਕਲ ਮੈਪ ਤਿਆਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ ਅਸੈਂਬਲੀ ਨੂੰ 1.73 Gb ਆਕਾਰ (ਅੰਦਾਜਨ ਜੀਨੋਮ ਆਕਾਰ: 1.8 Gb) ਵਿੱਚ ਠੀਕ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।ਹਾਈ-ਸੀ ਅਧਾਰਤ ਅਸੈਂਬਲੀ ਨੇ ਸਕੈਫੋਲਡ N50 ਨੂੰ 606 Kb ਤੋਂ 31.84 Mb ਤੱਕ ਸੁਧਾਰਿਆ ਅਤੇ 95.75% (1.65 Gb) ਓਰੀਐਂਟਿਡ ਅਤੇ ਆਰਡਰਡ ਐਂਕਰਿੰਗ ਰੇਟ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤਾ।ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ 56,251 ਕੋਡਿੰਗ ਜੀਨ ਅਤੇ 10,098 ਲੰਬੀ ਗੈਰ-ਕੋਡਿੰਗ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਸ਼ਾਮਲ ਹੈ।ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, 50 ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮਸ ਵਿੱਚੋਂ 38 ਸੰਭਾਵੀ ਸੈਂਟਰੋਮੇਰਿਕ ਖੇਤਰਾਂ ਦੀ ਭਵਿੱਖਬਾਣੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।
Fig.1 ਗੋਲਡ ਫਿਸ਼ ਜੀਨੋਮ
T50 ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮਸ ਵਿੱਚ ਸਬਜੀਨੋਮ ਦੇ ਸਪੱਸ਼ਟ ਸੈੱਟਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ ਜੋ ਇੱਕ ਪ੍ਰਾਚੀਨ ਹਾਈਬ੍ਰਿਡਾਈਜ਼ੇਸ਼ਨ ਘਟਨਾ ਦੇ ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਹੋਏ ਸਨ।ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਅਤੇ ਬਾਰਬੀਨੇ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਰੀਡਜ਼ ਦੇ ਉੱਚ ਅਨੁਪਾਤ ਵਾਲੇ ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮਸ ਦੇ ਸਮੂਹ ਨੂੰ ਸਬਜੀਨੋਮ A (ChrA01~A25), ਭਾਵ ਬਾਰਬੀਨੇ ਲਈ ਆਮ ਸਬਜੀਨੋਮ, ਅਤੇ ਬਾਕੀ ਬਚੇ ਸਬਜੀਨੋਮ B (ChrB01~B25) ਵਜੋਂ ਪਰਿਭਾਸ਼ਿਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ।
ਘਰੇਲੂ ਅਤੇ ਚੋਣਵੇਂ ਸਵੀਪਸ
Aਕੁੱਲ 16 ਜੰਗਲੀ ਕਿਸਮ ਦੇ ਕਰੂਸੀਅਨ ਕਾਰਪਸ ਅਤੇ 185 ਪ੍ਰਤੀਨਿਧ ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਵੇਰੀਐਂਟਸ ਲਗਭਗ 12.5X ਦੀ ਔਸਤ ਕ੍ਰਮ ਡੂੰਘਾਈ ਦੇ ਨਾਲ ਅਨੁਕ੍ਰਮਣ ਸਨ, ਡੇਟਾ ਦੇ 4.3 ਟੈਰਾਬੇਸ ਤਿਆਰ ਕਰਦੇ ਹਨ।ਫਾਈਲੋਜੇਨੇਟਿਕ ਪੁਨਰਗਠਨ ਅਤੇ ਪੀਸੀਏ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਦੂਜੀਆਂ ਗੋਲਡਫਿਸ਼ਾਂ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ ਆਮ ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਅਤੇ ਕਰੂਸੀਅਨ ਕਾਰਪ ਵਿਚਕਾਰ ਨਜ਼ਦੀਕੀ ਸਬੰਧ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ, ਜੋ ਬਾਅਦ ਵਿੱਚ ਦੋ ਵੰਸ਼ਾਂ ਵਿੱਚ ਵੰਡੀਆਂ ਗਈਆਂ।
Lਉਪਰੋਕਤ ਚਾਰ ਉਪ-ਜਨਸੰਖਿਆ 'ਤੇ ਡੀ ਸੜਨ ਦੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਘਰੇਲੂ ਪਾਲਣ ਦੇ ਦੌਰਾਨ ਆਬਾਦੀ ਜੈਨੇਟਿਕ ਰੁਕਾਵਟ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਅਤੇ ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਵਿੱਚ ਮਜ਼ਬੂਤ ਨਕਲੀ ਚੋਣ ਦਾ ਸਮਰਥਨ ਕੀਤਾ।ਕ੍ਰੂਸੀਅਨ ਕਾਰਪ ਤੋਂ ਲੈ ਕੇ ਸਾਧਾਰਨ ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਤੱਕ ਵੈਨ ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਅਤੇ ਐੱਗ ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਤੱਕ ਜੈਨੇਟਿਕ ਵਿਭਿੰਨਤਾ (π) ਨੂੰ ਵਧਾਉਣਾ ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਪਾਲਣ ਦੌਰਾਨ ਜੈਨੇਟਿਕ ਭਿੰਨਤਾਵਾਂ ਦੇ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸੰਚਨ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ।25.2 Mb ਅਤੇ 946 ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਕਵਰ ਕਰਨ ਵਾਲੇ 50 ਚੋਣਵੇਂ ਸਵੀਪ ਜੀਨੋਮਿਕ ਖੇਤਰਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧੀ ਡੇਟਾ (33 ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਅਤੇ 16 ਕ੍ਰੂਸੀਅਨ ਕ੍ਰੈਪ) ਤੋਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।201 ਵਿਅਕਤੀਆਂ ਤੱਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦਾ ਵਿਸਤਾਰ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, 393 ਜੀਨਾਂ ਨੇ ਸੰਪੂਰਨ ਚੋਣਵੇਂ ਸਵੀਪ ਦੇ ਖੇਤਰਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਇਆ।ਇਹ ਜੀਨ ਘੱਟ-ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਦੇ ਪਾਏ ਗਏ ਸਨ, ਜੋ ਸੰਭਾਵਤ ਤੌਰ 'ਤੇ ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਵਿੱਚ ਮੁੱਖ ਘਰੇਲੂ ਗੁਣਾਂ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਫੀਨੋਟਾਈਪਾਂ ਵਿੱਚ ਯੋਗਦਾਨ ਪਾਉਂਦੇ ਹਨ।
Fig.3 ਜੀਨੋਮ-ਵਿਆਪਕ ਘਰੇਲੂ-ਸੰਬੰਧਿਤ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਘਰੇਲੂ ਗੋਲਡਫਿਸ਼ 'ਤੇ GWAS
Dਓਰਸਲ ਫਿਨ ਇੱਕ ਮੁੱਖ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਹੈ ਜੋ ਵੇਨ ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਨੂੰ ਐੱਗ ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਤੋਂ ਵੱਖ ਕਰਦੀ ਹੈ।96 ਵੇਨ ਗੋਲਡਫਿਸ਼ ਅਤੇ 87 ਐਗ ਗੋਲਡਫਿਸ਼ 'ਤੇ ਡੋਰਸਲ ਫਿਨ ਦੇ GWAS ਨੇ 13 ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮਸ ਵਿੱਚ ਫੈਲੇ 378 ਉਮੀਦਵਾਰ ਜੀਨਾਂ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ ਅਤੇ ਸਬਜੀਨੋਮ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਇਹਨਾਂ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਇੱਕ ਅਸਮਾਨ ਵੰਡ ਦੇਖੀ ਗਈ।ਇਹਨਾਂ ਉਮੀਦਵਾਰ ਜੀਨਾਂ 'ਤੇ ਕਾਰਜਾਤਮਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਜੈਵਿਕ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆਵਾਂ ਨੂੰ ਉਜਾਗਰ ਕੀਤਾ ਜਿਸ ਵਿੱਚ "ਸੈੱਲ ਸਤਹ ਰੀਸੈਪਟਰ ਸਿਗਨਲਿੰਗ", "ਟ੍ਰਾਂਸਮੇਮਬਰੇਨ ਟ੍ਰਾਂਸਪੋਰਟੇਸ਼ਨ", "ਸਕੈਲਟਲ ਸਿਸਟਮ ਵਿਕਾਸ", ਆਦਿ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ।
ਚਿੱਤਰ. 4 ਘਰੇਲੂ ਸੁਨਹਿਰੀ ਮੱਛੀ 'ਤੇ ਡੋਰਸਲ ਫਿਨ ਦਾ GWAS
In ਪਾਰਦਰਸ਼ੀ ਸਕੇਲ-ਸਬੰਧਤ ਗੁਣਾਂ ਦੇ GWAS, ਇੱਕ ਸਿੰਗਲ ਮਜ਼ਬੂਤ ਐਸੋਸਿਏਸ਼ਨ ਪੀਕ ਦਾ ਪਤਾ ਲਗਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ.ਉਮੀਦਵਾਰ ਖੇਤਰਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਇੱਕ ਵਿੱਚ ਟਾਈਰੋਸਿਨ-ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਕਿਨੇਜ਼ ਰੀਸੈਪਟਰ ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਇੱਕ ਜੀਨ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।
Fig.5 ਪਾਰਦਰਸ਼ੀ ਸਕੇਲ-ਸਬੰਧਤ ਗੁਣਾਂ ਦਾ GWAS
ਹਵਾਲਾ
Chen D et al.ਗੋਲਡਫਿਸ਼ (ਕੈਰੇਸੀਅਸ ਔਰਾਟਸ) ਦਾ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਮੂਲ ਅਤੇ ਪਾਲਣ ਦਾ ਇਤਿਹਾਸ।PNAS (2020)
ਖ਼ਬਰਾਂ ਇਸ ਦਾ ਉਦੇਸ਼ ਬਾਇਓਮਾਰਕਰ ਟੈਕਨੋਲੋਜੀਜ਼ ਨਾਲ ਨਵੀਨਤਮ ਸਫਲ ਮਾਮਲਿਆਂ ਨੂੰ ਸਾਂਝਾ ਕਰਨਾ, ਅਧਿਐਨ ਦੌਰਾਨ ਲਾਗੂ ਕੀਤੀਆਂ ਗਈਆਂ ਪ੍ਰਮੁੱਖ ਤਕਨੀਕਾਂ ਦੇ ਨਾਲ-ਨਾਲ ਵਿਗਿਆਨਕ ਪ੍ਰਾਪਤੀਆਂ ਨੂੰ ਹਾਸਲ ਕਰਨਾ ਹੈ।
ਪੋਸਟ ਟਾਈਮ: ਜਨਵਰੀ-04-2022