ਹਾਈ-ਸੀ ਆਧਾਰਿਤ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ
ਸੇਵਾ ਦੇ ਫਾਇਦੇ
ਹਾਈ-ਸੀ ਦੀ ਸੰਖੇਪ ਜਾਣਕਾਰੀ
(ਲਿਬਰਮੈਨ-ਏਡਨ ਈ ਏਟ ਅਲ.,ਵਿਗਿਆਨ, 2009)
● ਕੰਟੀਗ ਐਂਕਰਿੰਗ ਲਈ ਜੈਨੇਟਿਕ ਆਬਾਦੀ ਬਣਾਉਣ ਦੀ ਕੋਈ ਲੋੜ ਨਹੀਂ;
● ਉੱਚ ਮਾਰਕਰ ਘਣਤਾ 90% ਤੋਂ ਉੱਪਰ ਉੱਚ ਕੋਂਟੀਗ ਐਂਕਰਿੰਗ ਅਨੁਪਾਤ ਵੱਲ ਲੈ ਜਾਂਦੀ ਹੈ;
● ਮੌਜੂਦਾ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀਆਂ 'ਤੇ ਮੁਲਾਂਕਣ ਅਤੇ ਸੁਧਾਰਾਂ ਨੂੰ ਸਮਰੱਥ ਬਣਾਉਂਦਾ ਹੈ;
● ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਵਿੱਚ ਉੱਚ ਸ਼ੁੱਧਤਾ ਦੇ ਨਾਲ ਘੱਟ ਵਾਰੀ-ਵਾਰੀ ਸਮਾਂ;
● 500 ਤੋਂ ਵੱਧ ਕਿਸਮਾਂ ਲਈ ਬਣਾਈਆਂ ਗਈਆਂ 1000 ਹਾਈ-ਸੀ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀਆਂ ਦੇ ਨਾਲ ਭਰਪੂਰ ਅਨੁਭਵ;
● 760 ਤੋਂ ਵੱਧ ਦੇ ਸੰਚਤ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ ਪ੍ਰਭਾਵ ਕਾਰਕ ਦੇ ਨਾਲ 100 ਤੋਂ ਵੱਧ ਸਫਲ ਕੇਸ;
● ਪੌਲੀਪਲੋਇਡ ਜੀਨੋਮ ਲਈ ਹਾਈ-ਸੀ ਅਧਾਰਤ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ, ਪਿਛਲੇ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਵਿੱਚ 100% ਐਂਕਰਿੰਗ ਦਰ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ;
● ਹਾਈ-ਸੀ ਪ੍ਰਯੋਗਾਂ ਅਤੇ ਡੇਟਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਲਈ ਅੰਦਰੂਨੀ ਪੇਟੈਂਟ ਅਤੇ ਸੌਫਟਵੇਅਰ ਕਾਪੀਰਾਈਟ;
● ਸਵੈ-ਵਿਕਸਤ ਵਿਜ਼ੂਅਲਾਈਜ਼ਡ ਡੇਟਾ ਟਿਊਨਿੰਗ ਸੌਫਟਵੇਅਰ, ਮੈਨੂਅਲ ਬਲਾਕ ਮੂਵਿੰਗ, ਰਿਵਰਸਿੰਗ, ਰੀਵੋਕਿੰਗ ਅਤੇ ਰੀਡੋਇੰਗ ਨੂੰ ਸਮਰੱਥ ਬਣਾਉਂਦਾ ਹੈ।
ਸੇਵਾ ਨਿਰਧਾਰਨ
|
ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਕਿਸਮ
|
ਪਲੇਟਫਾਰਮ | ਲੰਬਾਈ ਪੜ੍ਹੋ | ਰਣਨੀਤੀ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਕਰੋ |
| ਹਾਈ-ਸੀ | ਇਲੂਮਿਨਾ ਨੋਵਾਸੇਕ | PE150 | ≥ 100X |
ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
● ਕੱਚਾ ਡਾਟਾ ਗੁਣਵੱਤਾ ਨਿਯੰਤਰਣ
● ਹਾਈ-ਸੀ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਗੁਣਵੱਤਾ ਨਿਯੰਤਰਣ
● ਹਾਈ-ਸੀ ਆਧਾਰਿਤ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ
● ਅਸੈਂਬਲੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ ਅਤੇ ਡਿਲਿਵਰੀ
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ:
| ਜਾਨਵਰ | ਉੱਲੀਮਾਰ | ਪੌਦੇ
|
| ਜੰਮੇ ਹੋਏ ਟਿਸ਼ੂ: 1-2 ਗ੍ਰਾਮ ਪ੍ਰਤੀ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਸੈੱਲ: ਪ੍ਰਤੀ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ 1x 10^7 ਸੈੱਲ | ਜੰਮੇ ਹੋਏ ਟਿਸ਼ੂ: 1 ਗ੍ਰਾਮ ਪ੍ਰਤੀ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ | ਜੰਮੇ ਹੋਏ ਟਿਸ਼ੂ: 1-2 ਗ੍ਰਾਮ ਪ੍ਰਤੀ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ
|
| *ਅਸੀਂ ਹਾਈ-ਸੀ ਪ੍ਰਯੋਗ ਲਈ ਘੱਟੋ-ਘੱਟ 2 ਐਲੀਕੋਟਸ (ਹਰੇਕ 1 ਗ੍ਰਾਮ) ਭੇਜਣ ਦੀ ਜ਼ੋਰਦਾਰ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ। | ||
ਸਿਫਾਰਸ਼ੀ ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਕੰਟੇਨਰ: 2 ਮਿਲੀਲੀਟਰ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਟਿਊਬ (ਟਿਨ ਫੁਆਇਲ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਨਹੀਂ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ)
ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ ਨਮੂਨਿਆਂ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਈਥਾਨੌਲ ਵਿੱਚ ਸੁਰੱਖਿਅਤ ਨਾ ਰੱਖਣ ਦੀ ਸਿਫ਼ਾਰਿਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ।
ਨਮੂਨਾ ਲੇਬਲਿੰਗ: ਨਮੂਨੇ ਨੂੰ ਸਪਸ਼ਟ ਤੌਰ 'ਤੇ ਲੇਬਲ ਕੀਤਾ ਜਾਣਾ ਚਾਹੀਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਨਮੂਨਾ ਜਾਣਕਾਰੀ ਫਾਰਮ ਜਮ੍ਹਾਂ ਕਰਾਉਣ ਲਈ ਸਮਾਨ ਹੋਣਾ ਚਾਹੀਦਾ ਹੈ।
ਸ਼ਿਪਮੈਂਟ: ਡਰਾਈ-ਬਰਫ਼: ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਪਹਿਲਾਂ ਬੈਗਾਂ ਵਿੱਚ ਪੈਕ ਕਰਨ ਅਤੇ ਸੁੱਕੀ ਬਰਫ਼ ਵਿੱਚ ਦਫ਼ਨਾਉਣ ਦੀ ਲੋੜ ਹੁੰਦੀ ਹੈ।
ਸੇਵਾ ਕਾਰਜ ਪ੍ਰਵਾਹ
ਪ੍ਰਯੋਗ ਡਿਜ਼ਾਈਨ
ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਡੀਐਨਏ ਕੱਢਣ
ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਉਸਾਰੀ
ਕ੍ਰਮਬੱਧ
ਡਾਟਾ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਦੀਆਂ ਸੇਵਾਵਾਂ
*ਇੱਥੇ ਦਿਖਾਏ ਗਏ ਡੈਮੋ ਨਤੀਜੇ ਸਾਰੇ ਬਾਇਓਮਾਰਕਰ ਟੈਕਨੋਲੋਜੀ ਨਾਲ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ ਜੀਨੋਮ ਤੋਂ ਹਨ
ਦੇ 1.Hi-C ਪਰਸਪਰ ਤਾਪ ਦਾ ਨਕਸ਼ਾਕੈਂਪਟੋਥੇਕਾ ਐਕੂਮੀਨਾਟਾਜੀਨੋਮਜਿਵੇਂ ਕਿ ਨਕਸ਼ੇ 'ਤੇ ਦਿਖਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਪਰਸਪਰ ਕ੍ਰਿਆਵਾਂ ਦੀ ਤੀਬਰਤਾ ਲੀਨੀਅਰ ਦੂਰੀ ਨਾਲ ਨਕਾਰਾਤਮਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਸਬੰਧਿਤ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਬਹੁਤ ਹੀ ਸਹੀ ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮ-ਪੱਧਰ ਦੀ ਅਸੈਂਬਲੀ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ।(ਐਂਕਰਿੰਗ ਅਨੁਪਾਤ: 96.03%)
ਕਾਂਗ ਐਮ ਐਟ ਅਲ.,ਕੁਦਰਤ ਸੰਚਾਰ, 2021
2.Hi-C ਨੇ ਵਿਚਕਾਰ ਉਲਟਾਂ ਦੀ ਪ੍ਰਮਾਣਿਕਤਾ ਦੀ ਸਹੂਲਤ ਦਿੱਤੀਗੌਸੀਪੀਅਮ ਹਿਰਸੁਟਮL. TM-1 A06 ਅਤੇਜੀ. ਆਰਬੋਰੀਅਮChr06
ਯਾਂਗ ਜ਼ੈਡ ਐਟ ਅਲ.,ਕੁਦਰਤ ਸੰਚਾਰ, 2019
3. ਕਸਾਵਾ ਜੀਨੋਮ SC205 ਦੀ ਅਸੈਂਬਲੀ ਅਤੇ ਬਾਇਲੇਲਿਕ ਵਿਭਿੰਨਤਾ।ਹਾਈ-ਸੀ ਹੀਟਮੈਪ ਨੇ ਸਮਰੂਪ ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮਜ਼ ਵਿੱਚ ਸਪੱਸ਼ਟ ਵਿਭਾਜਨ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ।
ਹੂ ਡਬਲਯੂ ਐਟ ਅਲ.,ਅਣੂ ਪੌਦਾ, 2021
4. ਦੋ ਫਿਕਸ ਸਪੀਸੀਜ਼ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ 'ਤੇ ਹਾਈ-ਸੀ ਹੀਟਮੈਪ:F.microcarpa(ਐਂਕਰਿੰਗ ਅਨੁਪਾਤ: 99.3%) ਅਤੇF.hispida (ਐਂਕਰਿੰਗ ਅਨੁਪਾਤ: 99.7%)
Zhang X et al.,ਸੈੱਲ, 2020
BMK ਕੇਸ
ਬਰਗਦ ਦੇ ਦਰੱਖਤ ਅਤੇ ਪਰਾਗਿਕ ਤੰਦੂਰ ਦੇ ਜੀਨੋਮ ਫਿਗ-ਤਤਲੀ ਦੇ ਸਹਿ-ਵਿਕਾਸ ਬਾਰੇ ਸਮਝ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦੇ ਹਨ
ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ: ਸੈੱਲ, 2020
ਲੜੀਬੱਧ ਰਣਨੀਤੀ:
F. ਮਾਈਕ੍ਰੋਕਾਰਪਾ ਜੀਨੋਮ: ਲਗਭਗ.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. ਹਿਸਪੀਡਾਜੀਨੋਮ: ਲਗਭਗ.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
ਯੂਪ੍ਰਿਸਟੀਨਾ ਵਰਟੀਸੀਲਾਟਾਜੀਨੋਮ: ਲਗਭਗ.170 X PacBio RSII (65 Gb)
ਮੁੱਖ ਨਤੀਜੇ
1. ਦੋ ਬੋਹੜ ਦੇ ਦਰੱਖਤ ਜੀਨੋਮ ਅਤੇ ਇੱਕ ਪਰਾਗਿਕ ਭਾਂਡੇ ਦੇ ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ PacBio ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ, ਹਾਈ-ਸੀ ਅਤੇ ਲਿੰਕੇਜ ਮੈਪ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਬਣਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ।
(1)F. ਮਾਈਕ੍ਰੋਕਾਰਪਾਜੀਨੋਮ: 426 Mb (ਅੰਦਾਜਨ ਜੀਨੋਮ ਆਕਾਰ ਦਾ 97.7%) ਦੀ ਅਸੈਂਬਲੀ 908 Kb ਦੇ ਕੰਟਿਗ N50, 95.6% ਦੇ BUSCO ਸਕੋਰ ਨਾਲ ਸਥਾਪਿਤ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।ਹਾਈ-ਸੀ ਦੁਆਰਾ ਕੁੱਲ 423 Mb ਕ੍ਰਮ 13 ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮਸ ਨਾਲ ਐਂਕਰ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ।ਜੀਨੋਮ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਨੇ 29,416 ਪ੍ਰੋਟੀਨ-ਕੋਡਿੰਗ ਜੀਨ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ।
(2)F. ਹਿਸਪੀਡਾਜੀਨੋਮ: 360 Mb (ਅੰਦਾਜਨ ਜੀਨੋਮ ਆਕਾਰ ਦਾ 97.3%) ਦੀ ਇੱਕ ਅਸੈਂਬਲੀ 492 Kb ਦੇ ਕੰਟੀਗ N50 ਅਤੇ 97.4% ਦੇ BUSCO ਸਕੋਰ ਦੇ ਨਾਲ ਉਪਜ ਸੀ।ਹਾਈ-ਸੀ ਦੁਆਰਾ ਕੁੱਲ 359 Mb ਕ੍ਰਮ 14 ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮਸ 'ਤੇ ਐਂਕਰ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ ਅਤੇ ਉੱਚ-ਘਣਤਾ ਲਿੰਕੇਜ ਨਕਸ਼ੇ ਦੇ ਬਹੁਤ ਹੀ ਸਮਾਨ ਸਨ।
(3)ਯੂਪ੍ਰਿਸਟੀਨਾ ਵਰਟੀਸੀਲਾਟਾਜੀਨੋਮ: 387 Mb (ਅੰਦਾਜਨ ਜੀਨੋਮ ਆਕਾਰ: 382 Mb) ਦੀ ਅਸੈਂਬਲੀ 3.1 Mb ਦੇ ਕੰਟੀਗ N50 ਅਤੇ 97.7% ਦੇ BUSCO ਸਕੋਰ ਨਾਲ ਸਥਾਪਿਤ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।
2.ਤੁਲਨਾਤਮਕ ਜੀਨੋਮਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਦੋ ਵਿਚਕਾਰ ਬਹੁਤ ਸਾਰੇ ਸੰਰਚਨਾ ਭਿੰਨਤਾਵਾਂ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾਫਿਕਸਜੀਨੋਮ, ਜੋ ਅਨੁਕੂਲ ਵਿਕਾਸ ਅਧਿਐਨ ਲਈ ਅਨਮੋਲ ਜੈਨੇਟਿਕ ਸਰੋਤ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦੇ ਹਨ।ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਨੇ, ਪਹਿਲੀ ਵਾਰ, ਜੀਨੋਮਿਕ-ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਫਿਗ-ਵੇਸਪ ਸਹਿ-ਵਿਕਾਸ ਬਾਰੇ ਸਮਝ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕੀਤੀ।
 ਦੋ ਦੀਆਂ ਜੀਨੋਮਿਕ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ 'ਤੇ ਸਰਕੋਸ ਡਾਇਗ੍ਰਾਮਫਿਕਸਜੀਨੋਮਜ਼, ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮਜ਼, ਸੈਗਮੈਂਟਲ ਡੁਪਲੀਕੇਸ਼ਨ (SDs), ਟ੍ਰਾਂਸਪੋਸਨ (LTR, TEs, DNA TEs), ਜੀਨ ਸਮੀਕਰਨ ਅਤੇ ਸਿੰਟੇਨੀ ਸਮੇਤ |  Y ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮ ਅਤੇ ਲਿੰਗ ਨਿਰਧਾਰਨ ਉਮੀਦਵਾਰ ਜੀਨ ਦੀ ਪਛਾਣ |
Zhang, X. , et al."ਬਰਗਦ ਦੇ ਦਰੱਖਤ ਅਤੇ ਪੋਲੀਨੇਟਰ ਵੇਸਪ ਦੇ ਜੀਨੋਮ ਫਿਗ-ਵੈਸਪ ਕੋਇਵੋਲੂਸ਼ਨ ਵਿੱਚ ਸਮਝ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦੇ ਹਨ।"ਸੈੱਲ 183.4(2020)।
