ਮਨੁੱਖੀ ਜੀਨੋਮਿਕਸ
ਕੁਦਰਤ ਜੈਨੇਟਿਕਸ
ਲੰਬੇ ਸਮੇਂ ਤੋਂ ਪੜ੍ਹਿਆ ਗਿਆ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਨਿਊਰੋਨਲ ਇੰਟਰਨਿਊਕਲੀਅਰ ਇਨਕਲੂਸ਼ਨ ਬਿਮਾਰੀ ਨਾਲ ਸਬੰਧਿਤ NOTCH2NLC ਵਿੱਚ GGC ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਵਿਸਤਾਰ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਦਾ ਹੈ
ONT ਰੀਕੁਏਂਸਿੰਗ |ਇਲੁਮਿਨਾ |ਪੂਰੀ ਐਕਸੋਮ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ |CRISPR-Cas9 ONT ਨਿਸ਼ਾਨਾ ਕ੍ਰਮ |RNA-seq |ONT 5mC ਮੈਥਿਲੇਸ਼ਨ ਕਾਲਿੰਗ
ਹਾਈਲਾਈਟਸ
1. ਇੱਕ ਵੱਡੇ NIID ਪਰਿਵਾਰ 'ਤੇ ਲਿੰਕੇਜ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੁਆਰਾ, ਦੋ ਜੁੜੇ ਖੇਤਰਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।
2.ONT-ਅਧਾਰਿਤ ਲੰਬੀ-ਪੜ੍ਹੀ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਅਤੇ Cas-9 ਵਿਚੋਲੇ ਸੰਸ਼ੋਧਨ ONT ਕ੍ਰਮ ਨੇ NOTCH2NLC ਦੇ 5′ UTR ਵਿੱਚ NIID, GGC ਦੁਹਰਾਉਣ ਦੇ ਸੰਭਾਵੀ ਜੈਨੇਟਿਕ ਕਾਰਨ ਦੀ ਖੋਜ ਕੀਤੀ।ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਨੇ ਪਹਿਲੀ ਵਾਰ ਮਨੁੱਖੀ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਜੀਨਾਂ ਵਿੱਚ ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਵਿਸਥਾਰ ਦੀ ਰਿਪੋਰਟ ਕੀਤੀ ਜੋ ਕਿ ਖੰਡਕ ਨਕਲਾਂ ਦੁਆਰਾ ਵਿਕਸਿਤ ਹੋਈ।
3.RNA ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਨੇ NOTCH2NLC ਵਿੱਚ GGC ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਖੇਤਰਾਂ ਦੀ ਸ਼ੁਰੂਆਤ ਵਿੱਚ ਜਾਂ ਅੰਦਰ ਅਸਧਾਰਨ ਐਂਟੀਸੈਂਸ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਾਂ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ।
ਪਿਛੋਕੜ
Nਯੂਰੋਨਲ ਇੰਟਰਨਿਊਕਲੀਅਰ ਇਨਕਲੂਜ਼ਨ ਬਿਮਾਰੀ (ਐਨਆਈਆਈਡੀ) ਇੱਕ ਪ੍ਰਗਤੀਸ਼ੀਲ ਅਤੇ ਘਾਤਕ ਨਿਊਰੋਡੀਜਨਰੇਟਿਵ ਬਿਮਾਰੀ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਕੇਂਦਰੀ ਅਤੇ ਪੈਰੀਫਿਰਲ ਨਰਵਸ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ ਵਿੱਚ ਈਓਸਿਨੋਫਿਲਿਕ ਹਾਈਲਾਈਨ ਇੰਟਰਨਿਊਕਲੀਅਰ ਸੰਮਿਲਨ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਦੁਆਰਾ ਦਰਸਾਈ ਗਈ ਹੈ।ਇਸਦੇ ਬਹੁਤ ਹੀ ਪਰਿਵਰਤਨਸ਼ੀਲ ਕਲੀਨਿਕਲ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਚਮੜੀ ਦੀ ਬਾਇਓਪਸੀ ਦੀ ਸ਼ੁਰੂਆਤ ਤੱਕ ਨਿਦਾਨ ਵਿੱਚ ਬਹੁਤ ਮੁਸ਼ਕਲਾਂ ਪੈਦਾ ਕਰਦੇ ਹਨ।ਹਾਲਾਂਕਿ, ਹਿਸਟੋਪੈਥੋਲੋਜੀ-ਆਧਾਰਿਤ ਵਿਧੀਆਂ ਅਜੇ ਵੀ ਗਲਤ ਨਿਦਾਨ ਤੋਂ ਪੀੜਤ ਹਨ, ਜੋ ਕਿ NIID ਦੀ ਜੈਨੇਟਿਕ ਸਮਝ ਦੀ ਮੰਗ ਕਰ ਰਹੀ ਹੈ।
ਪ੍ਰਾਪਤੀਆਂ
ਲਿੰਕੇਜ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
Sਹਾਰਟ-ਰੀਡ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਅਧਾਰਤ ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ (WGS) ਅਤੇ ਪੂਰੇ ਐਕਸੋਮ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ (WES) ਨੂੰ ਇੱਕ ਵੱਡੇ NIID ਪਰਿਵਾਰ (13 ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਅਤੇ 7 ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਮੈਂਬਰਾਂ) 'ਤੇ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।ਇਹਨਾਂ ਡੇਟਾ ਤੋਂ ਕੱਢੇ ਗਏ SNPs 'ਤੇ ਲਿੰਕੇਜ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਸਿਰਫ ਦੋ ਲਿੰਕ ਕੀਤੇ ਖੇਤਰ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤੇ: 1p36.31-p36.22 (ਅਧਿਕਤਮ LOD=2.32) 'ਤੇ 3.5 Mb ਖੇਤਰ ਅਤੇ 1p22.1-q21.3 (ਵੱਧ ਤੋਂ ਵੱਧ LOD: 4.21.3) 'ਤੇ 58.1 Mb ਖੇਤਰ। ).ਹਾਲਾਂਕਿ, ਇਹਨਾਂ ਲਿੰਕਡ ਖੇਤਰਾਂ ਵਿੱਚ ਕੋਈ ਜਰਾਸੀਮ SNPs ਜਾਂ CNVs ਦੀ ਪਛਾਣ ਨਹੀਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।
NOTCH2NLC ਵਿੱਚ GGC ਦੁਹਰਾਓ ਵਿਸਤਾਰ
Nਅਨੋਪੋਰ-ਅਧਾਰਿਤ ਕ੍ਰਮਵਾਰ 8 ਪਰਿਵਾਰਾਂ ਦੇ 13 ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਅਤੇ 4 ਅਣ-ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਮੈਂਬਰਾਂ 'ਤੇ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ (ਇੱਕ ਹੋਰ ਪ੍ਰਭਾਵਤ ਮੈਂਬਰ ਨੂੰ ਪੈਕਬਿਓ ਲੰਬੇ ਪੜ੍ਹੇ ਗਏ ਕ੍ਰਮ ਪਲੇਟਫਾਰਮ ਦੁਆਰਾ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।)ਲੰਬੇ ਸਮੇਂ ਤੋਂ ਪੜ੍ਹੇ ਗਏ ਡੇਟਾ ਨੇ NOTCH2NLC ਜੀਨ ਮੈਪਿੰਗ ਦੇ 5′ UTR ਵਿੱਚ 58.1 Mb ਲਿੰਕਡ ਖੇਤਰ (ਚਿੱਤਰ 1) ਵਿੱਚ ਬਿਮਾਰੀ ਨਾਲ ਸੰਬੰਧਿਤ GGC ਦੁਹਰਾਉਣ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ।RP-PCR ਦੁਆਰਾ ਟੈਸਟ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਾਰੇ 40 ਛਿੱਟੇ ਹੋਏ NIID ਮਾਮਲਿਆਂ ਵਿੱਚ ਇਹ ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਵਿਸਤਾਰ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।
CNOTCH2NLC ਦੁਹਰਾਓ (100 X-1,795 X) 'ਤੇ ਉੱਚ ਰੀਡ ਕਵਰੇਜ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰਨ ਲਈ ਨੈਨੋਪੋਰ ਪਲੇਟਫਾਰਮ 'ਤੇ-9 ਵਿਚੋਲੇ ਟੀਚੇ ਦੀ ਲੜੀ ਨੂੰ ਨਿਯੁਕਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।ਇਹ ਸਹਿਮਤੀ ਕ੍ਰਮ GGC ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਵਿਸਥਾਰਾਂ 'ਤੇ ਪਿਛਲੀਆਂ ਖੋਜਾਂ ਨਾਲ ਚੰਗੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਸਹਿਮਤ ਹਨ।ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, {(GGA)n (GGC)n}n ਦੁਹਰਾਓ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਮਜ਼ੋਰੀ-ਪ੍ਰਭਾਵਸ਼ਾਲੀ ਫੀਨੋਟਾਈਪ (ਚਿੱਤਰ 2) ਲਈ ਸੰਭਾਵੀ ਜੈਨੇਟਿਕ ਮਾਰਕਰ ਵਜੋਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।
ਚਿੱਤਰ 1. NOTCH2NLC isoforms ਦੇ exon 1 'ਤੇ ਪਛਾਣਿਆ ਗਿਆ ਬਿਮਾਰੀ ਨਾਲ ਸੰਬੰਧਿਤ ਦੁਹਰਾਓ ਵਿਸਥਾਰ।
ਚਿੱਤਰ 2. NPTCH2NLC ਦੇ ਸਹਿਮਤੀ ਕ੍ਰਮ NIID ਮਰੀਜ਼ਾਂ ਵਿੱਚ (*) ਜਾਂ ਕਮਜ਼ੋਰੀ-ਪ੍ਰਭਾਵਸ਼ਾਲੀ ਫੀਨੋਟਾਈਪ ਦੇ ਬਿਨਾਂ ਦੁਹਰਾਉਂਦੇ ਹਨ
NOTCH2NL ਜੀਨ ਮਨੁੱਖੀ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਜੀਨ ਹਨ, ਜੋ ਮਨੁੱਖੀ ਦਿਮਾਗ ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਅਤੇ ਨਿਊਰੋਲੌਜੀਕਲ ਬਿਮਾਰੀਆਂ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਣ ਭੂਮਿਕਾ ਨਿਭਾਉਂਦੇ ਹਨ।ਹਾਲਾਂਕਿ, 99.1% ਕ੍ਰਮ ਪਛਾਣ ਦੇ ਨਾਲ ਤਿੰਨ NOTCH2 ਸੰਬੰਧਿਤ ਜੀਨ (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB ਅਤੇ NOTCH2NLC) ਨਵੀਨਤਮ ਮਨੁੱਖੀ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਤੱਕ ਹੱਲ ਨਹੀਂ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ।ਨੈਨੋਪੋਰ ਪਲੇਟਫਾਰਮ 'ਤੇ ਸਿੰਥੇਸਿਸ-ਮੁਕਤ ਅਤੇ ਲੰਬੇ-ਪੜ੍ਹੇ ਜਾਣ ਵਾਲੇ ਕ੍ਰਮ ਨੇ ਉੱਚ ਸਮਾਨਤਾ ਵਾਲੇ ਖੇਤਰਾਂ ਨੂੰ ਹੱਲ ਕਰਨ ਅਤੇ 100% GC-ਅਮੀਰ ਨਾਲ (GGC) n ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਫਾਇਦੇ ਦਿਖਾਏ ਹਨ।
NOTCH2NLC ਵਿੱਚ GGC ਦੁਹਰਾਓ ਵਿਸਤਾਰ
T2 ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਅਤੇ 2 ਅਣ-ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਮੈਂਬਰਾਂ 'ਤੇ ਰੈਨਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।NOTCH2NL ਪੈਰਾਲੌਗਸ ਦੇ ਪਹਿਲੇ ਐਕਸੌਨ ਦੇ ਅੱਪਸਟਰੀਮ ਵਿੱਚ ਸੈਂਸ ਅਤੇ ਐਂਟੀਸੈਂਸ ਸਟ੍ਰੈਂਡਸ 'ਤੇ ਸਧਾਰਣ ਰੀਡ ਡੂੰਘਾਈ ਦੀ ਗਣਨਾ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।ਅਸਧਾਰਨ ਐਂਟੀ-ਸੈਂਸ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਾਂ ਸਿਰਫ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਮਾਮਲਿਆਂ ਵਿੱਚ ਪਾਈਆਂ ਗਈਆਂ ਸਨ, ਜੋ ਕਿ ਸ਼ੁਰੂ ਵਿੱਚ ਜਾਂ ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਵਿਸਤਾਰ ਖੇਤਰ ਦੇ ਅੰਦਰ ਬੈਠਦੀਆਂ ਹਨ (ਚਿੱਤਰ 3 ਵਿੱਚ F1-14 ਅਤੇ F1-16 ਵਿੱਚ ਜਾਮਨੀ ਚੋਟੀਆਂ।)।ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, 54 ਡੀਈਜੀ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ ਅਤੇ ਸਾਰੇ ਨਿਊਰੋਨਲ ਫੰਕਸ਼ਨਾਂ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ GO ਅਤੇ MPO ਸ਼ਬਦਾਂ ਵਿੱਚ ਭਰਪੂਰ ਸਨ।
ਚਿੱਤਰ 3. ਗੈਰ-ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ (ਉੱਪਰ) ਅਤੇ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ (ਹੇਠਾਂ) ਮਾਮਲਿਆਂ ਵਿੱਚ NOTCH2NLC ਦੇ ਪਹਿਲੇ ਐਕਸੋਨ ਦੇ ਉੱਪਰ ਵੱਲ ਸਧਾਰਣ ਰੀਡ ਡੂੰਘਾਈ।
ਤਕਨਾਲੋਜੀ
ਆਕਸਫੋਰਡ ਨੈਨੋਪੋਰ ਟੈਕਨੋਲੋਜੀਜ਼ (ONT)
Nਐਨੋਪੋਰ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਆਪਣੇ ਆਪ ਨੂੰ ਦੂਜੇ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਪਲੇਟਫਾਰਮਾਂ ਤੋਂ ਵੱਖ ਕਰਦੀ ਹੈ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡਸ ਨੂੰ ਡੀਐਨਏ ਸੰਸਲੇਸ਼ਣ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਸਿੱਧੇ ਪੜ੍ਹਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ।ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਇੱਕ ਸਿੰਗਲ ਸਟ੍ਰੈਂਡ ਡੀਐਨਏ ਇੱਕ ਨੈਨੋ-ਆਕਾਰ ਦੇ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਪੋਰ (ਨੈਨੋਪੋਰ) ਵਿੱਚੋਂ ਲੰਘਦਾ ਹੈ, ਵੱਖੋ-ਵੱਖਰੇ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਵੱਖੋ-ਵੱਖਰੇ ਆਇਓਨਿਕ ਕਰੰਟ ਪੈਦਾ ਕਰਦੇ ਹਨ, ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਨੂੰ ਆਧਾਰਾਂ ਦੇ ਕ੍ਰਮ ਵਿੱਚ ਕੈਪਚਰ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਟ੍ਰਾਂਸਫਰ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ।ਓਐਨਟੀ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਪਲੇਟਫਾਰਮ ਖੁਦ ਡੀਐਨਏ ਰੀਡਿੰਗ ਦੀ ਲੰਬਾਈ 'ਤੇ ਸਪੱਸ਼ਟ ਤਕਨੀਕੀ ਸੀਮਾ ਨਹੀਂ ਦਿਖਾਉਂਦਾ ਹੈ।ਇਸ ਲਈ, ਉੱਚ ਗੁਣਵੱਤਾ ਵਾਲੇ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਲਈ ਅਲਟਰਾ-ਲੌਂਗ ਰੀਡਜ਼ (ULRs) ਉਪਲਬਧ ਹਨ।ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਇਹ ਬਹੁਤ ਲੰਬੇ ਰੀਡਜ਼, ਜੋ ਕਿ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਕ੍ਰਮ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਜਾਂ ਸੰਰਚਨਾਤਮਕ ਪਰਿਵਰਤਨ ਨੂੰ ਪਾਰ ਕਰਨ ਲਈ ਕਾਫ਼ੀ ਲੰਬੇ ਹਨ, ਇੱਥੇ ਛੋਟੀ-ਪੜ੍ਹੀ ਕ੍ਰਮ ਦੀਆਂ ਸੀਮਾਵਾਂ ਨੂੰ ਦੂਰ ਕਰਨ ਵਿੱਚ ਮਦਦ ਕਰਦੇ ਹਨ।
ਨੈਨੋਪੋਰ ਕ੍ਰਮ
ਢਾਂਚਾ ਪਰਿਵਰਤਨ (SV) ਪਛਾਣ
Sਸੰਸ਼ਲੇਸ਼ਣ-ਮੁਕਤ ਕ੍ਰਮ ਨਮੂਨੇ 'ਤੇ ਡੀਐਨਏ ਮੈਥਿਲੇਸ਼ਨ ਜਾਣਕਾਰੀ ਨੂੰ ਵੱਡੇ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਸੁਰੱਖਿਅਤ ਰੱਖਿਆ ਗਿਆ ਹੈ।ਮਿਥਾਈਲੇਟਿਡ ਏ, ਟੀ, ਸੀ ਅਤੇ ਜੀ ਅਨ-ਮਿਥਾਈਲੇਟਿਡ ਲੋਕਾਂ ਤੋਂ ਵੱਖਰੇ ਆਇਓਨਿਕ ਕਰੰਟ ਪੈਦਾ ਕਰਦੇ ਹਨ, ਜੋ ਪਲੇਟਫਾਰਮ ਦੁਆਰਾ ਸਿੱਧੇ ਪੜ੍ਹੇ ਜਾ ਸਕਦੇ ਹਨ।ਨੈਨੋਪੋਰ ਕ੍ਰਮ ਸਿੰਗਲ-ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਰੈਜ਼ੋਲਿਊਸ਼ਨ 'ਤੇ 5mC ਅਤੇ 6mA ਦੋਵਾਂ ਦੀ ਪੂਰੀ-ਜੀਨੋਮ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲਿੰਗ ਨੂੰ ਸਮਰੱਥ ਬਣਾਉਂਦਾ ਹੈ।
ਹਵਾਲਾ
ਜੂਨ ਸੋਨ, ਐਟ.al.ਲੰਬੇ ਸਮੇਂ ਤੋਂ ਪੜ੍ਹਿਆ ਗਿਆ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਨਿਊਰੋਨਲ ਇੰਟਰਨਿਊਕਲੀਅਰ ਇਨਕਲੂਸ਼ਨ ਬਿਮਾਰੀ ਨਾਲ ਸਬੰਧਿਤ NOTCH2NLC ਵਿੱਚ GGC ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਵਿਸਤਾਰ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਦਾ ਹੈ।ਕੁਦਰਤ ਜੈਨੇਟਿਕਸ (2019)
ਟੈਕ ਅਤੇ ਹਾਈਲਾਈਟਸ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਖੋਜ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਉੱਚ-ਥਰੂਪੁਟ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਤਕਨਾਲੋਜੀਆਂ ਦੇ ਸਭ ਤੋਂ ਤਾਜ਼ਾ ਸਫਲ ਐਪਲੀਕੇਸ਼ਨਾਂ ਦੇ ਨਾਲ-ਨਾਲ ਪ੍ਰਯੋਗਾਤਮਕ ਡਿਜ਼ਾਈਨ ਅਤੇ ਡੇਟਾ ਮਾਈਨਿੰਗ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਨਦਾਰ ਵਿਚਾਰਾਂ ਨੂੰ ਸਾਂਝਾ ਕਰਨਾ ਹੈ।
ਪੋਸਟ ਟਾਈਮ: ਜਨਵਰੀ-06-2022