ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੌਮਿਕਸ
ਕੁਦਰਤ
ਸੰਚਾਰ
ਪੁਰਾਣੀ ਲਿਮਫੋਸਾਈਟਿਕ ਲਿਊਕੇਮੀਆ ਵਿੱਚ SF3B1 ਪਰਿਵਰਤਨ ਦੀ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਬਰਕਰਾਰ ਇੰਟ੍ਰੋਨਸ ਦੇ ਨਿਘਾਰ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ
ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ|ਨੈਨੋਪੋਰ ਕ੍ਰਮ |ਵਿਕਲਪਕ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਪਿਛੋਕੜ
Sਸਪਲੀਸਿੰਗ ਫੈਕਟਰ SF3B1 ਵਿੱਚ ਓਮੈਟਿਕ ਪਰਿਵਰਤਨ ਨੂੰ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਕੈਂਸਰਾਂ ਨਾਲ ਜੋੜਨ ਲਈ ਵਿਆਪਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਰਿਪੋਰਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਕ੍ਰੋਨਿਕ ਲਿਮਫੋਸਾਈਟਿਕ ਲਿਊਕੇਮੀਆ (ਸੀਐਲਐਲ), ਯੂਵੀਲ ਮੇਲਾਨੋਮਾ, ਛਾਤੀ ਦਾ ਕੈਂਸਰ, ਆਦਿ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ।ਹਾਲਾਂਕਿ, ਇਹਨਾਂ ਵਿਕਲਪਕ ਸਪਲੀਸਿੰਗ ਪੈਟਰਨਾਂ 'ਤੇ ਅਧਿਐਨ ਲੰਬੇ ਸਮੇਂ ਤੋਂ ਇਵੈਂਟ-ਪੱਧਰ ਅਤੇ ਆਈਸੋਫਾਰਮ-ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਗਿਆਨ ਦੀ ਕਮੀ ਦੇ ਕਾਰਨ ਛੋਟੇ-ਪੜ੍ਹੇ ਅਸੈਂਬਲਡ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਾਂ ਦੀ ਸੀਮਾ ਦੇ ਕਾਰਨ ਸੀਮਿਤ ਰਹੇ ਹਨ।ਇੱਥੇ, ਨੈਨੋਪੋਰ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਪਲੇਟਫਾਰਮ ਨੂੰ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਦੀਆਂ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਾਂ ਤਿਆਰ ਕਰਨ ਲਈ ਪੇਸ਼ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਜਿਸ ਨੇ AS ਆਈਸੋਫਾਰਮਸ 'ਤੇ ਖੋਜ ਨੂੰ ਸ਼ਕਤੀ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕੀਤੀ ਸੀ।
ਪ੍ਰਯੋਗਾਤਮਕ ਡਿਜ਼ਾਈਨ
ਪ੍ਰਯੋਗ
ਗਰੁੱਪਿੰਗ:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E ਪਰਿਵਰਤਨ);3. ਆਮ ਬੀ-ਸੈੱਲ
ਲੜੀਬੱਧ ਰਣਨੀਤੀ:MinION 2D ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਕ੍ਰਮ, PromethION 1D ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਕ੍ਰਮ;ਸਮਾਨ ਨਮੂਨਿਆਂ ਤੋਂ ਛੋਟਾ-ਪੜ੍ਹਿਆ ਡਾਟਾ
ਲੜੀਵਾਰ ਪਲੇਟਫਾਰਮ:ONT Minion;ਓਐਨਟੀ ਪ੍ਰੋਮੇਥੀਅਨ;
ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਨਤੀਜੇ
ਏਕੁੱਲ 257 ਮਿਲੀਅਨ ਰੀਡਜ਼ 6 CLL ਨਮੂਨਿਆਂ ਅਤੇ 3 ਬੀ-ਸੈੱਲਾਂ ਤੋਂ ਤਿਆਰ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ।ਔਸਤਨ ਇਹਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ 30.5% ਰੀਡਜ਼ ਨੂੰ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਦੀਆਂ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਾਂ ਵਜੋਂ ਪਛਾਣਿਆ ਗਿਆ ਸੀ।
FRNA(FLAIR) ਦਾ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਵਿਕਲਪਕ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਉੱਚ-ਵਿਸ਼ਵਾਸ ਵਾਲੇ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਦਾ ਇੱਕ ਸਮੂਹ ਬਣਾਉਣ ਲਈ ਵਿਕਸਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।FLAIR ਨੂੰ ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ ਸੰਖੇਪ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ:
Nਐਨੋਪੋਰ ਰੀਡਸ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ: ਹਵਾਲਾ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਅਧਾਰ ਤੇ ਆਮ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ ਬਣਤਰ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰੋ;
Sਪਲਾਈਸ ਜੰਕਸ਼ਨ ਸੁਧਾਰ: ਐਨੋਟੇਟਿਡ ਇਨਟ੍ਰੋਨ, ਸ਼ਾਰਟ-ਰੀਡ ਡੇਟਾ ਜਾਂ ਦੋਵਾਂ ਤੋਂ ਇੰਟਰੋਨਸ ਤੋਂ ਸਪਲਾਇਸ ਸਾਈਟ ਦੇ ਨਾਲ ਕ੍ਰਮ ਦੀਆਂ ਗਲਤੀਆਂ (ਲਾਲ) ਨੂੰ ਸਹੀ ਕਰੋ;
Collapse: ਸਪਲਾਇਸ ਜੰਕਸ਼ਨ ਚੇਨ (ਪਹਿਲਾ-ਪਾਸ ਸੈੱਟ) ਦੇ ਆਧਾਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧੀ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਦਾ ਸੰਖੇਪ ਕਰੋ।ਸਹਾਇਕ ਰੀਡਜ਼ (ਥ੍ਰੈਸ਼ਹੋਲਡ: 3) ਦੀ ਗਿਣਤੀ ਦੇ ਆਧਾਰ 'ਤੇ ਉੱਚ-ਵਿਸ਼ਵਾਸ isofrom ਦੀ ਚੋਣ ਕਰੋ।
ਚਿੱਤਰ 1. CLL ਵਿੱਚ SF3B1 ਪਰਿਵਰਤਨ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਪੂਰੇ-ਲੈਂਥ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਲਈ FLAIR ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
FLAIR ਨੇ 326,699 ਉੱਚ-ਭਰੋਸੇ ਵਾਲੇ ਕੱਟੇ ਹੋਏ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ, ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਵਿੱਚੋਂ 90% ਨਾਵਲ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਹਨ।ਇਹਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ ਅਣ-ਨੋਟ ਕੀਤੇ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਜਾਣੇ-ਪਛਾਣੇ ਸਪਲਾਇਸ ਜੰਸ਼ਨਾਂ (142,971) ਦੇ ਨਾਵਲ ਸੰਜੋਗ ਵਜੋਂ ਪਾਏ ਗਏ ਸਨ, ਜਦੋਂ ਕਿ ਬਾਕੀ ਨਾਵਲ ਆਈਸੋਫਾਰਮਾਂ ਵਿੱਚ ਜਾਂ ਤਾਂ ਬਰਕਰਾਰ ਰੱਖਿਆ ਗਿਆ ਇੰਟਰਨ (21,700) ਜਾਂ ਨਾਵਲ ਐਕਸੋਨ (3594) ਸ਼ਾਮਲ ਸਨ।
Lਔਂਗ-ਰੀਡ ਕ੍ਰਮ ਆਈਸੋਫਾਰਮ-ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਪਰਿਵਰਤਨਸ਼ੀਲ SF3B1-K700E - ਬਦਲੀਆਂ ਸਪਲਾਇਸ ਸਾਈਟਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਨੂੰ ਸ਼ਕਤੀ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ।35 ਵਿਕਲਪਿਕ 3'SSs ਅਤੇ 10 ਵਿਕਲਪਕ 5'SSs ਨੂੰ SF3B1-K700E ਅਤੇ SF3B1-WT ਵਿਚਕਾਰ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਖਰਾ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।35 ਵਿੱਚੋਂ 33 ਪਰਿਵਰਤਨ ਲੰਬੇ-ਪੜ੍ਹੇ ਗਏ ਕ੍ਰਮਾਂ ਦੁਆਰਾ ਨਵੇਂ ਖੋਜੇ ਗਏ ਸਨ।ਨੈਨੋਪੋਰ ਡੇਟਾ ਵਿੱਚ, ਕੈਨੋਨੀਕਲ ਸਾਈਟਾਂ ਦੇ ਸਿਖਰਾਂ ਤੱਕ SF3B1-K700E- ਬਦਲੇ ਹੋਏ 3'SSs ਵਿਚਕਾਰ ਦੂਰੀ ਦੀ ਵੰਡ ਲਗਭਗ -20 bp ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਇੱਕ ਨਿਯੰਤਰਣ ਵੰਡ ਤੋਂ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਖਰਾ ਹੈ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ CLL ਸ਼ਾਰਟ-ਰੀਡ ਕ੍ਰਮ ਵਿੱਚ ਰਿਪੋਰਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ।ERGIC3 ਜੀਨ ਦੇ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਜਿੱਥੇ SF3B1-K700E ਵਿੱਚ ਪ੍ਰੋਕਸੀਮਲ ਸਪਲਾਇਸ ਸਾਈਟ ਵਾਲਾ ਇੱਕ ਨਾਵਲ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਵਧੇਰੇ ਭਰਪੂਰ ਪਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ।ਪ੍ਰੌਕਸੀਮਲ ਅਤੇ ਡਿਸਟਲ 3'SS ਦੋਵੇਂ ਵੱਖ-ਵੱਖ AS ਪੈਟਰਨਾਂ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਹੋਏ ਸਨ ਜੋ ਮਲਟੀਪਲ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਤਿਆਰ ਕਰਦੇ ਹਨ।
ਚਿੱਤਰ 2. ਨੈਨੋਪੋਰ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਡੇਟਾ ਨਾਲ ਪਛਾਣੇ ਗਏ ਵਿਕਲਪਕ 3′ ਸਪਲੀਸਿੰਗ ਪੈਟਰਨ
IR ਪਛਾਣ ਅਤੇ ਮਾਤਰਾ ਵਿੱਚ ਵਿਸ਼ਵਾਸ ਦੇ ਕਾਰਨ IR ਇਵੈਂਟ ਵਰਤੋਂ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਛੋਟੇ-ਪੜ੍ਹੇ ਅਧਾਰਤ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਵਿੱਚ ਲੰਬੇ ਸਮੇਂ ਤੋਂ ਸੀਮਤ ਰਿਹਾ ਹੈ।SF3B1-K700E ਅਤੇ SF3B1-WT ਵਿੱਚ IR isoforms ਦੇ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਨੂੰ ਨੈਨੋਪੋਰ ਕ੍ਰਮਾਂ ਦੇ ਅਧਾਰ ਤੇ ਮਾਪਿਆ ਗਿਆ ਸੀ, SF3B1-K700E ਵਿੱਚ IR ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਦੇ ਇੱਕ ਗਲੋਬਲ ਡਾਊਨ-ਨਿਯਮ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਦਾ ਹੈ।
ਚਿੱਤਰ 4. ਤਿੰਨ ਖੇਤੀ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ (A ਅਤੇ B) ਵਿੱਚ ਖੇਤੀਬਾੜੀ ਤੀਬਰਤਾ ਅਤੇ ਨੈਟਵਰਕ ਕਨੈਕਟੀਵਿਟੀ;ਬੇਤਰਤੀਬ ਜੰਗਲ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ (C) ਅਤੇ ਖੇਤੀਬਾੜੀ ਤੀਬਰਤਾ ਅਤੇ AMF ਉਪਨਿਵੇਸ਼ (D) ਵਿਚਕਾਰ ਸਬੰਧ
ਚਿੱਤਰ 3. CLL SF3B1-K700E ਵਿੱਚ ਇੰਟ੍ਰੋਨ ਕਿਰਾਏ ਦੀਆਂ ਘਟਨਾਵਾਂ ਨੂੰ ਵਧੇਰੇ ਮਜ਼ਬੂਤੀ ਨਾਲ ਨਿਯੰਤ੍ਰਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ
ਤਕਨਾਲੋਜੀ
ਨੈਨੋਪੋਰ ਲੌਂਗ-ਰੀਡ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ
Nਐਨੋਪੋਰ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਇੱਕ ਸਿੰਗਲ ਮੋਲੀਕਿਊਲ ਰੀਅਲ-ਟਾਈਮ ਇਲੈਕਟ੍ਰੀਕਲ ਸਿਗਨਲ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਤਕਨਾਲੋਜੀ ਹੈ।
Dਓਬਲ-ਸਟ੍ਰੈਂਡਡ ਡੀਐਨਏ ਜਾਂ ਆਰਐਨਏ ਬਾਇਓਫਿਲਮ ਵਿੱਚ ਏਮਬੇਡ ਕੀਤੇ ਨੈਨੋਪੋਰਸ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਨਾਲ ਬੰਨ੍ਹਣਗੇ ਅਤੇ ਮੋਟਰ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦੀ ਅਗਵਾਈ ਹੇਠ ਖੋਲ੍ਹਣਗੇ।
DNA/RNA ਸਟ੍ਰੈਂਡ ਵੋਲਟੇਜ ਫਰਕ ਦੀ ਕਿਰਿਆ ਦੇ ਤਹਿਤ ਕੁਝ ਦਰਾਂ 'ਤੇ ਨੈਨੋਪੋਰ ਚੈਨਲ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਵਿੱਚੋਂ ਲੰਘਦੇ ਹਨ।
Molecules ਰਸਾਇਣਕ ਬਣਤਰ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਬਿਜਲਈ ਸਿਗਨਲ ਪੈਦਾ ਕਰਦੇ ਹਨ।
Rਕ੍ਰਮ ਦੀ ਈ-ਟਾਈਮ ਖੋਜ ਬੇਸ ਕਾਲਿੰਗ ਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ।
ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਕਾਰਗੁਜ਼ਾਰੀ
√ ਡਾਟਾ ਸੰਤ੍ਰਿਪਤਾ
ਤੁਲਨਾਤਮਕ ਡਾਟਾ ਸੰਤ੍ਰਿਪਤਾ ਤੱਕ ਪਹੁੰਚਣ ਲਈ 7-ਗੁਣਾ ਘੱਟ ਰੀਡ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ।
√ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ ਢਾਂਚੇ ਦੀ ਪਛਾਣ
ਹਰੇਕ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਦੀ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਦੀ ਸਹਿਮਤੀ ਦੇ ਨਾਲ ਵਿਭਿੰਨ ਢਾਂਚੇ ਦੇ ਰੂਪਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ
√ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ-ਪੱਧਰ ਦੇ ਵਿਭਿੰਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ - ਛੋਟੇ-ਪੜ੍ਹਨ ਦੁਆਰਾ ਛੁਪੀਆਂ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰੋ
ਹਵਾਲਾ
ਟੈਂਗ ਏ.ਡੀ., ਸੋਲੇਟ ਸੀ.ਐਮ., ਬਰੇਨ ਐਮਜੇਵੀ, ਆਦਿ।ਪੁਰਾਣੀ ਲਿਮਫੋਸਾਈਟਿਕ ਲਿਊਕੇਮੀਆ ਵਿੱਚ SF3B1 ਪਰਿਵਰਤਨ ਦੀ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਬਰਕਰਾਰ ਰੱਖੇ ਗਏ ਅੰਦਰੂਨੀ [J] ਦੇ ਨਿਘਾਰ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ।ਕੁਦਰਤ ਸੰਚਾਰ.
ਟੈਕ ਅਤੇ ਹਾਈਲਾਈਟਸ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਖੋਜ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਉੱਚ-ਥਰੂਪੁਟ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਤਕਨਾਲੋਜੀਆਂ ਦੇ ਸਭ ਤੋਂ ਤਾਜ਼ਾ ਸਫਲ ਐਪਲੀਕੇਸ਼ਨਾਂ ਦੇ ਨਾਲ-ਨਾਲ ਪ੍ਰਯੋਗਾਤਮਕ ਡਿਜ਼ਾਈਨ ਅਤੇ ਡੇਟਾ ਮਾਈਨਿੰਗ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਨਦਾਰ ਵਿਚਾਰਾਂ ਨੂੰ ਸਾਂਝਾ ਕਰਨਾ ਹੈ।
ਪੋਸਟ ਟਾਈਮ: ਜਨਵਰੀ-08-2022